2026/05/28 更新

写真a

ハマダ　タイジ
濵田　大治
Taiji Hamada
所属
医歯学域医学系 医歯学総合研究科 先進治療科学専攻 腫瘍学講座 助教
職名
助教
学位
博士（医学）（2015年8月 鹿児島大学）

研究キーワード

  • ゲノム編集

研究分野

分子生物学

経歴

  • 2018年1月 - 現在    鹿児島大学   医歯学域医学系 医歯学総合研究科 先進治療科学専攻 腫瘍学講座   助教

  • 2013年12月 - 2017年12月    鹿児島大学   医歯学域医学系 医歯学総合研究科 先進治療科学専攻 腫瘍学講座   特任研究員

所属学協会

  • 2022年4月 - 現在    日本病理学会

  •    日本ゲノム編集学会

  •    日本分子生物学会

 

論文

  • Hamada T, Higashi M, Yokoyama S, Akahane T, Hisaoka M, Noguchi H, Furukawa T, Tanimoto A .  MALAT1 functions as a transcriptional promoter of MALAT1::GLI1 fusion for truncated GLI1 protein expression in cancer. .  BMC cancer23 ( 1 ) 424 - 424   2023年5月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/s12885-023-10867-6

    PubMed

  • Hamada T, Yokoyama S, Akahane T, Matsuo K, Tanimoto A .  Genome Editing Using Cas9 Ribonucleoprotein Is Effective for Introducing PDGFRA Variant in Cultured Human Glioblastoma Cell Lines. .  International journal of molecular sciences24 ( 1 ) 500   2022年12月査読 国際誌

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    <jats:p>Many variants of uncertain significance (VUS) have been detected in clinical cancer cases using next-generation sequencing-based cancer gene panel analysis. One strategy for the elucidation of VUS is the functional analysis of cultured cancer cell lines that harbor targeted gene variants using genome editing. Genome editing is a powerful tool for creating desired gene alterations in cultured cancer cell lines. However, the efficiency of genome editing varies substantially among cell lines of interest. We performed comparative studies to determine the optimal editing conditions for the introduction of platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRA) variants in human glioblastoma multiforme (GBM) cell lines. After monitoring the copy numbers of PDGFRA and the expression level of the PDGFRα protein, four GBM cell lines (U-251 MG, KNS-42, SF126, and YKG-1 cells) were selected for the study. To compare the editing efficiency in these GBM cell lines, the modes of clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated protein 9 (Cas9) delivery (plasmid vs. ribonucleoprotein (RNP)), methods of transfection (lipofection vs. electroporation), and usefulness of cell sorting were then evaluated. Herein, we demonstrated that electroporation-mediated transfer of Cas9 with single-guide RNA (Cas9 RNP complex) could sufficiently edit a target nucleotide substitution, irrespective of cell sorting. As the Cas9 RNP complex method showed a higher editing efficiency than the Cas9 plasmid lipofection method, it was the optimal method for single-nucleotide editing in human GBM cell lines under our experimental conditions.</jats:p>

    DOI： 10.3390/ijms24010500

    PubMed

    CiNii Research

  • Hamada T. .  An oncogenic splice variant of PDGFRα in adult glioblastoma as a therapeutic target for selective CDK4/6 inhibitors .  Scientific Reports12 ( 1 ) 1275 - 1275   2022年12月査読 国際誌

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Scientific Reports  

    DOI： 10.1038/s41598-022-05391-9

    Scopus

    PubMed

  • Yokoyama S, Noguchi H, Hamada T, Matsuo K, Akahane T, Kitazono I, Tasaki T, Murakami M, Ohtsuka T, Higashi M, Furukawa T, Tanimoto A .  Methylation heterogeneity of the AQP1 promoter as a candidate prognostic biomarker in cholangiocarcinoma. .  Scientific reports   2026年4月

    　詳細を見る

    記述言語：英語  

    DOI： 10.1038/s41598-026-49380-8

    PubMed

  • Hamada T, Yokoyama S, Nakabayashi R, Suzuki Y, Morishita S, Akahane T, Matsuo K, Kitazono I, Furukawa T, Tanimoto A .  Saturation Genome Editing Targeting KRAS Mutations in HCT 116 Colon Carcinoma Cells for Pooled SNV Functional Profiling in Diploid Cancer Model. .  Current issues in molecular biology48 ( 4 )   2026年3月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3390/cimb48040341

    PubMed

  • Yokoyama S, Kitazono I, Higashi M, Matsuo K, Hamada T, Kirishima M, Noguchi H, Tasaki T, Murakami M, Akahane T, Furukawa T, Ohtsuka T, Sugimoto T, Tanimoto A .  MUC1 promoter methylation pattern diversity and its association with TET3 expression and prognosis in cholangiocarcinoma. .  Scientific reports15 ( 1 ) 37894 - 37894   2025年10月国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-025-21715-x

