研究者詳細 - 榮　慶丈

2026/03/06 更新

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サカエ　ヨシタケ

榮　慶丈

SAKAE Yoshitake

所属

総合科学域共同学系情報基盤統括センター准教授

学位

博士（理学）（2004年9月総合研究大学院大学）

連絡先

メールアドレス

外部リンク

研究キーワード

分子シミュレーション、計算化学

研究分野

生物物理学, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

学歴

2001年4月 - 2003年9月総合研究大学院大学数物科学研究科機能分子科学専攻
1999年4月 - 2001年3月鹿児島大学大学院理工学研究科情報工学専攻
1995年4月 - 1999年3月鹿児島大学工学部情報工学科

経歴

2026年2月 - 現在鹿児島大学総合科学域共同学系情報基盤統括センター准教授
2026年2月 - 現在岡山大学客員研究員
2020年9月 - 2022年3月名古屋大学大学院理学研究科客員研究員
2019年4月 - 2026年1月高度情報科学技術研究機構計算科学技術部研究員
2017年5月 - 2019年3月テンプル大学化学科特任助教
2014年4月 - 2017年4月名古屋大学大学院理学研究科特任助教
2013年6月 - 2017年4月名古屋大学情報基盤センター専門分野相談員
2011年4月 - 2014年3月自然科学研究機構分子科学研究所研究員
2009年4月 - 2011年3月名古屋大学大学院理学研究科特任助教
2008年4月 - 2009年3月自然科学研究機構分子科学研究所研究員
2007年4月 - 2008年3月広島大学大学院理学研究科特任助教
2004年4月 - 2006年3月広島大学大学院理学研究科特任助手
2003年10月 - 2004年3月広島大学大学院理学研究科化学専攻助手

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所属学協会

2013年1月 - 2014年12月 Biophysical Society
2010年4月 - 2011年3月日本蛋白質科学会
2005年4月 - 現在日本生物物理学会

委員歴

2011年溶液化学シンポジウム実行委員学協会
2009年新学術領域「揺らぎと生体機能」第3階公開シンポジウム実行委員学協会
2007年第4回ナノ・バイオ・インフォ化学シンポジウム実行委員学協会
2007年情報計算化学生物学会（CBI学会）2007年大会実行委員学協会
2006年第3回ナノ・バイオ・インフォ化学シンポジウム実行委員学協会
2005年第2回ナノ・バイオ・インフォ化学シンポジウム実行委員学協会
2004年第8回理論化学討論会実行委員学協会
2004年第1回ナノ・バイオ・インフォ化学シンポジウム実行委員学協会
2004年分子構造総合討論会2004 実行委員学協会

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留学歴

2016年1月 - 2016年3月アメリカ国立衛生研究所客員研究員
2014年10月 - 2015年1月ニューヨーク州立大学ストーニーブルック校客員研究員

論文

Saeko Yanaka, Yoshitake Sakae, Yohei Miyanoiri, Takumi Yamaguchi, Yukiko Isono, Sachiko Kondo, Miyuki Iwasaki, Masayoshi Onitsuka, Hirokazu Yagi, Koichi Kato . Exploring Glycoform-Dependent Dynamic Modulations in Human Immunoglobulin G via Computational and Experimental Approaches . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America122 e2505473122 2025年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1073/pnas.2505473122

DOI： https://doi.org/10.1073/pnas.2505473122
Yoshitake Sakae, Takeshi Kawasaki and Yuko Okamoto . Distribution and structure analysis of fibril-forming peptides focusing on concentration dependency . ACS Omega7 10012 - 10021 2022年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1021/acsomega.1c04960

DOI： https://doi.org/10.1021/acsomega.1c04960
Yoshitake Sakae, Bin W Zhang, Ronald M Levy and Nanjie Deng . Absolute Protein Binding Free Energy Simulations for Ligands with Multiple Poses . Journal of Computational Chemistry41 56 - 68 2020年査読国際共著

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.26078Digital Object Identifier

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.26078Digital Object Identifier
Yoshitake Sakae, John E. Straub and Yuko Okamoto . Enhanced sampling method in molecular simulations using genetic algorithm for biomolecular systems . Journal of Computational Chamistry40 475 - 481 2019年査読国際共著

