2024/12/10 更新

写真a

イシカワ　タケシ
石川　岳志
ISHIKAWA Takeshi
所属
理工学域工学系 理工学研究科（工学系） 工学専攻 化学生命工学プログラム 教授
職名
教授

学位

  • 博士（理学） （ 2005年3月   北海道大学 ）

研究キーワード

  • インシリコ創薬

  • 理論化学

  • 計算化学

  • 生命計算化学

  • 理論化学

  • 分子軌道法

  • フラグメント分子軌道法

  • PAICS

  • 量子化学

  • 計算化学

  • 抗体医薬品

  • プリオン病創薬

  • タンパク間相互作用（PPI）解析

  • タンパクータンパクドッキング

研究分野

  • ライフサイエンス / 生物物理学

  • ナノテク・材料 / 基礎物理化学  / 計算化学

  • 情報通信 / 計算科学

  • ライフサイエンス / 薬系分析、物理化学

学歴

  • 北海道大学   化学専攻

    2001年4月 - 2005年3月

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    国名： 日本国

  • 北海道大学   化学専攻

    1999年4月 - 2001年3月

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    国名： 日本国

  • 北海道大学   化学第二学科

    1996年4月 - 1999年3月

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    国名： 日本国

  • 北海道大学   教養部理Ⅰ系

    1994年4月 - 1996年3月

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    国名： 日本国

経歴

  • 鹿児島大学   理工学域工学系 理工学研究科（工学系） 工学専攻 化学生命工学プログラム   教授

    2020年4月 - 現在

  • 鹿児島大学 学術研究院 理工学域工学系 工学専攻 化学生命工学プログラム 教授

    2020年4月 - 現在

  • 鹿児島大学   理工学域工学系 理工学研究科（工学系） 化学生命・化学工学専攻   教授

    2018年10月 - 2020年3月

  • 鹿児島大学   学術研究院 理工学域工学系 化学生命・化学工学専攻   教授

    2018年10月 - 2020年3月

  • 長崎大学   大学院医歯薬学総合研究科   准教授

    2013年2月 - 2018年9月

  • 東北大学   工学研究科エネルギー安全科学国際研究センター   助教

    2012年4月 - 2013年1月

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    国名：日本国

  • 岐阜大学   人獣感染防御研究センター   助教

    2008年3月 - 2012年3月

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    国名：日本国

  • 独立行政法人科学技術振興機構（勤務地：立教大学）   理学部化学科   研究員

    2005年4月 - 2008年2月

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    国名：日本国

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所属学協会

  • 日本薬学会

  • 日本生物物理学会

  • 日本化学会

  • CBI学会

委員歴

  • CBI学会   年会実行委員  

    2018年4月 - 2019年3月   

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    団体区分：学協会

  • 情報計算化学生物（CBI）学会   CBI学会評議員  

    2014年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

  • CBI学会   評議員  

    2014年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

  • 情報計算化学生物（CBI）学会   CBI学会プログラム委員  

    2013年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

  • 情報計算化学生物（CBI）学会   CBIジャーナル編集委員（第一分野長）  

    2013年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

  • CBI学会   ジャーナル編集委員（第一分野長）  

    2013年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

  • CBI学会   年会プログラム委員  

    2013年4月 - 現在   

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    団体区分：学協会

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論文

  • Koze H, Sudoh M, Onitsuka S, Okamura H, Ishikawa T, Tani F, Miyata-Yabuki Y, Shirouzu M, Baba M, Okamoto M, Hamada T .  Sulfoquinovosyl diacylglycerol, a component of Holy Basil Ocimum tenuiflorum, inhibits the activity of the SARS-CoV-2 main protease and viral replication in vitro. .  Journal of natural medicines   2024年11月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1007/s11418-024-01855-6

    PubMed

  • Wataru Imamura, Tomohiro Yamasaki, Hikaru Kato, Takeshi Ishikawa .  Computational study on the inhibition mechanism of cyclodextran against GTF-SI from Streptococcus mutans focusing on the glucan-binding domain .  Carbohydrate Polymer Technologies and Applications7   100473 - 100473   2024年6月査読

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Carbohydrate Polymer Technologies and Applications  

    Glucosyltransferases (GTFs) from Streptococcus mutans (S. mutans) are enzymes that synthesize glucan, a polymer that forms a biofilm causing dental caries. Cyclodextran (CI), which contains a ring structure formed from D-glucose by α-1,6 glycoside linkage, has been reported to strongly inhibit GTFs. In contrast, cyclodextrin, formed by α-1,4 glycoside linkage, has almost no inhibitory activity. In this study, we examined the inhibition mechanism of CI through computational chemistry, focusing on the glucan-binding domain of GTF-SI, which is one of GTFs produced by S. mutans. Analysis using molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital method demonstrated a clear difference in the molecular interaction mechanism between α-1,6- and α-1,4-linked oligosaccharides. The calculated affinity of α-1,6-linked oligosaccharides was higher than that of α-1,4-linked oligosaccharides. Additionally, geometry optimization based on density functional theory revealed that three amino acids—Q1282, K1284, and S1302—play an essential role in the binding with α-1,6-linked oligosaccharides. These results successfully explain the inhibition mechanism of CI.

    DOI： 10.1016/j.carpta.2024.100473

    Scopus

  • Mizuta S, Yamaguchi T, Ishikawa T .  Nucleophilic fluorine substitution reaction of α-carbonyl benzyl bromide, phenylthiofluoroalkyl bromide, and 2-bromo-2-phenoxyacetonitrile. .  RSC advances14 ( 27 ) 19062 - 19066   2024年査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：RSC Advances  

    We herein describe a new method for nucleophilic fluorine substitution of alkylbromides using Et3N·3HF. The process is characterized by a broad substrate scope, good functional-group compatibility, and mild conditions and provides a variety of alkylfluorides including tertiary alkylfluorides that are versatile and structurally attractive.

    DOI： 10.1039/d4ra03085k

    Scopus

    PubMed

  • 石川 岳志, 堀谷 正樹, 寺沢 宏明 .  支部だより .  生物物理64 ( 2 ) 112 - 113   2024年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会  

    DOI： 10.2142/biophys.64.112

  • Kousaka S., Ishikawa T. .  Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking without Empirical Parameters .  Journal of Chemical Theory and Computation20 ( 12 ) 5164 - 5175   2024年査読

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Chemical Theory and Computation  

    This study developed a novel protein-protein docking approach based on quantum chemistry. To judge the appropriateness of complex structures, we introduced two criterion values, EV1 and EV2, computed using the fragment molecular orbital method without any empirical parameters. These criterion values enable us to search complex structures in which patterns of the electrostatic potential of the two proteins are optimally aligned at their interface. The performance of our method was validated using 53 complexes in a benchmark set provided for protein-protein docking. When employing bound state structures, docking success rates reached 64% for EV1 and 76% for EV2. On the other hand, when employing unbound state structures, docking success rates reached 13% for EV1 and 17% for EV2.

    DOI： 10.1021/acs.jctc.4c00531

    Scopus

    PubMed

  • Satoshi Mizuta, Tomoko Yamaguchi, Masaharu Iwasaki, Takeshi Ishikawa .  A facile access to aliphatic trifluoromethyl ketones <i>via</i> photocatalyzed cross-coupling of bromotrifluoroacetone and alkenes .  Organic &amp; Biomolecular Chemistry22 ( 45 ) 8847 - 8856   2024年査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Organic and Biomolecular Chemistry  

    Biological molecules incorporating trifluoromethyl ketones (TFMKs) have emerged as reversible covalent inhibitors, aiding in the management and treatment of inflammatory diseases, cancer, and respiratory conditions. TFMKs, renowned for their versatile binding properties and adaptability, are pivotal in the rational design of novel drugs for diverse diseases. The photocatalytic insertion of alkenes, abundant feedstocks, into the α-carbon of trifluoromethylacetone represents a highly effective and atom-economical method for synthesizing valuable TFMKs. However, these processes typically necessitate high-energy photoirradiation (λ > 300 nm, Hg lamp) and stoichiometric oxidants to generate the acetonyl radical from acetone. In our study, we demonstrate the visible-light photocatalytic radical addition into olefins using bromotrifluoroacetone as the trifluoroacetonyl radical precursor under mild conditions. Aliphatic trifluoromethyl ketones or the corresponding bromo-substituted products can be obtained by selecting an appropriate photocatalyst and solvent. Comprehensive experimental investigations, including cyclic voltammetry, Stern-Volmer quenching studies, and kinetic isotope effects, corroborate the synthesis of trifluoroacetonyl radical species from bromotrifluoroacetone under photoredox conditions. Further, we demonstrate the efficient synthesis of an oseltamivir derivative bearing a trifluoromethylketone moiety, which shows promising biological activity. Hence, this methodology will streamline the direct introduction of trifluoromethyl ketone into biological target molecules during drug discovery.

    DOI： 10.1039/d4ob01247j

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    PubMed

  • Satoshi Mizuta, Masahiro Tabira, Naoki Shichiro, Tomoko Yamaguchi, Jun Ishihara, Takeshi Ishikawa .  Reaction Mechanism and Origin of Stereoselectivity in the Fluorination and Trifluoromethylthiolation of 2‐Bromoamides with AgF and AgSCF3 .  European Journal of Organic Chemistry   2023年11月査読

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Wiley  

    Reactions of chiral α‐bromoamides with AgF readily gave the corresponding 2‐fluorinated amide with retention of configuration. The mechanism and origin of the stereochemistry were rationalised using density functional theory calculations, which suggested a double‐inversion pathway via the formation of an aziridinone intermediate. The computed reaction pathway is consistent with the experimental results. In addition, the stereochemistry in base‐promoted trifluoromethylthiolation of α‐bromoamides using AgSCF3 was examined. The experimental results showed that the reaction proceeds through the generation of a neutral aziridinone intermediate, following the attack of a trifluoromethylthiolate anion at C‐3. The stereoselectivity of C‐3 attack on the aziridinone depended on the steric bulk of substitutes on the α‐position and nitrogen of the amide. The study results show the potential utility of AgF and AgSCF3 in the synthesis of chiral 2‐functionalized amide derivatives and provide mechanistic insights for nucleophilic substitution of 2‐bromoamides.