    PubMed

  • Hamada T, Yokoyama S, Akahane T, Matsuo K, Kitazono I, Furukawa T, Tanimoto A .  Electroporation Induces Unexpected Alterations in Gene Expression: A Tip for Selection of Optimal Transfection Method. .  Current issues in molecular biology47 ( 2 ) 91   2025年1月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    <jats:p>Electroporation is an efficient method for nucleotide and protein transfer, and is used for clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated protein 9 (Cas9)-mediated genome editing. In this study, we investigated the effects of electroporation on platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRA) and receptor tyrosine kinase (RTK) expression in U-251 and U-87 MG cells. PDGFRA mRNA and protein expression decreased 2 days after electroporation in both cell lines, with recovery observed after 13 days in U-87 MG cells. However, in U-251 MG cells, PDGFRα expression remained suppressed, despite mRNA recovery after 13 days. Similar expression profiles were observed for lipofection in the U-251 MG cells. Comprehensive RNA sequencing confirmed electroporation-induced up- and down-regulation of RTK mRNA in U-251 MG cells 2 days post-electroporation. In contrast, recombinant adeno-associated virus (rAAV) transfected with mNeonGreen fluorescent protein or Cas9 did not affect PDGFRA, RTKs, or inflammatory cytokine expression, suggesting fewer adverse effects of rAAV on U-251 MG cells. These findings emphasize the need for adequate recovery periods following electroporation or the adoption of alternative methods, such as rAAV transfection, to ensure the accurate assessment of CRISPR-mediated gene editing outcomes.</jats:p>

    DOI： 10.3390/cimb47020091

    PubMed

    CiNii Research

  • Yoshimura T, Hirano Y, Hamada T, Yokoyama S, Suzuki H, Takayama H, Migita H, Ishida T, Nakamura Y, Ohsawa M, Asakawa A, Ishihata K, Tanimoto A .  Exercise Suppresses Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Growth via Oncostatin M. .  Cancers16 ( 6 ) 1187   2024年3月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    <jats:p>Major advances have been made in cancer treatment, but the prognosis for elderly cancer patients with sarcopenia and frailty remains poor. Myokines, which are thought to exert preventive effects against sarcopenia, have been reported to be associated with the prognosis of various cancers, but their effect on head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is unknown. The aim of this study was to clarify the influence of exercise on the control of HNSCC and to examine the underlying mechanism involved. Mice were injected with HSC-3-M3 cells, a human cell line of highly metastatic and poorly differentiated tongue cancer, at the beginning of the study. Just prior to transplantation, blood was collected from the mice, and the levels of myokines were measured by ELISA. Oncostatin M (OSM), a selected myokine, was added to HSC-3-M3 cells, after which the cell proliferation ability, cell cycle, and protein expression were analyzed in vitro. Tumor cell viability was lower (control: 100%, exercise: 75%), tumors were smaller (control: 26.2 mm3, exercise: 6.4 mm3), and survival was longer in the exercise group than in the control group in vivo. OSM inhibited HSC-3-M3 cell proliferation in a concentration-dependent manner in vitro. The addition of OSM increased the proportion of cells in the G0/G1 phase, decreased the proportion of cells in the G2/M phase, and increased the expression of the CDK inhibitors p21 and p27. These results indicate that exercise may directly inhibit the proliferation of HNSCC cell lines via OSM.</jats:p>

    DOI： 10.3390/cancers16061187

    PubMed

    CiNii Research

  • Makino R, Higa N, Akahane T, Yonezawa H, Uchida H, Takajo T, Fujio S, Kirishima M, Hamada T, Yamahata H, Kamimura K, Yoshiura T, Yoshimoto K, Tanimoto A, Hanaya R .  Alterations in EGFR and PDGFRA are associated with the localization of contrast-enhancing lesions in glioblastoma. .  Neuro-oncology advances5 ( 1 ) vdad110   2023年1月国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    <jats:title>Abstract</jats:title>
    <jats:sec>
    <jats:title>Background</jats:title>
    <jats:p>Glioblastoma (GBM) is a malignant brain tumor, with radiological and genetic heterogeneity. We examined the association between radiological characteristics and driver gene alterations.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Methods</jats:title>
    <jats:p>We analyzed the driver genes of 124 patients with IDH wild-type GBM with contrast enhancement using magnetic resonance imaging. We used a next-generation sequencing panel to identify mutations in driver genes and matched them with radiological information. Contrast-enhancing lesion localization of GBMs was classified into 4 groups based on their relationship with the subventricular zone (SVZ) and cortex (Ctx).</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Results</jats:title>
    <jats:p>The cohort included 69 men (55.6%) and 55 women (44.4%) with a mean age of 66.4 ± 13.3 years. EGFR and PDGFRA alterations were detected in 28.2% and 22.6% of the patients, respectively. Contrast-enhancing lesion touching both the SVZ and Ctx was excluded because it was difficult to determine whether it originated from the SVZ or Ctx. Contrast-enhancing lesions touching the SVZ but not the Ctx had significantly worse overall survival than non-SVZ lesions (441 days vs. 897 days, P = .002). GBM touching only the Ctx had a better prognosis (901 days vs. 473 days, P &lt; .001) than non-Ctx lesions and was associated with EGFR alteration (39.4% vs. 13.2%, P = .015). Multiple contrast lesions were predominant in PDGFRA alteration and RB1-wild type (P = .036 and P = .031, respectively).</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Conclusions</jats:title>
    <jats:p>EGFR alteration was associated with cortical lesions. And PDGFRA alteration correlated with multiple lesions. Our results suggest that clarifying the association between driver genes and tumor localization may be useful in clinical practice, including prognosis prediction.</jats:p>
    </jats:sec>