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.25735Digital Object Identifier (DOI)

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.25735Digital Object Identifier (DOI)
Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura and Yuko Okamoto . Structual Analysis of a Trimer of Beta2-Microgloblin Fragment by Molecular Dynamics Simulations . Biophysical Journal116 781 - 790 2019年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.3143

DOI： https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.3143
Yukihiro Itoh, Yusuke Nakashima, Shuichiro Tsukamoto, Takashi Kurohira, Miki Suzuki, Yoshitake Sakae, Masayuki Oda, Yuko Okamoto, and Takayoshi Suzuki . N+-C-H…O Hydrogen bonds in protein-ligand complexes . Scientific Reports9 767 2019年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1038/s41598-018-36987-9

DOI： https://doi.org/10.1038/s41598-018-36987-9
Shin Kawano, Yasushi Tamura, Rieko Kojima, Siqin Bala, Eri Asai, Agnès H. Michel, Benoît Kornmann, Isabelle Riezman, Howard Riezman, Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, Toshiya Endo . Structure-function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm1-Mdm12 of ERMES . Journal of Cell Biology217 959 - 974 2018年査読国際共著

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1083/jcb.201704119

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Shuichiro Tsukamoto Yoshitake Sakae, Yukihiro Itoh, Takayoshi Suzuki and Yuko Okamoto . Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations . Journal of Chemical Physics148 125102 2018年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1063/1.5019209

DOI： https://doi.org/10.1063/1.5019209
Yoshitake Sakae, Tadashi Saitoh, Hirokazu Yagi, Saeko Yanaka, Takumi Yamaguchi, Yuya Isoda, Shigeru Iida, Yuko Okamoto and Koichi Kato . Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcgamma receptor IIIa . Scientific Reports7 13780 2017年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1038/s41598-017-13845-8

DOI： https://doi.org/10.1038/s41598-017-13845-8
Ying Zhang, Takumi Yamaguchi, Tadashi Satoh, Maho Yagi-Utsumi, Yukiko Kamiya, Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto and Koichi Kato . Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation . Advances in Experimental Medicine and Biology842 217 - 230 2015年査読国際共著

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
Norishiro Nishikawa, Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Molecular Dynamics Simulations to Clarify the Concentration Dependency of Protein Aggregation . JPS Conference Proceedings5 011020 (7 pages) 2015年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： https://doi.org/10.7566/JPSCP.5.011020

DOI： https://doi.org/10.7566/JPSCP.5.011020
Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii and Yuko Okamoto . Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover . Molecular Simulation41 1045 - 1049 2015年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2015.1016937

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2015.1016937
Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii and Yuko Okamoto . A conformational search method of protein systems using genetic crossover and metropolis criterion . Journal of Physics: Conference Series487 012003 2014年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1088/1742-6596/487/1/012003

DOI： 10.1088/1742-6596/487/1/012003
Takumi Yamaguchi, Yoshitake Sakae Ying Zhang, Sayoko Yamamoto, Yuko Okamoto and Koichi Kato . Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation, Angewandte Chemie International Edition . Angewandte Chemie International Edition53 10941 - 10944 2014年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1002/anie.201406145

DOI： https://doi.org/10.1002/anie.201406145
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Amino-acid-dependent main-chain torsion-energy terms for protein systems . Journal of Chemical Physics138 064103(8pages) 2013年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1063/1.4774159

DOI： https://doi.org/10.1063/1.4774159
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by the double Fourier series expansion . Molecular Simulation39 83 - 93 2013年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2012.705432

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2012.705432
Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki and Yuko Okamoto . Protein structure predictions by parallel simulated annealing molecular dynamics using genetic crossover . Journal of Computational Chemistry32 1353 - 1360 2011年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.21716

DOI： https://doi.org/10.1002/jcc.21716
Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki and Yuko Okamoto . New conformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins . Pacific Symposium on Biocomputing 16 217 - 228 2011年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Optimisation of OPLS-UA force-field paramters for protein systems using protein data bank . Molecular Simulation36 1148 - 1156 2010年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2010.507247