    DOI： 10.1002/ejoc.202301100

  • Toyomoto T, Ono K, Shiba T, Momitani K, Zhang T, Tsutsuki H, Ishikawa T, Hoso K, Hamada K, Rahman A, Wen L, Maeda Y, Yamamoto K, Matsuoka M, Hanaoka K, Niidome T, Akaike T, Sawa T .  Alkyl gallates inhibit serine O-acetyltransferase in bacteria and enhance susceptibility of drug-resistant Gram-negative bacteria to antibiotics. .  Frontiers in microbiology14   1276447   2023年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Frontiers in Microbiology  

    A principal concept in developing antibacterial agents with selective toxicity is blocking metabolic pathways that are critical for bacterial growth but that mammalian cells lack. Serine O-acetyltransferase (CysE) is an enzyme in many bacteria that catalyzes the first step in l-cysteine biosynthesis by transferring an acetyl group from acetyl coenzyme A (acetyl-CoA) to l-serine to form O-acetylserine. Because mammalian cells lack this l-cysteine biosynthesis pathway, developing an inhibitor of CysE has been thought to be a way to establish a new class of antibacterial agents. Here, we demonstrated that alkyl gallates such as octyl gallate (OGA) could act as potent CysE inhibitors in vitro and in bacteria. Mass spectrometry analyses indicated that OGA treatment markedly reduced intrabacterial levels of l-cysteine and its metabolites including glutathione and glutathione persulfide in Escherichia coli to a level similar to that found in E. coli lacking the cysE gene. Consistent with the reduction of those antioxidant molecules in bacteria, E. coli became vulnerable to hydrogen peroxide-mediated bacterial killing in the presence of OGA. More important, OGA treatment intensified susceptibilities of metallo-β-lactamase-expressing Gram-negative bacteria (E. coli and Klebsiella pneumoniae) to carbapenem. Structural analyses showed that alkyl gallate bound to the binding site for acetyl-CoA that limits access of acetyl-CoA to the active site. Our data thus suggest that CysE inhibitors may be used to treat infectious diseases caused by drug-resistant Gram-negative bacteria not only via direct antibacterial activity but also by enhancing therapeutic potentials of existing antibiotics.

    DOI： 10.3389/fmicb.2023.1276447

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    PubMed

  • Wataru Imamura, Tomohiro Yamasaki, Hikaru Kato, Takeshi Ishikawa .  Insights into the molecular interaction of cyclodextran with a guest molecule: A computational study .  Carbohydrate Polymers301 ( Pt A ) 120315 - 120315   2023年2月査読

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Carbohydrate Polymers  

    Cyclodextran (CI) is a cyclic oligosaccharide in which D-glucose forms a ring structure by α-1,6 glycoside linkage and forms an inclusion complex with various guest molecules. In this study, we conducted quantum chemical calculations and molecular dynamics (MD) simulations to analyze the molecular interaction mechanism of CI with a guest molecule. Calculations of cyclodextrin (CD), in which D-glucose forms a ring structure by α-1,4 glycoside linkage, were also performed for comparison. Here, coenzyme Q10 (CoQ10), a promising molecule for industrial application with CI, was chosen as a guest molecule. Our MD simulation demonstrated that the molecular fluctuation was similarly large for both CI and CD when CoQ10 was absent. In the case that CoQ10 exists, the CD was found to form a rigid one-by-one inclusion structure, while CI does not. Additional simulations including multiple CI-8s indicated the possibility that an inclusion structure is maintained by the existence of other CI-8s.

    DOI： 10.1016/j.carbpol.2022.120315

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    PubMed

  • Hiroki Ozono, Kento Mimoto, Takeshi Ishikawa .  Quantification and Neutralization of the Interfacial Electrostatic Potential and Visualization of the Dispersion Interaction in Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity .  Journal of Physical Chemistry B126 ( 42 ) 8415 - 8426   2022年10月査読

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Physical Chemistry B  

    Visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) is a quantum chemistry-based method to examine protein-protein interactions (PPI). In VIINEC, the electrostatic complementarity between proteins at the interface is visually and quantitatively evaluated using the partial electrostatic potential (pESP), which is defined based on the fragment molecular orbital method. In this work, new quantification and neutralization methods of the pESP were proposed together with a method to visualize the dispersion interaction. The reliability and efficiency of these methods were evaluated using 17 models of the complex. It was found that the quantification of the electrostatic complementarity with the pESP using the new neutralization method has a high correlation with the interaction energy, supporting the reliability of VIINEC. As an illustrative example, the PPI between a major histocompatibility complex class I molecule and a T-cell receptor was examined, which demonstrated the value of VIINEC in chemical and biological research.

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.2c05033

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    PubMed

  • Kudo Y, Endo S, Fujita M, Ota A, Kamatari YO, Tanaka Y, Ishikawa T, Ikeda H, Okada T, Toyooka N, Fujimoto N, Matsunaga T, Ikari A .  Correction to "Discovery and Structure-Based Optimization of Novel Atg4B Inhibitors for the Treatment of Castration-Resistant Prostate Cancer". .  Journal of medicinal chemistry65 ( 11 ) 8062 - 8063   2022年6月国際誌

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.2c00749

    PubMed

  • Mizuta S, Kitamura K, Morii Y, Ishihara J, Yamaguchi T, Ishikawa T .  Correction to "Trifluoromethylthiolation of Hindered α-Bromoamides with Nucleophilic Trifluoromethylthiolating Reagents". .  The Journal of organic chemistry87 ( 7 ) 5035   2022年4月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1021/acs.joc.2c00508

    PubMed

  • Yudai Kudo, Satoshi Endo, Mei Fujita, Atsumi Ota, Yuji O. Kamatari, Yoshimasa Tanaka, Takeshi Ishikawa, Hayato Ikeda, Takuya Okada, Naoki Toyooka, Naohiro Fujimoto, Toshiyuki Matsunaga, Akira Ikari .  Discovery and Structure-Based Optimization of Novel Atg4B Inhibitors for the Treatment of Castration-Resistant Prostate Cancer .  Journal of Medicinal Chemistry65 ( 6 ) 4878 - 4892   2022年3月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Medicinal Chemistry  

    Autophagy inhibition is an attractive target for cancer therapy. In this study, we discovered inhibitors of Atg4B essential for autophagosome formation and evaluated their potential as therapeutics for prostate cancer. Seventeen compounds were identified as candidates after in silico screening and a thermal shift assay. Among them, compound 17 showed the most potent Atg4B inhibitory activity, inhibited autophagy induced by anti-castration-resistant prostate cancer (CRPC) drugs, and significantly enhanced apoptosis. Although 17 has been known as a phospholipase A2 (PLA2) inhibitor, other PLA2 inhibitors had no effect on Atg4B and autophagy. We then performed structural optimization based on molecular modeling and succeeded in developing 21f (by shortening the alkyl chain of 17), which was a potent competitive inhibitor for Atg4B (Ki = 3.1 μM) with declining PLA2 inhibitory potency. Compound 21f enhanced the anticancer activity of anti-CRPC drugs via autophagy inhibition. These findings suggest that 21f can be used as an adjuvant drug for therapy with anti-CRPC drugs.

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.1c02113

    Scopus

    PubMed

  • Shuzo Urata, Olaposi Idowu Omotuyi, Ayako Izumisawa, Takeshi Ishikawa, Satoshi Mizuta, Yasuteru Sakurai, Tatsuaki Mizutani, Hiroshi Ueda, Yoshimasa Tanaka, Jiro Yasuda .  Identification of novel chemical compounds targeting filovirus VP40-mediated particle production .  Antiviral Research199   105267 - 105267   2022年2月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.antiviral.2022.105267

    PubMed

  • Satoshi Mizuta, Hiroki Otaki, Takeshi Ishikawa, Juliann Nzembi Makau, Tomoko Yamaguchi, Takuya Fujimoto, Nobuyuki Takakura, Nobuki Sakauchi, Shuji Kitamura, Hikaru Nono, Ryota Nishi, Yoshimasa Tanaka, Kohsuke Takeda, Noriyuki Nishida, Ken Watanabe .  Lead Optimization of Influenza Virus RNA Polymerase Inhibitors Targeting PA–PB1 Interaction .  Journal of Medicinal Chemistry65 ( 1 ) 369 - 385   2021年12月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Medicinal Chemistry  

    Influenza viruses are responsible for contagious respiratory illnesses in humans and cause seasonal epidemics and occasional pandemics worldwide. Previously, we identified a quinolinone derivative PA-49, which inhibited the influenza virus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) by targeting PA-PB1 interaction. This paper reports the structure optimization of PA-49, which resulted in the identification of 3-((dibenzylamino)methyl)quinolinone derivatives with more potent anti-influenza virus activity. During the optimization, the hit compound 89, which was more active than PA-49, was identified. Further optimization and scaffold hopping of 89 led to the most potent compounds 100 and a 1,8-naphthyridinone derivative 118, respectively. We conclusively determined that compounds 100 and 118 suppressed the replication of influenza virus and exhibited anti-influenza virus activity against both influenza virus types A and B in the range of 50% effective concentration (EC50) = 0.061-0.226 μM with low toxicity (50% cytotoxic concentration (CC50) >10 μM).

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.1c01527

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    PubMed

  • Satoshi Mizuta, Kanami Kitamura, Yuki Morii, Jun Ishihara, Tomoko Yamaguchi, Takeshi Ishikawa .  Trifluoromethylthiolation of Hindered α-Bromoamides with Nucleophilic Trifluoromethylthiolating Reagents .  The Journal of organic chemistry86 ( 24 ) 18017 - 18029   2021年12月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Organic Chemistry  

    General methods have not been previously developed for the synthesis of sterically hindered α-SCF3-substituted carbonyl compounds using nucleophilic trifluoromethylthiolating reagents. Thus, we herein report sp3C–SCF3 bond formation in hindered α-bromoamides containing 3-bromo-oxindoles and linear α-bromoamides using CuSCF3 or AgSCF3 under mild conditions to access sterically hindered α-SCF3-substituted amides. This transformation is applicable to not only 3-SCF3-substituted oxindoles but also primary and secondary amides and reveals a broad functional group tolerance. This method will benefit the fields of medicinal and agricultural chemistry.

    DOI： 10.1021/acs.joc.1c02316

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  • Takeshi Ishikawa, Hiroki Ozono, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki .  Interaction Analysis on the SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain Using Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity .  The Journal of Physical Chemistry Letters12 ( 46 ) 11267 - 11272   2021年11月査読

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Physical Chemistry Letters  

    Visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) is a recently developed method for analyzing protein-protein interactions using electrostatic potential (ESP) calculated via the ab initio fragment molecular orbital method. In this Letter, the molecular interactions of the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein with human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and B38 neutralizing antibody were examined as an illustrative application of VIINEC. The results of VIINEC revealed that the E484 of RBD has a role in making a local electrostatic complementary with ACE2 at the protein-protein interface, while it causes a considerable repulsive electrostatic interaction. Furthermore, the calculated ESP map at the interface of the RBD/B38 complex was significantly different from that of the RBD/ACE2 complex, which is discussed herein in association with the mechanism of the specificity of the antibody binding to the target protein.