    DOI： 10.1093/noajnl/vdad110

    PubMed

    CiNii Research

  • Higa N, Akahane T, Yokoyama S, Makino R, Yonezawa H, Uchida H, Takajo T, Kirishima M, Hamada T, Noguchi N, Otsuji R, Kuga D, Nagasaka S, Yamahata H, Yamamoto J, Yoshimoto K, Tanimoto A, Hanaya R .  Favorable prognostic impact of phosphatase and tensin homolog alterations in wild-type isocitrate dehydrogenase and telomerase reverse transcriptase promoter glioblastoma. .  Neuro-oncology advances5 ( 1 ) vdad078   2023年1月国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    <jats:title>Abstract</jats:title>
    <jats:sec>
    <jats:title>Background</jats:title>
    <jats:p>Telomerase reverse transcriptase promoter (TERTp) mutations are a biological marker of glioblastoma; however, the prognostic significance of TERTp mutational status is controversial. We evaluated this impact by retrospectively analyzing the outcomes of patients with isocitrate dehydrogenase (IDH)- and TERTp-wild-type glioblastomas.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Methods</jats:title>
    <jats:p>Using custom next-generation sequencing, we analyzed 208 glioblastoma samples harboring wild-type IDH.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Results</jats:title>
    <jats:p>TERTp mutations were detected in 143 samples (68.8%). The remaining 65 (31.2%) were TERTp-wild-type. Among the TERTp-wild-type glioblastoma samples, we observed a significant difference in median progression-free survival (18.6 and 11.4 months, respectively) and overall survival (not reached and 15.7 months, respectively) in patients with and without phosphatase and tensin homolog (PTEN) loss and/or mutation. Patients with TERTp-wild-type glioblastomas with PTEN loss and/or mutation were younger and had higher Karnofsky Performance Status scores than those without PTEN loss and/or mutation. We divided the patients with TERTp-wild-type into 3 clusters using unsupervised hierarchical clustering: Good (PTEN and TP53 alterations; lack of CDKN2A/B homozygous deletion and platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRA) alterations), intermediate (PTEN alterations, CDKN2A/B homozygous deletion, lack of PDGFRA, and TP53 alterations), and poor (PDGFRA and TP53 alterations, CDKN2A/B homozygous deletion, and lack of PTEN alterations) outcomes. Kaplan–Meier survival analysis indicated that these clusters significantly correlated with the overall survival of TERTp-wild-type glioblastoma patients.</jats:p>
    </jats:sec>
    <jats:sec>
    <jats:title>Conclusions</jats:title>
    <jats:p>Here, we report that PTEN loss and/or mutation is the most useful marker for predicting favorable outcomes in patients with IDH- and TERTp-wild-type glioblastomas. The combination of 4 genes, PTEN, TP53, CDKN2A/B, and PDGFRA, is important for the molecular classification and individual prognosis of patients with IDH- and TERTp-wild-type glioblastomas.</jats:p>
    </jats:sec>