DOI： https://doi.org/10.1080/08927022.2010.507247
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Controlling the seconday-structure-forming tendencies of proteins by a backbone torsion-energy term . Molecular Simulation36 138 - 158 2010年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903124601

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903124601
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Determination method of the balance of the secondary -structure-forming tendencies of force fields . Molecular Simulation36 159 - 165 2010年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903131143

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903131143
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Folding simulations of three proteins having all alpha-helix, all beta-strand and alpha/beta-structures . 36 302 - 310 2010年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903373638

DOI： https://doi.org/10.1080/08927020903373638
Yoshitake Sakae, Toshiaki Matsubara, Misako Aida, Hidemasa Kondo, Kazuo Masaki and Haruyuki Iefuji . ONIOM study of the mechanism of the enzymatic hydrolysis of biodegradable plastics . Bulletin of the Chemical Society of Japan82 338 - 346 2009年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1246/bcsj.82.338

DOI： https://doi.org/10.1246/bcsj.82.338
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions . Proceedings of International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences 2009 (ICCES’09) 791 - 801 2009年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Molecular simulations using a new torsion-energy term for protein systems . Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2008 213 - 220 2008年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
Jun Nakazawa, Yoshitake Sakae, Misako Aida and Yoshinori Naruta . Kinetic investigations of the process of encapsulation of small hydrocarbons into a cavitand-porphyrin . Journal of Organic Chemistry72 9448 - 9455 2007年査読

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1021/jo701299v

DOI： https://doi.org/10.1021/jo701299v
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy . Journal of the Physical Society of Japan75 054802(9pages) 2006年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1143/JPSJ.75.054802

DOI： https://doi.org/10.1143/JPSJ.75.054802
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Protein force-filed parameters optimized with the Protein Data Bank. II. Comparisons of force fields by folding simulations of short peptides . Journal of Theoretical and Computational Chemistry3 359 - 378 2004年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1142/S0219633604001094

DOI： https://doi.org/10.1142/S0219633604001094
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Protein force-filed parameters optimized with the Protein Data Bank. I. Force-field optimizations . Journal of Theoretical and Computational Chemistry3 339 - 358 2004年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1142/S0219633604001082

DOI： https://doi.org/10.1142/S0219633604001082
Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto . Optimization of protein force-field parameters with the Protein Data Bank . Chemical Physics Letters382 626 - 636 2003年査読

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1016/j.cplett.2003.10.107

DOI： https://doi.org/10.1016/j.cplett.2003.10.107

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書籍等出版物

Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes 査読

Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto（担当：共著 , 範囲: Optimizations of Protein Force Fields）

Springer Cham 2014年（ ISBN:978-3-319-95843-9 ）

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総ページ数：52 担当ページ：249-267 記述言語：英語著書種別：学術書

DOI： https://doi.org/10.1007/978-3-319-95843-9
分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析査読

榮慶丈、西川直宏、塚本修一朗、鈴木孝禎、岡本祐幸（担当：共著）

薬学雑誌 136 巻 2016年

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総ページ数：8 担当ページ：113-120 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論
A Mini-review on Chemoinfomatics Approaches for Drug Discovery 査読

Norihito Kawashita, Hiroyuki Yamasaki, Tomoyuki Miyao, Kentato Kawai, Yoshitake Sakae, Takeshi Ishikawa, Kenichi Mori, Shinya Nakamura, Hiromasa Kaneko（担当：共著）

Journal of Computer Aided Chemistry 16 2015年

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総ページ数：15 担当ページ：3 記述言語：英語著書種別：教科書・概説・概論
タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数査読

榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸（担当：共著）

日本物理学会会誌 67 巻 2012年

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総ページ数：7 担当ページ：343-349 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論
タンパク質系のポテンシャル関数の比較と改良査読

榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸（担当：共著）

分子シミュレーション研究会会誌 “アンサンブル”, VOL. 11 2009年

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総ページ数：5 担当ページ：8-12 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論
PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化査読