    DOI： 10.1021/acs.jpclett.1c02788

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  • Hiroki Ozono, Takeshi Ishikawa .  Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity: A Method for Analysis of Protein–Protein Interaction Based on Ab Initio Quantum Chemical Calculations .  Journal of Chemical Theory and Computation17 ( 9 ) 5600 - 5610   2021年8月査読

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    担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Chemical Theory and Computation  

    In this study, we report a method for analyzing the protein-protein interaction based onab initioquantum chemical calculations, which we refer to as “Visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC).” This method visually provides the electrostatic complementarity at the protein-protein interface; in addition, the ratio of the attractive interaction is calculated. Illustrative calculations revealed that VIINEC could successfully quantify the electronic induced fit owing complex formation, which was responsible for 5%-10% of the total electrostatic complementarity. Furthermore, the contribution of each amino acid to the electrostatic complementarity was evaluated, providing useful information for various applications, including rational antibody designs. Interestingly, a part of the mechanism causing the specificity of the protein-protein bindings was also demonstrated using VIINEC. This is an important achievement of this study because the specificity of the biomolecular interactions is essential for biological functions.

    DOI： 10.1021/acs.jctc.1c00475

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  • M. M. N. Tun, K. Morita, T. Ishikawa, S. Urata .  The antiviral effect of the chemical compounds targeting DED/EDh motifs of the viral proteins on Lymphocytic Choriomeningitis virus and SARS-CoV-2 .  Viruses13   1220   2021年6月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3390/v13071220

  • Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Takeshi Ishikawa, Yuto Komeiji, Yuji Kato, Naoki Watanabe, Takashi Tsukamoto, Hirotoshi Mori, Koji Okuwaki, Shigenori Tanaka, Akifumi Kato, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa .  The ABINIT-MP Program .  Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method (Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa (eds.))   53 - 67   2021年2月

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    掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Springer Singapore  

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_4

  • Satoshi Mizuta, Kanami Kitamura, Ayako Kitagawa, Tomoko Yamaguchi, Takeshi Ishikawa .  Silver‐Promoted Fluorination Reactions of α‐Bromoamides .  Chemistry - A European Journal27 ( 19 ) 5930 - 5935   2020年12月査読

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Chemistry - A European Journal  

    Silver-promoted C−F bond formation in α-bromoamides by using AgF under mild conditions is reported. This simple method enables access to tertiary, secondary, and primary alkyl fluorides involving biomolecular scaffolds. This transformation is applicable to primary and secondary amides and shows broad functional-group tolerance. Kinetics experiments revealed that the reaction rate increased in the order of 3°>2°>1° α-carbon atom. In addition, it was found that the acidic amide proton plays an important role in accelerating the reaction. Mechanistic studies suggested generation of an aziridinone intermediate that undergoes subsequent nucleophilic addition to form the C−F bond with stereospecificity (i.e., retention of configuration). The synthesis of sterically hindered alcohols and ethers by using AgI is also demonstrated. Examples of reactions of α-bromoamides with O nucleophiles are presented.

    DOI： 10.1002/chem.202004769

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    PubMed

  • T. Ishikawa .  A novel method for analysis of the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method .  Chemical Physics Letters761 ( 16 ) 138103 - 138103   2020年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Chemical Physics Letters  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2020.138103

    Scopus

  • T. Miyazaki, M. Sumiyoshi, J. Makau, S. Mizuta, Y. Tanaka, T. Ishikawa, K. Makimura, T. Hirayama, T. Takazono, T. Saijo, H. Yamaguchi, S. Shimamura, K. Yamamoto, Y. Imamura, N. Sakamoto, Y. Obase, K. Izumikawa, K. Yanagihara, S. Kohno, H. Mukae .  Novel and potent antimicrobial effects of caspofungin on drug-resistant Candida and bacteria .  Scientific Reports10 ( 1 ) 17745 - 17745   2020年10月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Scientific Reports  

    DOI： 10.1038/s41598-020-74749-8

    Scopus

    PubMed

    その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41598-020-74749-8

  • D. Ishibashi, T. Ishikawa, S. Mizuta, H. Tange, T. Nakagaki, T. Hamada, N. Nishida .  Novel Compounds Identified by Structure-Based Prion Disease Drug Discovery Using In Silico Screening Delay the Progression of an Illness in Prion-Infected Mice .  Neurotherapeutics17 ( 4 ) 1836 - 1849   2020年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Neurotherapeutics  

    DOI： 10.1007/s13311-020-00903-9

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    PubMed

    その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1007/s13311-020-00903-9/fulltext.html

  • Juliann Nzembi Makau, Ken Watanabe, Hiroki Otaki, Satoshi Mizuta, Takeshi Ishikawa, Yuji O. Kamatari, Noriyuki Nishida .  A quinolinone compound inhibiting the oligomerization of nucleoprotein of influenza A virus prevents the selection of escape mutants .  Viruses12 ( 3 ) 337   2020年3月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Viruses  

    DOI： 10.3390/v12030337

    Scopus

    PubMed

  • 石井清一郎, 関口真裕, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 .  分子動力学計算によるRNAアプタマーとヒト抗体の複合体形成におけるCa2+の役割の解析 .  Journal of Computer Chemistry, Japan18 ( 5 ) 208 - 210   2020年3月査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：日本コンピュータ化学会  

    <p>An RNA aptamer that binds with high affinity and specificity to human immunoglobulin G (IgG) is a 24-mer single-stranded oligonucleotide containing 2′-fluoro pyrimidine nucleotides. Using X-ray crystallographic analysis, a Ca<sup>2+</sup> ion was reported as being located near the G7 phosphate of the RNA aptamer. Surface plasmon resonance analysis showed that the RNA aptamer could not bind to IgG in a buffer without Ca<sup>2+</sup> ions. To elucidate the role of Ca<sup>2+</sup> ions in the binding of the RNA aptamer to IgG, we performed molecular dynamics simulation for the RNA aptamer/IgG complex with and without Ca<sup>2+</sup> ions in a solvent. In the presence of Ca<sup>2+</sup> ions, the RMSD of the RNA aptamer backbone remained below approximately 3.0 Å from the crystal structure during a 1,500-ns simulation. The distance between the centroids of the RNA aptamer and IgG was maintained between the centroids in the crystal structure. However, in the absence of Ca<sup>2+</sup> ions, the RMSD increased and the structure of the RNA aptamer changed from the initial structure. These results indicate that Ca<sup>2+</sup> ions play a role in maintaining the conformation of the RNA aptamer to the binding form.</p>

    DOI： 10.2477/jccj.2019-0051

  • 石川岳志 .  ソフトウェア紹介「生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の紹介」 .  アンサンブル22 ( 4 ) 345 - 349   2020年査読

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    記述言語：日本語  

    J-GLOBAL

  • 染川 賢一, 上田 岳彦, 吉留 俊史, 石川 岳志, 錦織 寿 .  珍しい塩基触媒による不斉Diels-Alder合成反応のMOシミュレーション解析 .  Journal of Computer Chemistry, Japan19 ( 4 ) 175 - 177   2020年

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：日本コンピュータ化学会  

    <p>The reaction process and steric situations of novel basic and chiral catalyst Diels-Alder reactions by Kagan et al. were speculated by IRC of PM7 simulation for the three molecules reactions clearly. The addition reactions of enolic dienes (<b>1</b>) with dienophiles (<b>2</b>) by amines (<b>3</b>) such as (<i>S</i>)-(+)-prolinol / (<i>R</i>)-(−)-prolinol proceeded via lower energy reaction complexes (RC) and transition states (TS) of two steps. The steric shapes by IRC (Figure 2 ∼ 6) showed the clear interactions between the reaction points, and of OH with amine moieties in the <b>1·3, 1·3·2</b> and TS complexes, to give high stereoselective adducts. IRC of some reactions also guesses right the Michael reaction selectivity. The handy PM7 simulation is recommended for usual chemical growth.</p>

    DOI： 10.2477/jccj.2021-0011

  • H. Yoshida, K. Sato, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi .  Binding interaction analysis of RNA aptamer-Fc region of human immunoglobulin G using fragment molecular orbital calculation .  Chemical Physics Letters738   136854   2019年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Chemical Physics Letters  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2019.136854

    Scopus

  • Fumika Mi-ichi, Takeshi Ishikawa, Vo Kha Tama, Sharmina Deloer, Shinjiro Hamano, Tsuyoshi Hamada, and Hiroki Yoshida .  Characterization of Entamoeba histolytica adenosine 5'-phosphosulfate (APS) kinase; validation as a target and provision of leads for the development of new drugs against amoebiasis .  PLOS Neglected Tropical Diseases13 ( 8 ) e0007633 - e0007633   2019年8月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：PLoS Neglected Tropical Diseases  

    DOI： 10.1371/journal.pntd.0007633

    Scopus

    PubMed

  • S. Urata, T. Ishikawa, J. Yasuda .  Roles of YIGL sequence of Ebola virus VP40 on genome replication and particle production .  Journal of General Virology100 ( 7 ) 1099 - 1111   2019年6月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1099/jgv.0.001286

    PubMed

  • K. Yamaguchi, Y. O. Kamatari, F. Ono, H. Shibata, T. Fuse, A. Elhelaly, M. Fukuoka, T. Kimura, J. Hosokawa-Muto, T. Ishikawa, M. Tobiume, Y. Takeuchi, Y. Matsuyama, D. Ishibashi, N. Nishida, K. Kuwata .  A designer molecular chaperone against transmissible spongiform encephalopathy slows disease progression in mice and macaques .  Nature Biomedical eEgineering3 ( 3 ) 206 - 219   2019年2月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Biomedical Engineering  

    DOI： 10.1038/s41551-019-0349-8

    Scopus

    PubMed

  • K. Okuda, M. Araki, T. Sakashita, B. Ma, R. Kanada, N. Yanagitani, A. Horiike, S. Koike, T. Oh-hara, K. Watanabe, K. Tamai, M. Maemondo, M. Nishio, T. Ishikawa, Y. Okuno, N. Fujita, R. Katayama .  Prediction of ALK Mutations Mediating ALK-TKIs Resistance and Drug Re-Purposing to Overcome the Resistance .  EBioMedicine41   105 - 119   2019年1月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.ebiom.2019.01.019

    PubMed

  • T. Tokiwa, S. Nakano, Y. Yamamoto, T. Ishikawa, S. Ito, V. Sladek, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, H. Tokiwa, F. Misaizu, Y. Shigeta .  Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations .  Journal of Chemical Information and Modeling59 ( 1 ) 25 - 39   2018年12月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Chemical Information and Modeling  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.8b00649

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • T. Ishikawa, K. Sakakura, Y. Mochizuki .  RI-MP3 calculations of biomolecules based on the fragment molecular orbital method .  Journal of Computational Chemistry39 ( 24 ) 1970 - 1978   2018年9月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.25368