    DOI： 10.1093/noajnl/vdad078

    PubMed

    CiNii Research

  • Yokoyama S, Iwaya H, Akahane T, Hamada T, Higashi M, Hashimoto S, Tanoue S, Ohtsuka T, Ido A, Tanimoto A .  Sequential evaluation of MUC promoter methylation using next-generation sequencing-based custom-made panels in liquid-based cytology specimens of pancreatic cancer. .  Diagnostic cytopathology50 ( 11 ) 499 - 507   2022年8月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    <jats:title>Abstract</jats:title><jats:sec><jats:title>Background</jats:title><jats:p>As liquid‐based cytology (LBC) specimens preserve high‐quality DNA, clinical sequencing of LBC specimens using next‐generation sequencing (NGS) is becoming a common strategy. This study aimed to evaluate the feasibility of NGS‐based custom‐made panels for evaluating <jats:italic>MUC</jats:italic> promoter methylation in LBC specimens.</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Methods</jats:title><jats:p>Thirty‐one patients with pancreatic cancer were enrolled in the study. Cancer tissue samples were obtained using endoscopic ultrasound‐guided fine‐needle aspiration/biopsy (EUS‐FNA/FNB). LBC, formalin‐fixed paraffin‐embedded (FFPE), and fresh frozen specimens were prepared for DNA extraction after pathological diagnosis. These specimens were then subjected to NGS analysis using custom‐made cancer gene screening and methylation panels comprising 28 cancer‐related genes and 13 gene promoter regions, including <jats:italic>MUC1</jats:italic>, <jats:italic>MUC2</jats:italic>, and <jats:italic>MUC4</jats:italic>.</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Results</jats:title><jats:p>The success rate of NGS using the cancer gene panel was comparable among the LBC, FFPE, and frozen specimens, and the presence of cancer cell‐derived somatic mutations in each specimen was confirmed. The specimens were then tested using a methylation panel that revealed the sequential methylation status of CpG islands located in the promoter regions of <jats:italic>MUC</jats:italic> genes. The methylation status results obtained from LBC specimens were almost comparable with those from FFPE and frozen specimens.</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Conclusions</jats:title><jats:p><jats:italic>MUC</jats:italic> and other gene methylation analyses using an NGS‐based panel were successfully performed in residual LBC specimens obtained by EUS‐FNA/FNB. Therefore, this approach provides an alternative source of molecular tests for gene mutations and methylation, especially in the pancreatic cancers, which are often unresectable and unsuitable for obtaining FFPE specimens.</jats:p></jats:sec>

    DOI： 10.1002/dc.25022

    PubMed

    CiNii Research

    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/dc.25022

  • Higa N., Akahane T., Yokoyama S., Yonezawa H., Uchida H., Takajo T., Otsuji R., Hamada T., Matsuo K., Kirishima M., Hata N., Hanaya R., Tanimoto A., Yoshimoto K. .  Prognostic impact of PDGFRA gain/amplification and MGMT promoter methylation status in patients with IDH wild-type glioblastoma .  Neuro-Oncology Advances4 ( 1 ) vdac097   2022年6月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Neuro-Oncology Advances  

    Background: Platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRA) is the second most frequently mutated tyrosine kinase receptor in glioblastoma (GBM). However, the prognostic impact of PDGFRA amplification on GBM patients remains unclear. Herein, we evaluated this impact by retrospectively analyzing outcomes of patients with IDH wild-type GBM. Methods: Using a custom-made oncopanel, we evaluated PDGFRA gain/amplification in 107 GBM samples harboring wild-type IDH, along with MGMT promoter (MGMTp) methylation status. Results: We detected PDGFRA gain/amplification in 31 samples (29.0%). PDGFRA gain/amplification predicted poor prognosis (P =. 003). Compared to unamplified PDGFRA, PDGFRA gain/amplification in GBM was associated with higher patient age (P =. 031), higher Ki-67 score (P =. 019), and lower extent of surgical resection (P =. 033). Unmethylated MGMTp also predicted poor prognosis (P =. 005). As PDGFRA gain/amplification and unmethylated MGMTp were independent factors for poor prognosis in multivariate analyses, we grouped GBM cases based on PDGFRA and MGMTp status: poor (PDGFRA gain/amplification and unmethylated MGMTp), intermediate (PDGFRA gain/amplification or unmethylated MGMTp), and good (PDGFRA intact and methylated MGMTp) prognosis. The Kaplan-Meier survival analysis indicated that these groups significantly correlated with the OS of GBM patients (P <. 001). Conclusions: Here we report that PDGFRA gain/amplification is a predictor of poor prognosis in IDH wild-type GBM. Combining PDGFRA gain/amplification with MGMTp methylation status improves individual prognosis prediction in patients with IDH wild-type GBM.

    DOI： 10.1093/noajnl/vdac097

    Scopus

    PubMed

    CiNii Research

    その他リンク： https://academic.oup.com/noa/article-pdf/4/1/vdac097/45178840/vdac097.pdf

