小林善仁 .  亀山の城下町絵図と寺院に関する若干の考察 .  亀岡市文化資料館報・亀岡市文化資料館 ( 9 ) 46 - 48   2013年3月

小林善仁 .  北野天満宮の境内図に関する資料的検討―「北野社域図」を事例に― .  鹿児島大学法文学部紀要「人文学科論集」 ( 77 ) 19 - 36   2013年2月

小林善仁 .  近代初頭における天龍寺境内地の景観とその変化 .  佛教大学歴史学部論集 ( 2 ) 23 - 42   2012年3月査読

植村善博・小林善仁・大邑潤三 .  1927年北丹後地震における峰山町の被害実態と復興計画 .  鷹陵史学 ( 37 ) 1 - 18   2011年9月査読

小林善仁 .  亀山城下町絵図の景観年代－新収絵図を中心に－ .  亀岡市文化資料館 第26回特別展図録『光秀・亀山城・城下町』   86 - 93   2010年11月

小林善仁 .  山城国葛野郡天龍寺の境内地処分と関係資料 .  鷹陵史学 ( 36 ) 1 - 23   2010年9月査読

渡邊秀一・木村大輔・小林善仁・藤井暁・杉山純平 .  景観復原資料としての旧公図・土地台帳の利用－明治・大正期の嵯峨・嵐山における土地区画と土地利用を通して－ .  鷹陵史学 鷹陵史学会（佛教大学） ( 34 ) 21 - 45   2008年9月査読

植村善博・小林善仁・木村大輔・進藤美奈・山中健太・浅子里絵・杉山純平・三宅智志・山下博史 .  木津川・宇治川低地の地形と過去400年間の水害史 .  京都歴史災害研究 立命館大学歴史都市防災研究センター ( 7 ) 1 - 24   2007年3月査読

渡邊秀一・木村大輔・小林善仁・藤井暁 .  嵯峨諸寺門前地の近代的変容に関する予備的考察 .  佛教大学アジア宗教文化情報研究所研究紀要 佛教大学アジア宗教文化情報研究所 ( 3 ) 1 - 59   2007年3月

Vo Ngoc Han・木村大輔・小林善仁・塔筋岳史・藤井暁・藤田真人・水内俊雄 .  地図で復元する近代京都市の歴史社会地理 .  空間・社会・地理思想 大阪市立大学 ( 8 ) 76 - 115   2003年10月査読

鹿児島の「麓」（大学的鹿児島ガイドーこだわりの歩き方ー）

小林　善仁（ 担当： 共著 ,  範囲: 鹿児島の「麓」）

昭和堂  2018年11月 

鹿児島の夏祭りー「六月燈」と「おぎおんさぁ」ー（大学的鹿児島ガイドーこだわりの歩き方）

小林善仁（ 担当： 共著 ,  範囲: 鹿児島の夏祭りー「六月燈」と「おぎおんさぁ」ー）

昭和堂  2018年11月 

近代京都の絵図・地図

渡邊秀一・鈴木亜香音・木村大輔・小林善仁（ 担当： 共著 ,  範囲: 第6章　近代京都の境内図（境内平面図・境内鳥瞰図））

佛教大学総合研究所  2016年3月 

案内記にみる明治・大正期の磯

小林善仁（ 担当： 単著）

平成25年度 鹿児島大学法文学部人文学科「学外組織との連携に基づく学生の課題発掘能力の養成の試み」（磯プロジェクト）実施報告書  2014年3月 

えびの市における観光資源の歴史地理学的評価

小林善仁（ 担当： 共著）

加久藤カルデラとその周辺の自然・人文景観の学術的意義と評価に関する地理学的研究』（研究代表：森脇 広）, 宮崎県えびの市  2013年12月 

鹿児島城下町における郊外の景観―近世後期の大磯を事例に―

小林善仁（ 担当： 単著）

平成24年度 鹿児島大学法文学部人文学科「学外組織との連携に基づく学生の課題発掘能力の養成の試み」（磯プロジェクト）実施報告書  2013年3月 

地域システム理解のための滞在型野外実習教育のモデル化

小林善仁・森脇広・南直子（ 担当： 共著）

平成24年度 鹿児島大学法文学部人文学科特別経費プロジェクト 「学生一人一人の『人文系共通技能』を伸ばす学士課程の構築」報告書  2013年3月 

丹波亀山の三年坂―旧亀山城下町における子育て関連の旧跡―

小林善仁（ 担当： 単著）

亀岡市文化資料館 第53回企画展図録『かめおか子育て物語』  2013年3月 

『三国名勝図会』にみる磯街道

小林善仁（ 担当： 単著）

平成23年度 鹿児島大学法文学部人文学科「学外組織との連携に基づく学生の課題発掘能力の養成の試み」（磯プロジェクト）実施報告書  2012年3月 

地域システム理解のための野外実習の実施―地域の成り立ちを読む―

森脇広・小林善仁・南直子（ 担当： 共著）

平成23年度 鹿児島大学法文学部人文学科特別経費プロジェクト 「学生一人一人の『人文系共通技能』を伸ばす学士課程の構築」報告書  2012年3月