    PubMed

  • T. Ishikawa, S. Mizuta, O. Kaneko, K. Yahata .  Fragment molecular orbital study of the interaction between sarco/endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase and its inhibitor thapsigargin toward anti-malarial development .  The Journal of Physical Chemistry B122 ( 33 ) 7970 - 7977   2018年8月招待 査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b04509

    PubMed

  • Y. Miyazaki, T. Ishikawa, Y. O. Kamatari, T. Nakagaki, H. Takatsuki, D. Ishibashi, K. Kuwata, N. Nishida, R. Atarashi .  Identification of alprenolol hydrochloride as an anti-prion compound using surface plasmon resonance imaging .  Molecular Neurobiology56 ( 1 ) 367 - 377   2018年4月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s12035-018-1088-7

    PubMed

  • T. Ishikawa .  Ab initio quantum chemical calculation of electron density, electrostatic potential, and electric field of biomolecule based on fragment molecular orbital method, .  International Journal of Quantum Chemistry118 ( 8 ) e25535 - 1212   2017年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/qua.25535

    Scopus

  • S. Yamaguchi, N. Horie, K. Satoh, T. Ishikawa, T. Mori, H. Maeda, Y. Fukuda, S. Ishizaka, T. Hiu, Y. Morofuji, T. Izumo, N. Nishida, T. Matsuo .  Age of Donor of Human Mesenchymal Stem Cells Affects Structural and Functional Recovery after Cell Therapy Following Ischaemic Stroke .  Journal Of Cerebral Blood Flow And Metabolism38 ( 7 ) 1199 - 1212   2017年9月査読 国際誌

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1177/0271678X17731964

    PubMed

  • K. Watanabe, T. Ishikawa, H. Otaki, S. Mizuta, T. Hamada, T. Nakagaki, D. Ishibashi, S. Urata, J. Yasuda, Y. Tanaka, N. Nishida .  Structure-based drug discovery for combating influenza virus by targeting the PA-PB1 interaction .  Scientific Reports7 ( 1 ) 9500   2017年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41598-017-10021-w

    Web of Science

    PubMed

  • T. Ishikawa, H. Otaki, S. Mizuta, M. Kuriyama, O. Onomura, N. Higuchi, M. N. Nakashima, M. Nakashima and K. Ohyama .  Computational study of the competitive binding of valproic acid glucuronide and carbapenem antibiotics to acylpeptide hydrolase .  Drug Metabolism and Pharmacokinetics32 ( 4 ) 201 - 207   2017年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.dmpk.2017.04.002

    Web of Science

    PubMed

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Identification of Small Molecule Inhibitors for Influenza A Virus Using In Silico and In Vitro Approaches, .  PLOS ONE12 ( 3 ) e0173582   2017年3月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0173582

    Web of Science

    PubMed

  • S. Nakano, K. Yasukawa, T. Tokiwa, T. Ishikawa, E. Ishitsubo, N. Matsuo, S. Ito, H. Tokiwa, Y. Asano .  Origin of Stereoselectivity and Substrate/ligand Recognition in an FAD-Dependent R-Selective Amine Oxidase .  The Journal of Physical Chemistry B120 ( 41 ) 10736 - 10743   2016年9月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.6b09328

  • T. Ishikawa .  Prediction of peptide binding to a major histocompatibility complex class I molecule based on docking simulation .  Journal of Computer-Aided Molecular Design30 ( 10 ) 875 - 887   2016年9月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s10822-016-9967-3

  • D. Ishibashi, T. Nakagaki, T. Ishikawa, R. Atarashi, K. Watanabe, F. Cruz, T. Hamada, N. Nishida .  Structure-based drug discovery for prion disease by using a novel binding simulation .  EBioMedicine9   238 - 249   2016年6月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.ebiom.2016.06.010

  • N. Sriwilaijaroen, S. Magesh, A. Imamura, H. Ando, H. Ishida, M. Sakai, E. Ishitsubo, T. Hori, S. Moriya, T. Ishikawa, K. Kuwata, T. Odagiri, M. Tashiro, H. Hiramatsu, K. Tsukamoto, T. Miyagi, H. Tokiwa, M. Kiso, and Y. Suzuki .  A Novel Potent and Highly Specific Inhibitor against Influenza Viral N1-N9 Neuraminidases: Insight into Neuraminidase-inhibitor Interactions .  Journal of Medicinal Chemistry59 ( 10 ) 4563 - 4577   2016年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.jmedchem.5b01863

  • K. Pandey, P. E. Ferreira, T. Ishikawa, T. Nagai, O. Kaneko, K. Yahata .  Ca2+ monitoring in Plasmodium falciparum using the yellow cameleon-Nano biosensor .  Scientific Reports6   23454   2016年3月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/srep23454

  • D. Morita, Y. Yamamoto, T. Mizutani, T. Ishikawa, J. Suzuki, T. Igarashi, N. Mori, T. Shiina, H. Inoko, H. Fujita, K. Iwai, Y. Tanaka, B. Mikami, M. Sugita .  Crystal structure of the N-myristoylated lipopeptide-bound MHC class I complex .  Nature Communications7   10356   2016年1月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ncomms10356

  • 石川岳志 .  フラグメント分子軌道法の新規薬剤開発への応用 .  YAKUGAKU ZASSI136 ( 1 ) 121 - 130   2016年1月査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1248/yakushi.15-00230-5

  • N. Kawashita, H. Yamasaki, T. Miyano, K. Kawai, Y. Sakae, T. Ishikawa, K. Mori, S. Nakamura, H. Kaneko .  A Mini-review on Chemoinformatics Approaches for Drug Discovery .  Journal of Computer Aided Chemistry16   15 - 29   2015年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2751/jcac.16.15

  • Y. Higuchi, T. Ishikawa, N. Ozawa, L. Chazeau, J.-Y. Cavaille, M. Kubo .  Different dynamic behaviors of the dissociation and recombination reactions in a model calculation of polyethylene by first-principles steered molecular dynamics simulation .  Chemical Physics459   96 - 101   2015年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.chemphys.2015.08.007

  • H. Oku, M. Inafuku, T. Ishikawa, T. Takamine, M. Ishmael, M. Fukuta .  Molecular cloning and biochemical characterization of isoprene synthases from the tropical trees Ficus virgata, Ficus septica, and Casuarina equisetifolia .  Journal of Plant Research128 ( 5 ) 849 - 861   2015年6月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s10265-015-0740-9

  • 鷹觜順平, 小橋創介, 石川岳志, 坂本健作, 山岸賢司 .  ハロゲン原子導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明 .  Journal of Computer Chemistry, Japan13 ( 6 ) 308 - 309   2014年12月査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2477/jccj.2014-0056

  • 石川岳志 .  フラグメント分子軌道法に基づくQM/MM分子動力学計算： AMBER-PAICSインターフェースの構築 .  日本化学会情報化学部会誌31 ( 3 ) 71 - 77   2013年10月査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.11546/cicsj.31.71

  • L. Chang, T. Ishikawa, K. Kuwata, S. Takada .  Protein-specific force field derived from the fragment molecular orbital method can improve protein-ligand binding interactions .  Journal of Computational Chemistry34 ( 14 ) 1251 - 1257   2013年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.23250

  • T. Okamoto, T. Ishikawa, Y. Koyano, N. Yamamoto, K. Kuwata, and M. Nagaoka .  A Minimal Implementation of the AMBER-PAICS Interface for Ab Initio FMO-QM/MM-MD Simulation .  Bulletin of the Chemical Society of Japan86 ( 2 ) 210 - 222   2013年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1246/bcsj.20120216

  • T. Ishikawa, R. R. Burri, Yuji O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, K. Kuwata .  A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method .  Physical Chemistry Chemical Physics15 ( 10 ) 3646 - 3654   2013年1月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1039/C3CP42761G

  • K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, A. Kitao .  Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation .  Chemical Physics Letters559   94 - 98   2013年1月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2012.12.063

  • T. Ishikawa, K. Kuwata .  RI-MP2 Gradient Calculation of Large Molecules Using the Fragment Molecular Orbital Method .  The Journal of Physical Chemistry Letters3 ( 3 ) 375 - 379   2012年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/jz201697x

  • 石川岳志, 石倉孝和, 桑田一夫 .  フラグメント分子軌道法プログラム「PAICS」と統合創薬プログラム「NAGARA」 .  Molecular Science5 ( 1 ) NP0015   2011年6月査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • T. Ishikawa, N. Yamamoto, K. Kuwata .  Partial energy gradient based on the fragment molecular orbital method: application to geometry optimization .  Chemical Physics Letters500 ( 1-3 ) 149 - 154   2010年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2010.09.071

  • T. Ishikawa, K. Kuwata .  Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method .  Chem. Bio. Info. J.10   24 - 31   2010年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1273/cbij.10.24

  • T. Ishikawa, K. Kuwata .  Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations .  Journal of Chemical Theory and Computation6 ( 2 ) 538 - 547   2009年12月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/ct900456v

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Theoretical study on the structure of the ground state and photo-induced metastable states of [M(CN)5NO]2-, (M=Ru, Fe) and mechanism of the photo-rearrangement among them .  Z. Kristal.223 ( 4-5 ) 334 - 342   2009年9月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1524/zkri.2008.0033

  • T. Ishikawa, T. Ishikura, K. Kuwata .  Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method .  Journal of Computational Chemistry30 ( 16 ) 2594 - 2601   2009年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.21265

  • T. Ishikawa, K. Kuwata .  Fragment molecular orbital calculation using the RI-MP2 method .  Chemical Physics Letters474 ( 1-3 ) 195 - 198   2009年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2009.04.045

  • N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amari, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, M. Sakurai, S. Tanaka .  Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent proteins (DsRed and mFruits) .  The Journal of Physical Chemistry B113 ( 4 ) 1153 - 1161   2009年1月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/jp808151c

  • Y. Okiyama, H. Watanabe*, K. Fukuzawa, T. Nakano, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, K. Ebina, S. Tanaka .  Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides. II. Toward an improvement of force fields for classical molecular dynamics simulations .  Chemical Physics Letters467 ( 4-6 ) 417 - 423   2008年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2008.11.044

  • M. Ito, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Tanaka .  Ab Initio Fragment Molecular Orbital Study of Molecular Interactions in Liganded Retinoid X Receptor: Specification of Residues Associated with Ligand Inducible Information Transmission .  The Journal of Physical Chemistry B112 ( 38 ) 12081 - 12094   2008年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/jp803369x

  • T. Ishikawa, Y. Mochizuki, S. Amari, T. Nakano, S. Tanaka, K. Tanaka .  An application of fragment interaction analysis based on local MP2 .  Chemical Physics Letters463 ( 1-3 ) 189 - 194   2008年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2008.08.022