  • Higa N, Akahane T, Hamada T, Yonezawa H, Uchida H, Makino R, Watanabe S, Takajo T, Yokoyama S, Kirishima M, Matsuo K, Fujio S, Hanaya R, Tanimoto A, Yoshimoto K .  Distribution and favorable prognostic implication of genomic EGFR alterations in IDH-wildtype glioblastoma. .  Cancer medicine12 ( 1 ) 49 - 60   2022年6月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    <jats:title>Abstract</jats:title><jats:sec><jats:title>Background</jats:title><jats:p>We aimed to evaluate the mutation profile, transcriptional variants, and prognostic impact of the epidermal growth factor receptor (<jats:italic>EGFR</jats:italic>) gene in isocitrate dehydrogenase (<jats:italic>IDH</jats:italic>)‐wildtype glioblastomas (GBMs).</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Methods</jats:title><jats:p>We sequenced <jats:italic>EGFR</jats:italic>, evaluated the <jats:italic>EGFR</jats:italic> splicing profile using a next‐generation sequencing oncopanel, and analyzed the outcomes in 138 grade IV <jats:italic>IDH</jats:italic>‐wildtype GBM cases.</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Results</jats:title><jats:p><jats:italic>EGFR</jats:italic> mutations were observed in 10% of GBMs. A total of 23.9% of the GBMs showed <jats:italic>EGFR</jats:italic> amplification. Moreover, 25% of the <jats:italic>EGFR</jats:italic> mutations occurred in the kinase domain. Notably, <jats:italic>EGFR</jats:italic> alterations were a predictor of good prognosis (<jats:italic>p</jats:italic> = 0.035). GBM with <jats:italic>EGFR</jats:italic> alterations was associated with higher Karnofsky Performance Scale scores (<jats:italic>p</jats:italic> = 0.014) and lower Ki‐67 scores (<jats:italic>p</jats:italic> = 0.005) than GBM without <jats:italic>EGFR</jats:italic> alterations. <jats:italic>EGFRvIII</jats:italic> positivity was detected in 21% of <jats:italic>EGFR</jats:italic>‐amplified GBMs. We identified two other <jats:italic>EGFR</jats:italic> variants in GBM cases with deletions of exons 6–7 (Δe 6–7) and exons 2–14 (Δe 2–14). In one case, the initial <jats:italic>EGFRvIII</jats:italic> mutation transformed into an <jats:italic>EGFR</jats:italic> Δe 2–14 mutation during recurrence.</jats:p></jats:sec><jats:sec><jats:title>Conclusions</jats:title><jats:p>We found that the <jats:italic>EGFR</jats:italic> gene profiles of GBM differ among cohorts and that <jats:italic>EGFR</jats:italic> alterations are good prognostic markers of overall survival in patients with <jats:italic>IDH</jats:italic>‐wildtype GBM. Additionally, we identified rare <jats:italic>EGFR</jats:italic> variants with longitudinal and temporal transformations of <jats:italic>EGFRvIII</jats:italic>.</jats:p></jats:sec>

    DOI： 10.1002/cam4.4939

    PubMed

    CiNii Research

  • Kirishima M, Yokoyama S, Matsuo K, Hamada T, Shimokawa M, Akahane T, Sugimoto T, Tsurumaru H, Ishibashi M, Mataki Y, Ootsuka T, Nomoto M, Hayashi C, Horiguchi A, Higashi M, Tanimoto A .  Gallbladder microbiota composition is associated with pancreaticobiliary and gallbladder cancer prognosis. .  BMC microbiology22 ( 1 ) 147 - 147   2022年5月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/s12866-022-02557-3

    PubMed

  • Higashi M, Hamada T, Sasaki K, Tsuruda Y, Shimonosono M, Kitazono I, Kirishima M, Tasaki T, Noguchi H, Tabata K, Hisaoka M, Fukukura Y, Ohtsuka T, Tanimoto A .  Esophageal plexiform fibromyxoma: A case report with molecular analysis for MALAT1-GLI1 fusion. .  Pathology, research and practice233   153878 - 153878   2022年5月査読 国際誌

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.prp.2022.153878

    PubMed

  • Kitazono I, Hamada T, Yoshimura T, Kirishima M, Yokoyama S, Akahane T, Tanimoto A .  PCP4/PEP19 downregulates neurite outgrowth via transcriptional regulation of Ascl1 and NeuroD1 expression in human neuroblastoma M17 cells. .  Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology100 ( 12 ) 1551 - 1563   2020年12月

    　詳細を見る

  • Nayuta Higa, Toshiaki Akahane, Seiya Yokoyama, Hajime Yonezawa, Hiroyuki Uchida, Tomoko Takajo, Mari Kirishima, Taiji Hamada, Kei Matsuo, Shingo Fujio, Tomoko Hanada, Hiroshi Hosoyama, Masanori Yonenaga, Akihisa Sakamoto, Tsubasa Hiraki, Akihide Tanimoto, Koji Yoshimoto. .  A tailored next-generation sequencing panel identified distinct subtypes of wildtype IDH and TERT promoter glioblastomas. .  Cancer Science   2020年8月査読

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Ikumi Kitazono, Taiji Hamada, Takuya Yoshimura, Mari Kirishima, Seiya Yokoyama, Toshiaki Akahane, Akihide Tanimoto. .  PCP4/PEP19 downregulates neurite outgrowth via transcriptional regulation of Ascl1 and NeuroD1 expression in human neuroblastoma M17 cells. .  Laboratory Investigation   2020年7月査読

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Springer Nature Limited  

    DOI： 10.1038/s41374-020-0462-z.