榮慶丈、岡本祐幸（担当：共著）

生物物理 VOL. 45 2005年

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総ページ数：4 担当ページ：145-148 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論
PDBデータベースによる力場パラメータの最適化査読国際共著

榮慶丈、岡本祐幸（担当：共著）

分子シミュレーション研究会会誌　“アンサンブル”　VOL. 6 2004年

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総ページ数：3 担当ページ：33-35 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論

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講演・口頭発表等

Ito Shota, Tsujikawa Koyo, Sahashi Kentaro, Kawasaki Takeshi, Sakae Yoshitake, Katsuno Masahisa . 分子動力学シミュレーションとアンブレラサンプリングによる神経疾患関連フィラミンA変異の構造解析(Molecular Dynamics and Umbrella Sampling Reveal Structural Changes in Filamin-A Mutants associated with Neurodegenerative disorders) . 生物物理 2025年8月 (一社)日本生物物理学会

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記述言語：英語
榮　慶丈 . 分子シミュレーションで用いるタンパク質系力場の改良 . 第 10 回日本蛋白質科学会年会 2010年6月招待

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
榮　慶丈 . 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明 . 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会 2011年1月招待

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
榮　慶丈 . レプリカ交換法によるタンパク質の立体構造予測 . 平成 24 年度「京」を中核とする HPCI システム利用研究課題中間報告会 2013年3月招待

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
Yoshitake Sakae . Refinement of force-field parameters for protein systems . Workshop on Molecular Simulations of Biophysics and Biochemistry 2013年11月招待

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
榮　慶丈 . 分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析 . 日本薬学会第135年会 2015年3月招待

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国
Yoshitake Sakae . Force fields and conformational search methods for protein system . Research seminar 2014年12月招待国際会議

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

開催地：Stony Brook University 国名：アメリカ合衆国
Yoshitake Sakae . A Conformational Search Method of Molecular Simulation Using Genetic Algorithm for Protein Systems . The 4th IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2015年8月招待国際会議

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記述言語：英語会議種別：口頭発表（招待・特別）

国名：日本国

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受賞

論文賞

2016年9月 Journal of Computer Aided Chemistry A Mini-review on Chemoinfomatics Approaches for Drug Discovery

Norihito Kawashita, Hiroyuki Yamasaki, Tomoyuki Miyao, Kentato Kawai, Yoshitake Sakae, Takeshi Ishikawa, Kenichi Mori, Shinya Nakamura, Hiromasa Kaneko

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受賞区分：学会誌・学術雑誌による顕彰受賞国：日本国

共同研究・競争的資金等の研究

高密度環境が引き起こすアミロイド病原因物質凝集機構の解明

研究課題/領域番号：hp150134 2015年4月 - 2016年3月

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI) 革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI)

榮　慶丈

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担当区分：研究代表者
過飽和条件下によるアミロイド病原因物質の構造形成

研究課題/領域番号：hp130108 2014年4月 - 2015年3月

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI) 革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI)

榮　慶丈

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担当区分：研究代表者
効果的に生分解性プラスチックを分解する酵素の触媒機構

研究課題/領域番号：19750126 2007年4月 - 2009年3月

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究（B）

榮　慶丈

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資金種別：競争的資金

配分額：3190000円
創薬研究を例とした先端的学際的な計算機実習講義と教材の開発

研究課題/領域番号：18650234 2006年4月 - 2007年3月

日本学術振興会科学研究費補助金萌芽研究

原田隆範、相田美砂子、榮慶丈、合田祥子

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資金種別：競争的資金

配分額：3300000円

担当経験のある授業科目

物理学セミナーIV-1

2015年4月

-

2016年3月
機関名：名古屋大学

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科目区分：大学院専門科目国名：日本国
計算機活用演習

2004年4月

-

2007年3月
機関名：広島大学

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科目区分：大学院教養科目国名：日本国

メディア報道

自然科学研究機構など、糖鎖による抗体ダイナミクスの制御機構を解明〜分子経絡が抗体医薬設計の新たな鍵に〜インターネットメディア

日経BP 日経バイオテク https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/release/25/08/06/25188/ 2025年8月

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執筆者：本人以外