  • Y. Komeiji, T. Ishikawa, Y. Mochizuki, H. Yamataka, T. Nakano .  Fragment Molecular Orbital method-based Molecular Dynamics (FMO-MD) as a simulator for chemical reactions in explicit salvation .  Journal of Computational Chemistry30 ( 1 ) 40 - 50   2008年3月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/jcc.21025

  • M. Sato, H. Yamataka, Y. Komeiji, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, T. Nakano .  How Does an SN2 Reaction Take Place in Solution? Full Ab Initio MD Simulations for the Hydrolysis of the Methyl Diazonium Ion .  Journal of the American Chemical Society130 ( 8 ) 2396 - 2397   2008年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/ja710038c

  • N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, K. Tanaka .  Multi-reference calculations of nitric oxide dimer .  Chemical Physics Letters451 ( 1-3 ) 31 - 36   2007年12月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2007.11.084

  • Y. Okiyama, H. Watanabe*, K. Fukuzawa, T. Nakano, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, S. Tanaka, K. Ebina .  Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides .  Chemical Physics Letters449 ( 4-6 ) 329 - 335   2007年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2007.10.066

  • T. Ishikawa, Y. Mochizuki, S. Amari, T. Nakano, H. Tokiwa, S. Tanaka, K. Tanaka .  Fragment interaction analysis based on local MP2 .  Theoretical Chemistry Accounts118 ( 5-6 ) 937 - 945   2007年7月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00214-007-0374-7

  • Y. Mochizuki, K. Komeiji, T. Ishikawa, T. Nakano, H. Yamataka .  A fully quantum mechanical simulation study on the lowers n-π* state of hydrated formaldehyde .  Chemical Physics Letters437 ( 1-3 ) 66 - 72   2007年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2007.02.016

  • Y. Mochizuki, K. Tanaka, K. Yamashita, T. Ishikawa, T. Nakano, S. Amari, K. Segawa, T. Murase, H. Tokiwa, M. Sakurai .  Parallelized integral-direct CIS(D) calculations with multilayer fragment molecular orbital scheme .  Theoretical Chemistry Accounts117 ( 4 ) 541 - 553   2006年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00214-006-0181-6

  • Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amari, T. Ishikawa, K. Tanaka, M. Sakurai, S. Tanaka .  Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent protein (DsRed) .  Chemical Physics Letters433 ( 4-6 ) 360 - 367   2006年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2006.11.088

  • K. Tanaka, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, H. Terashima, H. Tokiwa .  A graphical symmetric group approach for a spin adapted full configuration　interaction: partitioning of a configuration graph into sets of closed-shell and open-shell graphs .  Theoretical Chemistry Accounts117 ( 3 ) 397 - 405   2006年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00214-006-0171-8

  • T. Ishikawa, Y. Mochizuki, K. Imamura, T. Nakano, H. Mori, H. Tokiwa, K. Tanaka, E. Miyoshi, S. Tanaka .  Application of fragment molecular orbital scheme to silicon-containing systems .  Chemical Physics Letters430 ( 4-6 ) 361 - 366   2006年9月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2006.09.015

  • T. Ishikawa, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amari, H. Mori, H. Honda, T. Fujita, H. Tokiwa, S. Tanaka, Y. Komeiji, K. Fukuzawa, K. Tanaka, E. Miyoshi .  Fragment molecular orbital calculation on large scale systems containing heavy metal atom .  Chemical Physics Letters427 ( 1-3 ) 159 - 165   2006年7月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2006.06.103

  • Y. Mochizuki, T. Ishikawa, K. Tanaka, H. Tokiwa, T. Nakano, S. Tanaka .  Dynamic polarizability calculation with fragment molecular orbital scheme .  Chemical Physics Letters418 ( 4-6 ) 414 - 418   2005年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2005.11.014

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Response to “Comment on ‘Theoretical study of the photoinduced transfer among the ground state and two metastable state in [Fe(CN)5NO]2-’” [J. Chem. Phys. 122. 074314 (2005)], .  The Journal of Chemical Physics123 ( 4 ) 047102   2005年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1989318

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Electronic structures and the stabilities of metastable states in [Ru(CN)5NO]2-: A theoretical study .  Chemical Physics Letters412 ( 1-3 ) 164 - 170   2005年7月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 1016/j.cplett.2005.06.117

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Theoretical study of the photoinduced transfer among the ground state and two metastable states in [Fe(CN)5NO]2- .  The Journal of Chemical Physics122 ( 7 ) 074314   2005年2月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1851975

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Theoretical study of lower electronic excitation spectra of [(Re6S8)Cl6]3- .  Chemical Physics Letters395 ( 1-3 ) 166 - 170   2004年8月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2004.07.055

  • T. Ishikawa, T. Noro, T. Shoda .  Theoretical study on the photoisomerization of azobenzene .  The Journal of Chemical Physics115 ( 16 ) 7503 - 7512   2001年10月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1063/1.1406975

  • T. Suzuki, M. Kurahashi, Y. Yamauchi, T. Ishikawa, T. Noro .  Spin Polarized Metastable He* (23S, 1s2s) stimulated Desorption of H+ Ions .  Physical Review Letters86 ( 16 ) 3654 - 3657   2001年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1103/PhysRevLett.86.3654

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書籍等出版物

  • The ABINIT-MP Program

    Mochizuki Y., Nakano T., Sakakura K., Okiyama Y., Watanabe H., Kato K., Akinaga Y., Sato S., Yamamoto J.I., Yamashita K., Murase T., Ishikawa T., Komeiji Y., Kato Y., Watanabe N., Tsukamoto T., Mori H., Okuwaki K., Tanaka S., Kato A., Watanabe C., Fukuzawa K.

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability  2021年1月  （ ISBN:9789811592348 ）

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    記述言語：日本語

    We have been developing the ABINIT-MP program system as an original code for the fragment molecular orbital (FMO) calculations. ABINIT-MP has several unique features such as a variety of efficient correlated methods and hybrid parallelism. Additionally, an associated graphical user interface (named as BioStation Viewer) has been provided for end-users. In this chapter, we summarize the current features of the ABINIT-MP program. Plans and activities of future developments are addressed as well.

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_4

    Scopus

  • Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method. FMO interfaced with Molecular Dynamics simulation (Chapter 19 : 373-389)

    Y. Komeji, T. Ishikawa

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability  2021年1月  （ ISBN:9789811592348 ）

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    記述言語：日本語

    Three ways to combine FMO and MD are described: FMO-MD, FMO-QM/MM-MD, and MM-MD/FMO. FMO-MD is an ab initio MD in which force is updated on-the-fly by FMO. FMO-QM/MM-MD is a QM/MM-MD method in which the QM part is calculated by FMO. MM-MD/FMO is a simulation protocol in which FMO calculation is performed for molecular configurations generated by MM-MD. The methodology and application of these methods are described and compared.

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_19

    Scopus

  • Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method. The ABINIT-MP Program (Chapter 4 : 53-67)

    Y. Mochizuki, T. Nakano, K. Sakakura, Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Kato, Y. Akinaga, S. Sato, J. Yamamoto, K. Yamashita, T. Murase, T. Ishikawa, Y. Komeiji, Y. Kato, N. Watanabe, T. Tsukamoto, H. Mori, K. Okuwaki, S. Tanaka, A. Kato, C. Watanabe, K. Fukuzawa

    2021年1月 

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  • Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method. PAICS: Development of an Open-Source Software of Fragment Molecular Orbital Method for Biomolecule (Chapter 5 : 69-76)

    T. Ishikawa

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability  2021年1月  （ ISBN:9789811592348 ）

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    記述言語：日本語

    PAICS is an open-source software available for fragment molecular orbital (FMO) calculation. A notable characteristic of PAICS is the capability to use the resolution of the identity (RI) approximation with the FMO scheme. Second-order Møller–Plesset perturbation theory with the RI approximation (RI-MP2) was implemented in PAICS, demonstrating that electron correlation energy of biomolecules could be efficiently calculated. Recently, third-order Møller–Plesset perturbation theory with the RI approximation (RI-MP3) was implemented, which enables us to calculate higher order electron correlation energy of biomolecules in a reasonable computational time. This chapter introduces the development of PAICS, by focusing on the FMO-RI-MP2 and MP3.

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_5

    Scopus

MISC

  • 赤痢アメーバ“硫酸活性化“第2酵素を標的とする阻害剤の探索

    見市文香, 石川岳志, TAM Vo kha, DELOER Sharmina, 濱野真二郎, 吉田裕樹

    日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集   89th   2020年

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  • AML1アプタマーの動的構造と結合親和性との相関

    田中淳, 増川恵介, 吉田尚恵, 吉田尚恵, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    日本細胞生物学会大会(Web)   71st   2019年

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  • 抗体に結合するアプタマーと金属イオンの相互作用解析

    古峰真樹, 吉田尚恵, 関口真裕, 石川岳志, 山岸賢司, 坂本泰一

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   42nd   2019年

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  • 分子シミュレーションによるRNAアプタマー-IgG複合体の相互作用解析および複合体形成におけるCa<sup>2+</sup>の影響

    石井清一郎, 吉田尚恵, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    日本コンピュータ化学会年会講演予稿集   2019   2019年

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  • RNAアプタマーと標的分子の結合メカニズムの解明

    増川恵介, 吉田尚恵, 吉田尚恵, 田中淳, 石井清一郎, 矢田部優貴, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    日本細胞生物学会大会(Web)   71st   2019年

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  • 長崎大学における感染症インシリコ創薬の試み

    石川岳志

    CBI学会大会   2017   2017年

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  • バルプロン酸とカルバペネム系抗菌薬の相互作用機序の計算化学的考察

    水田賢志, 石川岳志, 大滝大樹, 栗山正巳, 尾野村治, 樋口則英, 中嶋弥穂子, 中嶋幹郎, 大山要

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   137th   2017年

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  • エボラウイルスVP40による粒子産生を標的とした新規化合物の同定

    浦田秀造, 浦田秀造, OMOTUYI Olaposi Idowu, 石川岳志, 水田賢志, 櫻井康晃, 櫻井康晃, 水谷龍明, 植田弘師, 田中義正, 安田二朗, 安田二朗, 安田二朗

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   140th (Web)   2020年

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  • 3-ヒドロキシ-2-ピリドン等の塩基触媒下,立体選択的Diels-Alder(DA)反応機構の分子軌道法シミュレーションによる解析と展開

    染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭

    日本コンピュータ化学会年会講演予稿集   2019   2019年

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  • 分子動力学計算によるIgGアプタマーの構造特性の解析

    石井清一郎, 吉田尚恵, 吉田尚恵, 増川恵介, 矢田部優貴, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM)   99th   2019年

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  • フィロウイルスVP40による粒子形成を阻害する新規化合物の同定