  • Yokoyama S, Hamada T, Higashi M, Matsuo K, Maemura K, Kurahara H, Horinouchi M, Hiraki T, Sugimoto T, Akahane T, Yonezawa S, Kornmann M, Batra SK, Hollingsworth MA, Tanimoto A .  Predicted Prognosis of Patients with Pancreatic Cancer by Machine Learning. .  Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research26 ( 10 ) 2411 - 2421   2020年5月

    　詳細を見る

  • Seiya Yokoyama, Taiji Hamada, Michiyo Higashi, Kei Matsuo, Kosei Maemura, Hiroshi Kurahara, Michiko Horinouchi, Tsubasa Hiraki, Tomoyuki Sugimoto, Toshiaki Akahane, Suguru Yonezawa, Marko Kornmann, Surinder K Batra, Michael A Hollingsworth, Akihide Tanimoto. .  Predicted Prognosis of Patients With Pancreatic Cancer by Machine Learning. .  Clinical Cancer Research   2020年5月査読

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Guo X, Noguchi H, Ishii N, Homma T, Hamada T, Hiraki T, Zhang J, Matsuo K, Yokoyama S, Ishibashi H, Fukushige T, Kanekura T, Fujii J, Uramoto H, Tanimoto A, Yamada S .  The Association of Peroxiredoxin 4 with the Initiation and Progression of Hepatocellular Carcinoma. .  Antioxidants & redox signaling30 ( 10 ) 1271 - 1284   2019年4月

    　詳細を見る

  • Akahane T, Yamaguchi T, Kato Y, Yokoyama S, Hamada T, Nishida Y, Higashi M, Nishihara H, Suzuki S, Ueno S, Tanimoto A .  Comprehensive validation of liquid-based cytology specimens for next-generation sequencing in cancer genome analysis. .  PloS one14 ( 6 ) e0217724   2019年招待 査読

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0217724

    PubMed

  • Zhang J, Guo X, Hamada T, Yokoyama S, Nakamura Y, Zheng J, Kurose N, Ishigaki Y, Uramoto H, Tanimoto A, Yamada S .  Protective Effects of Peroxiredoxin 4 (PRDX4) on Cholestatic Liver Injury. .  International journal of molecular sciences19 ( 9 )   2018年8月

    　詳細を見る

  • Onishi S, Kaji T, Yamada W, Nakame K, Machigashira S, Kawano M, Yano K, Harumatsu T, Yamada K, Masuya R, Kawano T, Mukai M, Hamada T, Souda M, Yoshioka T, Tanimoto A, Ieiri S .  Ghrelin stimulates intestinal adaptation following massive small bowel resection in parenterally fed rats. .  Peptides106   59 - 67   2018年8月

    　詳細を見る

  • Honjo K, Hamada T, Yoshimura T, Yokoyama S, Yamada S, Tan YQ, Leung LK, Nakamura N, Ohi Y, Higashi M, Tanimoto A .  PCP4/PEP19 upregulates aromatase gene expression via CYP19A1 promoter I.1 in human breast cancer SK-BR-3 cells. .  Oncotarget9 ( 51 ) 29619 - 29633   2018年7月招待 査読

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Impact Journals, LLC  

    DOI： 10.18632/oncotarget.25651

    PubMed

  • Yamada S, Kawaguchi H, Yamada T, Guo X, Matsuo K, Hamada T, Miura N, Tasaki T, Tanimoto A .  Cholic Acid Enhances Visceral Adiposity, Atherosclerosis and Nonalcoholic Fatty Liver Disease in Microminipigs. .  Journal of atherosclerosis and thrombosis24 ( 11 ) 1150 - 1166   2017年11月

    　詳細を見る

  • Yokoyama S, Higashi M, Tsutsumida H, Wakimoto J, Hamada T, Wiest E, Matsuo K, Kitazono I, Goto Y, Guo X, Hamada T, Yamada S, Hiraki T, Yonezawa S, Batra SK, Hollingsworth MA, Tanimoto A .  TET1-mediated DNA hypomethylation regulates the expression of MUC4 in lung cancer. .  Genes & cancer8 ( 3-4 ) 517 - 527   2017年3月

    　詳細を見る

▼全件表示

共同研究・競争的資金等の研究

  • PDGFRA遺伝子変異の抗がん剤感受性マップの作製

    研究課題/領域番号：22K07305  2022年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究（C）

    濱田 大治, 谷本 昭英, 横山 勢也, 比嘉 那優大

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：4030000円 （ 直接経費：3100000円 、 間接経費：930000円 ）

    当初の研究計画ではPDGFRA遺伝子に対してプライム編集を用いた飽和ゲノム編集を行う予定であったが、実験実施が困難であったことから、Cas9リボヌクレオタンパク質および一本鎖オリゴデオキシ核酸を用いた飽和ゲノム編集により、結腸がん細胞株HCT 116を用いたKRAS遺伝子の機能解析を行った。KRAS遺伝子のホットスポットであるコドン12および13を含む12塩基（36変異）について飽和ゲノム編集を行い、構築したパイプラインで解析したところ、作製した変異が細胞増殖に悪影響を及ぼしていた。これらの変異は臨床においても悪性度の高い変異であり、飽和ゲノム編集実験方法の妥当性が実証された。