    浦田秀造, 石川岳志, 水田賢志, OLAPOSI Omotuyi, 水谷龍明, 植田弘師, 田中義正, 安田二朗, 安田二朗

    日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web)   67th   2019年

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  • カンジダ属および多剤耐性菌に対するカスポファンギンの新たな抗微生物活性

    住吉誠, 宮崎泰可, 宮崎泰可, 水田賢志, 田中義正, 石川岳志, 槇村浩一, 高園貴弘, 西條知見, 山本和子, 今村圭文, 泉川公一, 柳原克紀, 河野茂, 迎寛, 迎寛

    日本医真菌学会雑誌   60 ( Supplement 1 )   2019年

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  • in silicoプリオン病創薬における薬効特異性の評価

    石橋大輔, 中垣岳大, 石川岳志, 水田賢志, 濱田剛, 西田教行

    生体機能と創薬シンポジウム要旨集   2018   [1P - 1108]   2018年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

    J-GLOBAL

  • 新規作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発

    渡邊健, 石川岳志, 大滝大樹, 水田賢志, 濱田剛, 浦田秀造, 安田二朗, 田中義正, 西田教行, 西田教行

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   138th   2018年

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  • 抗体に結合する化学修飾アプタマーの熱力学的解析

    矢田部優貴, 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 野村祐介, 石川岳志, 山岸賢司, 坂本泰一

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   2018年

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  • FMO-QM/MM分子動力学計算と量子化学による創薬研究

    石川岳志

    CBI学会研究講演会   387th   2017年

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  • 新たな作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発

    渡辺健, 石川岳志, 水田賢志, 中垣岳大, 大滝大樹, 濱田剛, 田中義正, 西田教行

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   137th   2017年

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  • 抗マラリア化合物の開発をめざしたフラグメント分子軌道法によるSERCAとThapsigarginの分子間相互作用解析

    石川岳志, 水田賢志, 金子修, 矢幡一英

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)   137th   2017年

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  • 分子シミュレーションを用いたRNAアプタマーの設計手法の開発

    吉田尚恵, 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 野村祐介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   17th   2017年

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  • ヒト免疫グロブリンに対するRNAアプタマーの構造および動力学に関する理論的研究

    吉田尚恵, 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

    化学系学協会東北大会プログラムおよび講演予稿集   2017   2017年

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講演・口頭発表等

  • T. Ishikawa .  Quantum Chemistry-Based Protein–Protein Docking .  CBI学会2024年大会  2024年10月 

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • T. Ishikawa .  Development of Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking Method .  2024 NDSU-KU Annual Symposium  2024年10月  国際会議

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • 石川岳志 .  量子化学計算に基づくタンパク間相互作用解析法「VIINEC」の開発と応用 .  新化学技術推進協会 先端化学・材料技術部会 コンピュータケミストリ分科会 講演会  2024年1月 

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    開催年月日： 2024年1月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • T. Ishikawa .  Development of a protein-ligand docking method based on molecular dynamics simulation and its application to anti-prion compounds .  NDSU-KU 8th Annual Symposium 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • Ozora Kudo, Akari Endo, Masahiro Sekiguchi, Azumi ito, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi .  Conformational behavior, dynamics, and affinity of A18-modified aptamers toward human Immunoglobulin G .  CBI学会2023年大会 

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    開催年月日： 2023年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  Drug Discovery Using Computational Chemistry: Method Development and Applications .  HIGO最先端研究セミナー（リエゾンラボ研究会）  2023年10月 

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    開催年月日： 2023年10月

    記述言語：英語   会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

  • 宮崎あんず、石川岳志、高松由基、浦田秀造 .  フニンウイルスNPエキソヌクレアーゼ活性部位のウイルス増殖における役割解明 .  第70回日本ウイルス学会学術集会 

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    開催年月日： 2023年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 遠藤朱梨，伊藤愛純，関口真裕，阪本智樹，片平正人，永田崇，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一 .  抗体に結合するaptamerの改変体の結合能の解析 .  2023年度日本生化学会関東支部例会 

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    開催年月日： 2023年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 水田賢志、田平将大、森井優樹、石原淳、石川岳志 .  求核的トリフルオロメチルチオ化試薬を用いたα-SCF3化アミド類の合成法の開発 .  日本薬学会第143年会 

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    開催年月日： 2023年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • アジリジノン中間体を経由するフッ化銀を用いたフッ化アミド類の合成法の開発 .  日本化学会第103春季年会 

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    開催年月日： 2023年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志, 志々目裕太 .  バイオ医薬品開発の効率化を実現する生体分子量子化学計算プログラム｢PAICS｣ .  PARKS起業活動支援プログラム・Demo Day  2023年3月 

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    開催年月日： 2023年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • 須藤正幸, 近藤智子, 石川岳志 .  SARS-CoV-2治療薬をめざしたインシリコ創薬 .  第16回桜ケ丘基礎系発表会  2023年3月 

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    開催年月日： 2023年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  抗体医薬品開発を効率化する生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」 .  KADAI　STARTER‘S　PITCH（KSP）  2023年1月 

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    開催年月日： 2023年1月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • 工藤優大、藤田芽衣、吉野雄太、鎌足雄司、田中義正、石川岳志、藤本直浩、岡田卓哉、豊岡尚樹、遠藤智史、五十里彰 .  オートファゴソーム膜の形成を作用点とする新規オートファジー阻害剤の開発 .  第95回日本生化学会大会 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • Seiichiro ISHII, Ryoji YAMAZAKI, Ozora KUDO, Takeshi ISHIKAWA, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI .  Conformational behavior and dynamics of G7A mutant IgG-aptamer .  CBI学会2022年大会 

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  抗体医薬品開発を加速するタンパク間相互作用(PPI)解析のためのインシリコ技術｢VIINEC｣ .  Bio Japan  2022年10月 

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜   国名：日本国  

  • T. Ishikawa .  Development and Application of a Computational Method for Analyzing Protein-Protein Interaction .  NDSU-KU 7th Annual Symposium  2022年10月  招待 国際会議

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    国名：アメリカ合衆国  

  • W. Imamura, T. Ishikawa .  The molecular interaction of cyclodextran with a guest molecule using quantum chemical calculation and molecular dynamics simulation .  NDSU-KU 7th Annual Symposium  2022年10月  国際会議

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    国名：アメリカ合衆国  

  • T. Ishikawa .  Development and Application of a Computational Method for Analyzing Protein-Protein Interaction .  NDSU-KU 7th Annual Symposium  2022年10月  招待

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  • Ryoji Yamazaki，Azumi Ito，Tomoki Sakamoto，Masaki Komine，Takeshi Ishikawa， Masato Katahira，Takashi Nagata，Taiichi Sakamoto， Kenji Yamagihi .  In silico approach for identification of the thermodynamic profiles of aptamer-IgG binding .  第60回日本生物物理学会  2022年9月 

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    開催年月日： 2022年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：函館   国名：日本国  

  • A. Ito, Y. Yatabe, H. Yoshida, M. Sekiguchi, K. Akita, Y. Nakamura, Y. Nomura, T. Ishikawa, K. Yamagishi, T. Sakamoto .  Effect of chemical modification on the aptamer that binds to IgG .  第60回日本生物物理学会  2022年9月 

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    開催年月日： 2022年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：函館   国名：日本国  

  • T. Ishikawa .  Development and Application of a Quantum Chemistry-Based Method for Analyzing Protein-Protein Interaction .  The 20th Protein Island Matsuyama International Symposium  2022年9月  招待 国際会議

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    開催年月日： 2022年9月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：松山   国名：日本国  

  • T. Ishikawa .  Development and Application of a Quantum Chemistry-Based Method for Analyzing Protein-Protein Interaction .  The 20th Protein Island Matsuyama International Symposium  2022年9月  招待

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    開催年月日： 2022年9月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  • 工藤優大, 藤田芽衣, 吉野雄太, 鎌足雄司, 田中義正, 石川岳志, 藤本直浩, 岡田卓哉, 豊岡尚樹, 遠藤智史, 五十里彰 .  がんアジュバント薬の開発を指向したオートファジー阻害剤の創製研究 .  第21回・次世代を担う若手のためのファーマ・バイオフォーラム2022  2022年9月 

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    開催年月日： 2022年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    国名：日本国  

  • Kibet Ng’etich Japheth, Normalita Eka Pravitasari, Takeshi Ishikawa, Ayato Sato, Noriyuki Nishida, Takaya Sakura, Daniel Ken Inaoka .  Application of AlphaFold2 to Predict Antimalarial Drug Targets and Phenotypic Validation .  第28回分子寄生虫学ワークショップ  2022年8月 

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    開催年月日： 2022年8月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • H. Ozono, T. Ishikawa .  Development of visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) and an application to antibodies targeting PD-1/PD-L1 interaction .  Joint Symposium of JTBW2021 and KNJS 2021  2021年11月 

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

  • W. Imamura, T. Ishikawa .  Computational study on the inclusion mechanism of cyclodextran using quantum chemical calculation and molecular dynamics simulation .  Joint Symposium of JTBW2021 and KNJS 2021  2021年11月 

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」, ドッキング計算を利用したヒト主要組織適合抗原とペプチドの結合親和性計算法の開発 .  CBI学会2021年大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：遠隔   国名：日本国  

  • D. Arimura, T. Ishikawa .  A computational study for the development of anti-prion compounds using the docking simulation .  CBI学会2021年大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • H. Ozono, T. Ishikawa .  Visualization of the interfacial electrostatic complementarity: A method for analysis of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method .  CBI学会2021年大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：遠隔   国名：日本国  

  • H. Ozono, T. Ishikawa .  Application of visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) to antibodies targeting PD-1/PD-L1 interaction .  CBI学会2021年大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 金田一樹，石井清一郎，坂本泰一，石川岳志，山岸賢司 .  分子シミュレーションを用いたヒト抗体(IgG)に特異的に結合する新規修飾アプタマーの分子設計 .  令和3年度化学系学協会東北大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 山崎凌司, 金田一樹, 吉田尚恵, 坂本泰一, 石川岳志, 山岸賢司 .  デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの違いによるIgGアプタマーの結合プロファイルの解析 .  令和3年度化学系学協会東北大会  2021年10月 

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    開催年月日： 2021年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 今村亘, 山﨑智大, 日野志朗, 石川岳志 .  量子化学計算及び分子動力学計算による環状糖鎖の包接機構の理論的研究 .  第58回化学関連支部合同九州大会  2021年7月 

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    開催年月日： 2021年7月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 佐藤啓子, 納屋昌実, 近藤好夫, 武部克希, 内藤真理子, 鈴木守, 今田勝巳, 石川岳志, 佐藤主税 .  歯周病細菌叢の病原性を抑える試み .  第94回日本細菌学会総会  2021年3月 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語  

  • 大園紘貴, 石川岳志 .  抗体医薬品開発をめざしたFMO法に基づくタンパク質間相互作用解析法の開発と応用 .  日本化学会第101春季年会  2021年3月 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志, 大園紘貴, 小原弘樹, 秋澤和輝, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志 .  フラグメント分子軌道法に基づく静電相互作用解析法の開発とSARS-CoV-2スパイクタンパク質への応用 .  第68回応用物理学会春季学術講演会  2021年3月 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：遠隔   国名：日本国  

  • 大園紘貴, 石川岳志 .  FMO法を用いたタンパク質間相互作用解析法の開発と免疫チェックポイント阻害剤への応用, .  2020年日本化学会九州支部秋期研究発表会  2020年11月 

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    開催年月日： 2020年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  生命科学を指向した量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用 .  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会  2020年11月  招待

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    開催年月日： 2020年11月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：鹿児島   国名：日本国  

  • 染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭 .  塩基触媒による不斉Diels-Alder(DA)反応のMO法シミュレーションによる定量的解析と展開 .  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会  2020年11月 

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    開催年月日： 2020年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 石川岳志 .  医薬品開発を指向した量子化学プログラム｢PAICS｣の開発 .  イノベーション・ジャパン2020  2020年9月 

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    開催年月日： 2020年9月 - 2020年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：遠隔   国名：日本国  

  • 古峰真樹，吉田尚恵，関口真裕，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一 .  抗体に結合するアプタマーと金属イオンの相互作用解析 .  第42回日本分子生物学会年会  2019年12月 

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    開催年月日： 2019年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

  • 西田教行, 田中義正, 石川岳志, 水田賢志, 大滝大樹, 鎌足雄司, 渡邊健 .  薬剤耐性RNAウイルス出現予測法の確立と迅速制御のためのインシリコ創薬 .  J-PRIDE 研究成果発表会 「重症・難治性感染症の理解と予防・治療法の開発に向けて～若手研究者たちの挑戦～」 

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    開催年月日： 2019年11月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 浦田秀造, 石川岳志, 水田賢志, Omotuyi Olaposi, 水谷龍明, 植田弘師, 田中義正, 安田二朗 .  フィロウイルスVP40による粒子形成を阻害する新規化合物の同定 .  第67回日本ウイルス学会学術集会 

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    開催年月日： 2019年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 石井清一郎、吉田尚恵、増川恵介、石川岳志、坂本泰一、山岸賢司 .  分子シミュレーションによるRNAアプタマー- IgG複合体の相互作用解析および複合体形成におけるCa2+の影響 .  日本コンピュータ化学会2019年秋季年会 

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    開催年月日： 2019年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：広島  

  • Keisuke Masukawa, Hisae Yoshida, Seiichiro Ishii, Yuuki Yatabe, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi .  Combined computational and experimental study on the binding mechanism of RNA aptamer to human Immunoglobulin G .  2019年CBI学会 

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    開催年月日： 2019年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • T. Ishikawa .  Quantum Chemical Calculation of biomolecule with Fragment Molecular Orbital Method: Program Development and Application to Drug Discovery .  NDSU KU Joint Symposium on Biotechnology, Nanomaterials and Polymers  国際会議

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    開催年月日： 2019年10月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地： Fargo, USA  

  • 増川恵介, 吉田尚恵, 石井清一郎, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 .  新規RNAアプタマーの設計を目指したRNAアプタマーと標的分子との結合メカニズム解析 .  RNAフロンティアミーティング2019 

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    開催年月日： 2019年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：静岡  

  • 石川岳志, 大滝大樹, J. N. Makaub, 渡邊健, 水田賢志, 鎌足雄司, 田中義正, 西田教行 .  計算化学を利用した薬剤耐性変異予測法の開発とオセルタミビル耐性インフルエンザウイルスでの検証 .  第72回日本細菌学会・第56回日本ウイルス学会九州支部総会 

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    開催年月日： 2019年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：熊本  

  • Keisuke MASUKAWA, Hisae YOSHIDA, Atsushi TANAKA, Seiichiro ISHII, Yuuki YATABE, Takeshi ISHIKAWA, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI .  Binding mechanism between RNA aptamer and target molecule .  第19回日本タンパク質科学会 

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    開催年月日： 2019年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

  • Atsushi TANAKA, Keisuke MASUKAWA, Hisae YOSHIDA, Takeshi ISHIKAWAK, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI .  Correlation between dynamic structure and binding affinity of AML1 aptamer .  第19回日本タンパク質科学会 

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    開催年月日： 2019年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

  • 染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭 .  3-ヒドロキシ-2-ピリドン等の塩基触媒下, 立体選択的Diels-Alder（DA）反応機構の分子軌道法シミュレーションによる解析と展開 .  日本コンピュータ化学会2019年春季年会 

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    開催年月日： 2019年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 石井清一郎, 吉田尚恵, 増川恵介, 矢田部優貴, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 .  分子動力学計算によるIgGアプタマーの構造特性の解析 .  日本化学会第99回春季大会 

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    開催年月日： 2019年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

  • 石川岳志 .  FMOプログラム「PAICS」の開発と生命科学分野への応用 .  第18回FMO研究会  招待

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    開催年月日： 2019年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  • 矢田部優貴，吉田尚恵，関口真裕，秋田一雅，猪股恵美礼，中村義一，野村祐介，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一 .  抗体に結合する化学修飾アプタマーの熱力学的解析 .  日本分子生物学会 

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    開催年月日： 2018年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

  • T. Tokiwa, S. Nakano, Y. Yamamoto, T. Ishikawa, S. Ito, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, H. Tokiwa, Y. Shigeta .  Data Analysis Toolkits of Fragment Molecular Orbital Calculations to Visualize Interaction Energies Using the GUI Plugin for PyMOL .  2018年CBI学会 

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    開催年月日： 2018年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • T. Ishikawa, K. Sakakura, Y. Mochizuki .  Efficient implementation of FMO-RI-MP3 method in PAICS .  2018年CBI学会 

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    開催年月日： 2018年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • T. Ishikawa, K. Sakakura, Y. Mochizuki .  Efficient implementation of FMO-RI-MP3 method in PAICS .  2018年CBI学会 

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    開催年月日： 2018年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • T. Ishikawa, T. Ishikura, K. Kuwata .  Theoretical Study of molecular interaction in prion protein based on fragment molecular orbital method .  2008年CBI学会  

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    開催年月日： 2018年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, N. Kobayashi, N. Nishida .  Identification of influenza A virus inhibitors targeting viral nucleoprotein .  第55回日本ウイルス学会九州支部総会 

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    開催年月日： 2018年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：北九州  

  • 渡邊健, J. N. Makau, 石川岳志, 大滝大樹, 水田賢志, 中垣岳大, 石橋大輔, 浦田秀造, 安田二朗, 西田教行 .  インフルエンザウイルス複製を標的とした蛋白質－蛋白質相互作用阻害剤の開発 .  第55回日本ウイルス学会九州支部総会 

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    開催年月日： 2018年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：北九州  

  • 石橋大輔, 中垣岳大, 石川岳志, 水田賢志, 濱田剛, 西田教行 .  in silicoプリオン病創薬における薬効特異性の評価 .  生体機能と創薬シンポジウム2018 

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    開催年月日： 2018年8月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

  • 渡辺健, 石川岳志, 大滝大樹, 水田賢志, 濱田剛, 浦田秀造, 安田二朗, 田中義正, 西田教行 .  新規作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 .  日本薬学会第138年会 

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    開催年月日： 2018年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：金沢  

  • Daisuke Ishibashi, Takehiro Nakagaki, Takeshi Ishikawa, Tsuyoshi Hamada, Noriyuki Nishida .  in silico プリオン病創薬における薬効特異性の評価 .  2017年度生命科学系学会合同年次大会 (ConBio2017) 第40回日本分子生物学会年会 第90回日本生化学会大会 

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    開催年月日： 2017年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

  • 石川岳志 .  フォーカストセッション「計算化学による感染症研究の最前線」, 長崎大学における感染症インシリコ創薬の試み .  2017年CBI学会  

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    開催年月日： 2017年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：船堀  

  • H. Yoshida, M. Sekiguchi, K. Masukawa, S. Yamazaki, E. Inomata, K. Akita, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi .  Structure and Dynamics of RNA Aptamer to Human Immunoglobulin G .  2017年CBI学会 

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    開催年月日： 2017年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • T. Ishikawa .  Efficient calculation of electrostatic potential of biomolecule based on fragment molecular orbital method .  2017年CBI学会 

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    開催年月日： 2017年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 .  Theoretical study on the structure and dynamics of RNA aptamer to human immunoglobulin G .  日本化学会東北支部大会 

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    開催年月日： 2017年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：盛岡  

  • S. Urata, T. Ishikawa, J. Yasuda .  YIGL motif in Ebola virus VP40 regulates virus-like particle production .  9th International Filovirus Symposium  国際会議

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    開催年月日： 2017年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Marburg, Germany  

  • 石川岳志 .  FMO-QM/MM分子動力学計算と量子化学による創薬研究 .  第387回CBI学会研究講演会 「薬物－標的親和性計算の新潮流 ～古典MDから量子MDへ～」  招待

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    開催年月日： 2017年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：大阪  

  • H. Yoshida, M. Sekiguchi, K. Akita, E. Inomata, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi .  IN SILICO DESIGN OF RNA APTAMER TO HUMAN IMMUNOGLOBULIN G .  EFMC-ASMC17: International Symposium on Advances in Synthetic and Medicinal Chemistry  国際会議

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    開催年月日： 2017年8月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Vienna, Austria  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Structure-based discovery of inhibitors targeting influenza A virus nucleoprotein .  The 17th International congress of virology  国際会議

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    開催年月日： 2017年7月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Singapore  

  • 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 野村祐介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 .  分子シミュレーションを用いたRNAアプタマーの設計手法の開発 .  第17回日本蛋白質科学会 

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    開催年月日： 2017年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Targeting viral nucleoprotein in search for new influenza A virus inhibitors .  The 13th Nagasaki-Singapore Medical Symposium / Leading Program International Symposium 2017  国際会議

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    開催年月日： 2017年5月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Nagasaki, Japan  

  • 石川岳志, 水田賢志, 金子修, 矢幡一英 .  抗マラリア化合物の開発をめざしたフラグメント分子軌道法によるSERCAとThapsigarginの分子間相互作用解析 .  日本薬学会第137年会 

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    開催年月日： 2017年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 水田賢志, 石川岳志, 大滝大樹, 栗山正巳, 小野村治, 樋口則英, 中嶋 弥穂子, 中嶋 幹郎, 大山 要 .  バルプロン酸とカルパペネム系抗菌薬の相互作用機序の計算化学的考察 .  日本薬学会第137年会 