  • 飽和ゲノム編集の網羅性を用いて遺伝子変異の特性を多方面から検証する

    研究課題/領域番号：25K10541  2025年4月 - 2028年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    濱田 大治, 谷本 昭英, 横山 勢也, 赤羽 俊章

    　 詳細を見る

    配分額：4550000円 （ 直接経費：3500000円 、 間接経費：1050000円 ）

  • 機械学習を用いた胆管癌悪性度予測モデルの構築

    研究課題/領域番号：24K10385  2024年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    横山 勢也, 谷本 昭英, 濱田 大治, 古川 龍彦, 東 美智代, 杉本 知之, 赤羽 俊章

    　 詳細を見る

    配分額：4550000円 （ 直接経費：3500000円 、 間接経費：1050000円 ）

    本研究では、胆管がん（Cholangiocarcinoma, CC）における遺伝子発現とプロモーター領域のメチル化パターンの関連性を明らかにすることを目的として、主にMUC1およびAQP1遺伝子を対象とした解析を行いました。まず、131名の患者由来サンプルを用い、高解像度ビスルファイトアンプリコンシーケンスによりメチル化状態を詳細に評価した結果、MUC1プロモーターにおいて脱メチル化に関わるTET3が重要な役割を担っていることが示唆されました。MUC1のmRNA発現が高い症例では生存率が低く、また非腫瘍部と腫瘍部ではメチル化様式が異なる可能性も確認されました。このようにMUC1発現とプロモーター領域のメチル化多様性の関係性は、独立した予後因子として機能する可能性があると考えられます。
    一方、AQP1プロモーターのメチル化ヘテロジェネイティについても解析を行ったところ、MSP（Methylated CpG site Sequential Pattern）の組成に基づき二つの群を分類でき、いずれの群も生存率に有意な差が認められました。さらにCox比例ハザード解析では、AQP1のメチル化パターン多様性が独立した予後因子（ハザード比=0.322, p=0.001）であることが示されました。興味深いことに、非腫瘍部と腫瘍部で同様のメチル化変化が観察され、低侵襲な細胞診検体を用いた予後推定への応用が期待できます。なお、本研究と同様のアプローチをMUC4遺伝子にも適用しており、得られた知見は個別化治療の実現に貢献すると考えています。

  • ノンコーディングRNAを転写するMALAT1遺伝子のコーディングしない新規機能の解析

    研究課題/領域番号：24K10125  2024年4月 - 2027年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    野口 紘嗣, 谷本 昭英, 横山 勢也, 濱田 大治, 赤羽 俊章

    　 詳細を見る

    配分額：4550000円 （ 直接経費：3500000円 、 間接経費：1050000円 ）

    本研究を遂行するにあたり、MALAT1融合遺伝子の腫瘍横断的分布の調査をin silico解析を用いて行った。融合遺伝子データベース「Fusion GDB 2.0」（登録融合遺伝子数：1,420,308、登録患者数：12,862）より5'側にMALAT1を融合する融合遺伝子を抽出した。その結果、30症例においてMALAT1融合遺伝子が検出された。その内訳は、胃がん：9症例、卵巣漿液性嚢胞腺癌：4症例、乳腺浸潤がん：3症例と続いた。この症例数の多かったがん種の臨床データベースからMALAT1融合遺伝子の更なる検討を行うことにした。なお、1症例にしかみられなかったが、薬剤ターゲットとしても有用ながん遺伝子であるALK遺伝子が融合したMALAT1:ALK融合遺伝子も確認された。この融合遺伝子がALK遺伝子の増幅に関与している可能性が考えられるため、この融合遺伝子について分子生物学的手法を用いた解析を検討することとした。
    次世代シーケンサーによる並列シーケンス解析により、全ゲノムシーケンス（WGS）やRNAシーケンス（RNA-seq）データから高感度に融合遺伝子を検出することが可能となっている。この解析方法でMALAT1融合遺伝子を検出するための検討を行った。まず最初に、WGSやRNA-seqでのより高感度な検出のため、caputure-seqを検討した。Capture-seqは通常のシーケンスと比較して低頻度な遺伝子変異も感度よく検出でき、融合遺伝子でもその有用性が確認できた。また、WGSやRNA-seqから融合遺伝子を解析するためのパイプラインを構築し、パイプラインによる融合遺伝子検出のバリデーションも完了した。

  • 膠芽腫におけるドライバー遺伝子変異の空間的プロテオミクスへの基盤構築

    研究課題/領域番号：23K08546  2023年4月 - 2026年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    比嘉 那優大, 花谷 亮典, 谷本 昭英, 米澤 大, 横山 勢也, 濱田 大治, 赤羽 俊章

    　 詳細を見る

    配分額：4810000円 （ 直接経費：3700000円 、 間接経費：1110000円 ）

    2021年WHO脳腫瘍分類が第5版に改訂され、遺伝子変異をはじめとする分子診断は必須となりつつあるため、がん「遺伝子パネル検査」は、膠芽腫の治療において重要である。しかしながら、このパネル検査結果から数多くの意義不明変異（variant of uncertain significance：VUS）が検出されていることから、病的変異に関するエビデンスの構築は喫緊の課題である。そこで本研究計画では、VUSの意義を解明するとともに、VUSから翻訳される蛋白質の組織内分布解析（空間的プロテオミクス解析）を行うことでVUSの分子生物学的および組織学的背景を明らかにすることを目的とする。解析対象の遺伝子としては予後不良因子としてPDGFRA遺伝子、予後良好因子としてEGFR遺伝子を抽出した。PDGFRA遺伝子変異は男性に多く、高齢という特徴を有していた。しかし、PDGFRA遺伝子変異を有する症例での検討では、細胞内ドメインに変異をもつ症例は女性に多く、細胞外ドメインに変異をもつ症例は男性に多いという特徴を有していた。また、EGFR遺伝子変異を有する症例の検討では、諸外国のコホートと比較して細胞内ドメインに変異をもつ割合が高いことが明らかとなった。以上より、遺伝子変異がどのドメインにあるかによって臨床学的背景が異なることが示唆された。

  • 膠芽腫におけるEGFR意義不明変異の機能解析

    研究課題/領域番号：23K08526  2023年4月 - 2026年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    霧島 茉莉, 谷本 昭英, 横山 勢也, 濱田 大治, 赤羽 俊章, 比嘉 那優大

    　 詳細を見る

    配分額：4680000円 （ 直接経費：3600000円 、 間接経費：1080000円 ）

    昨年度、標的遺伝子であるEpidermal Growth Factor Receptor 1（EGFR）遺伝子の細胞外ドメイン欠損であるエクソン2-14欠損 EGFR(⊿2-14 EGFR)をゲノム編集で編集した膠芽腫細胞株U 87MGを作製し、本年度は別の膠芽腫細胞株NMC-G1についても変異を有するクローンを作製し、これらのクローンについて細胞特性を調査した。このクローンおよびEGFR vIII変異クローンを培養し、mRNA（リアルタイムPCR）および蛋白質（ウェスタンブロット）解析を行った。リアルタイムPCRでは変異mRNAは⊿2-14およびvIIIいずれも検出され、野生型と比較して高発現であったが、ウェスタンブロット解析では蛋白質変異体は検出されないか、検出されてもごく微量の発現であった。この変異体低発現の原因を探るため、クローン細胞の培養条件を検討した。クローン細胞を三次元培養条件下で継代したところ、⊿2-14EGFR変異体と思われるシグナルがウェスタンブロット解析で検出され、発現量が培養期間に応じて増加していると考えられた。このシグナルが変異体のものであるかを確認するため、EGFRプロモーター領域および変異mRNAを搭載したプラスミドを作製した。作製したプラスミドを用いたプロモーターアッセイ（ルシフェラーゼアッセイ）およびプラスミド導入した過剰発現細胞を用いたウェスタンブロット解析を来年度から実施予定である。

  • 膵癌リキッドバイオプシに向けたＤＮＡメチル化マーカーの創出

    研究課題/領域番号：21K07222  2021年4月 - 2024年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    横山 勢也, 谷本 昭英, 濱田 大治, 東 美智代, 杉本 知之, 赤羽 俊章

    　 詳細を見る

    配分額：4160000円 （ 直接経費：3200000円 、 間接経費：960000円 ）

    従来のメチル化特異的電気泳動法のボトルネックを解消するため、NGSを用いたバイサルファイトアンプリコンシークエンス（BSAS）パネルを開発。これにより、FFPE、LBC、凍結検体でのDNAメチル化解析が可能となり、膵臓癌の悪性度予測に有効であることが示された。さらに、MUC1プロモーター領域のメチル化解析は、膵胆道癌の予後指標として有用であることが確認された。

  • 乳癌を標的とした新規アロマターゼ阻害剤の開発に向けた基盤研究

    2018年4月 - 2021年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

  • 乳癌を標的とした新規アロマターゼ阻害剤の開発に向けた基盤研究

    研究課題/領域番号：18K07018  2018年4月 - 2021年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    濱田 大治, 谷本 昭英, 飛田 陽, 横山 勢也, 東 美智代

    　 詳細を見る

    配分額：4420000円 （ 直接経費：3400000円 、 間接経費：1020000円 ）

    本研究は、既存のアロマターゼ阻害剤とは異なるアロマターゼの遺伝子転写の抑制を標的にした新たな作用機序を有するアロマターゼ阻害薬の基盤研究を行い、臨床上の問題の解決につなげることを目的とした。ヒト乳癌培養細胞を用いたアロマターゼ活性測定、ルシフェラーゼアッセイ、リアルタイムPCR解析などを用いてPCP4およびアロマターゼの関連性を検討したところ、アロマターゼの発現はPCP4によって調節されており、その調節はアロマターゼ遺伝子からの転写を介した作用であることが明らかとなった。

▼全件表示