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    開催年月日： 2017年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 渡辺健, 石川岳志, 水田賢司, 中垣岳大, 大滝大樹, 濱田剛, 田中正義, 西田教行 .  新たな作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 .  日本薬学会第137年会 

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    開催年月日： 2017年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 関口真裕, 吉田尚恵, 石川岳志, 山岸賢司 .  分子動力学計算を用いた修飾RNAアプタマーの立体構造解析 .  日本大学工学部学術研究報告会 

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    開催年月日： 2016年12月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：郡山  

  • 関口真裕，小野間優希，吉田尚恵，石川岳志，秋田一雅，猪股恵美礼，坂本泰一，山岸賢司 .  分子動力学計算を用いた修飾RNAアプタマーの構造解析 .  日本核酸医薬学会第2回年会 

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    開催年月日： 2016年11月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • Takeshi Ishikawa .  Prediction of peptide binding to a major histocompatibility complex class I molecule based on docking simulation .  2016年CBI学会 

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    開催年月日： 2016年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • H. Yoshida, T. Fukaya, M. Sekiguchi, E. Inomata, K. Akita, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi .  Molecular Simulation Analysis of RNA Aptamer to Human Immunoglobulin G .  2016年CBI学会 

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    開催年月日： 2016年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • H. Otaki, T. Ishikawa, S. Mizuta, K. Ohyama .  Inhibition Mechanisms of Carbapenem Antibiotics on Acylpeptide Hydrolase: Docking Simulation Study .  2016年CBI学会 

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    開催年月日： 2016年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • D. Ishibashi, T. Nakagaki, T. Ishikawa, R. Atarashi, K. Watanabe, T. Hamada, N. Nishida .  Structure-based drug discovery for prion disease by using a novel binding simulation on the graphics processing unit intensive supercomputer .  第89回日本生化学会大会 

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    開催年月日： 2016年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 関口真裕, 小野間優希, 深谷和紀, 八巻雷士, 吉田尚恵, 石川岳志, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 坂本泰一, 山岸賢司 .  修飾RNAアプタマーに対する構造活性相関 .  第55回日本薬学会東北支部大会 

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    開催年月日： 2016年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：郡山  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Discovery of influenza virus inhibitors using in silico and in vitro approaches .  The 15th Awaji International Forum on Infection and Immunity  国際会議

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    開催年月日： 2016年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Awaji, Japan  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Discovery of influenza virus inhibitors using in silico and in vitro approaches .  第5回感染症若手フォーラム  国際会議

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    開催年月日： 2016年9月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：淡路島  

  • J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida .  Drug discovery for influenza virus .  The 3rd International symposium for the Promotion of Science and Technology Innovation Cooperation between Africa and Japan  国際会議

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    開催年月日： 2016年7月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Tokyo, Japan  

  • N. Sriwilaijaroen, S. Magesh, A. Imamura, H. Ando, H. Ishida, M. Sakai, E. Ishitsubo, T. Hori, S. Moriya, T. Ishikawa, K. Kuwata, T. Odagiri, M. Tashiro, H. Hiramatsu, K. Tsukamoto, T. Miyagi, H. Tokiwa, M. Kiso, Y. Suzuki .  A New Specific Inhibitor against Influenza Viral N1-N9 Neuraminidases .  The 11th China-Japan International Conference of Virology  国際会議

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    開催年月日： 2016年7月 - 2017年7月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：kannonji, Japan  

  • 関口真裕, 吉田尚恵, 石川岳志, 宮川伸, 坂本泰一, 山岸賢司 .  修飾RNAアプタマーに対するコンフォメーション解析 .  第16回日本蛋白質科学会年会  

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    開催年月日： 2016年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

  • 吉田尚恵, 石川岳志, 小橋創介, 鷹觜潤平, 春木満, 坂本健作, 山岸賢司 .  ハロゲン原子の導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明 .  第16回日本蛋白質科学会年会 

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    開催年月日： 2016年6月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 渡辺健, 石川岳志, 水田賢志, 大滝大樹, 濱田剛, 田中義正, 西田教行 .  In silico スクリーニングによる抗インフルエンザ化合物の探索 .  日本薬学会第136年会 

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    開催年月日： 2016年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

  • 吉田尚恵, 関口真裕, 石川岳志, 宮川伸, 坂本泰一, 山岸賢司 .  分子シミュレーションを利用したRNAアプタマーと標的タンパク質との結合メカニズムの解析 .  日本化学会第96春季年会2016 

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    開催年月日： 2016年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：京都  

  • 吉田尚恵, 関口真裕, 石川岳志, 坂本泰一, 沼田靖, 山岸賢司 .  計算化学手法を用いた新規RNAアプタマー設計手法の開発 .  日本大学工学部学術研究報告会 

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    開催年月日： 2015年12月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：郡山  

  • 石川岳志 .  ワクチン開発をめざしたヒト主要組織適合抗原（HLA）とペプチドの結合親和性計算法の開発 .  琉球大学熱帯生物圏研究センター共同利用研究会「計算科学と感染症研究」 

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    開催年月日： 2015年11月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：沖縄  

  • 山口将, 堀江信貴, 佐藤克也, 石川岳志, 前田肇, 諸藤陽一, 出雲剛, 西田教行, 松尾孝之 .  脳梗塞に対する間葉系幹細胞移植の効果はドナーの年齢に依存する～内因性神経幹細胞遊走の違い～ .  第27回日本脳循環代謝学会総会 

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    開催年月日： 2015年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：富山  

  • K. Yahata, K. Pandey, P. E. Ferreira, T. Ishikawa, O. Kaneko .  Calcium monitoring in Plasmodium falciparum through Yellow Cameleon-Nano Biosensors .  The 14th Awaji International Forum on Infection and Immunity  国際会議

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    開催年月日： 2015年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Awaji, Japan  

  • 石川岳志 .  シンポジウム「創薬・化学研究における化合物・相互作用情報の活用 ～ケモインフォマティクスからの試み～」, フラグメント分子軌道法の新規薬剤開発への応用 .  第135回日本薬学会  招待

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    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：神戸  

  • 石川岳志 .  第8回FMO研究会 「ナノバイオ分子計算とデザイン」 FMO法を用いた最近の研究 -PAICSの開発と生命科学への応用- .  2014年CBI学会 

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    開催年月日： 2014年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：船堀  

  • 小橋創介, 鷹觜潤平, 石川岳志, 春木満, 坂本健作, 山岸賢司 .  非天然型アミノ酸の導入によるタンパク質の耐熱化メカニズムの解明 .  第3回生命医薬情報学連合大会 

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    開催年月日： 2014年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 鷹觜潤平, 小橋創介, 石川岳志, 坂本健作, 山岸賢司 .  ハロゲン原子導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明 .  日本コンピュータ化学会2014年秋季年会 

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    開催年月日： 2014年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：郡山  

  • 石川岳志 .  ランチョンセミナー「今こそ高精度計算によるコンピュータ支援型創薬を」, 生体分子全電子計算プログラム「PAICS」の紹介 .  第134回日本薬学会  招待

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    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：熊本  

  • 石川岳志 .  フォーカストセッション（第一分野） 「フラグメント分子軌道法の最近の展開： 実利用へ向けた開発と応用」 Application of FMO method to interaction analysis of biomolecules .  2013年CBI学会 

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    開催年月日： 2013年10月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • Takeshi Ishikawa .  Application of the Fragment Molecular Orbital Method to Drug Discovery .  Drug Discovery & Therapy World Congress 2013  国際会議

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    開催年月日： 2013年6月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Boston  

  • 白珊丹, 小林康彦, 佐藤誠一亮, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 足立幸志, 久保百司 .  化学修飾したＤＬＣ膜におけるトライボケミカル反応プロセスの計算科学による解明 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 周康, 尾澤伸樹, 石川岳志, 樋口祐次, 久保百司 .  計算科学手法に基づいたシリカ砥粒によるサファイア表面の化学機械研磨プロセスの解析 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  化学機械研磨によるシリコンウェハの平滑化メカニズムの量子分子動力学法による解析 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 佐藤誠一亮, 小林康彦, 白珊丹, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 足立幸志, 久保百司 .  計算科学シミュレーションによる窒化炭素膜の窒素原子が摩擦特性に及ぼす影響 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 小林康彦, 佐藤誠一亮, 白珊丹, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 足立幸志, 久保百司 .  量子分子動力学法を用いた水潤滑による炭化ケイ素の低摩擦化に関する研究 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 張琪, 刀東風, 白珊丹, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  ナノスクラッチされたグラフェンレイヤーの原子構造と機械特性の計算科学に基づく解明 .  トライポロジー会議2013春 

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    開催年月日： 2013年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京  

  • 樋口祐次，石川岳志，尾澤伸樹，久保百司 .  ポリエチレンの切断反応が半結晶高分子の耐久性に与える影響 .  日本物理学会第68回年次大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：広島  

  • 千枝繁樹, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  エチレングリコールを用いたアルカリ形燃料電池における酸化触媒反応の第一原理シミュレーション .  電気化学会第80回大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 尾澤伸樹, 中村美穂, 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次, 久保百司 .  第一原理計算を用いたペロブスカイト型酸化物砥粒におけるガラス研磨性能の検討と代替砥粒の理論的設計 .  2013年春期第60回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：神奈川  

  • 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 寒川誠二, 久保百司 .  フルオロカーボンラジカルによるシリコン酸化膜SiO2エッチングプロセスへの量子分子動力学法アプローチ .  2013年春期第60回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：神奈川  

  • 柳谷一行, 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  量子分子動力学法を用いたGaNエッチング過程における反応メカニズムの解析 .  2013年春期第60回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：神奈川  

  • 桑原卓哉, 伊藤寿, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  薄膜Si太陽電池のプラズマCVD プロセスにおけるラジカル種の影響に関する量子化学計算 .  2013年春期第60回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：神奈川  

  • 中村耕輔, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  量子分子動力学シミュレーションによるリチウムイオン電池の劣化プロセスの解析 .  電気化学会第80回大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 坂之井遼太, 許競翔, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 佐藤一永, 橋田俊之, 久保百司 .  分子動力学法及び密度汎関数法によるSOFC用電解質の亀裂進展メカニズムの解析 .  電気化学会第80回大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 許競翔, 坂之井遼太, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 佐藤一永, 橋田俊之, 久保百司 .  分子動力学法を用いた固体酸化物形燃料電池アノードにおけるドーパントがシンタリングに及ぼす影響の解析 .  電気化学会第80回大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 小林顕, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  フッ素系高分子電解質における分解劣化プロセスの第一原理分子動力学シミュレーション .  電気化学会第80回大会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • K. Kawaguchi, T. Ishikawa, Y. Higuchi, N. Ozawa, T. Shimazaki, and M. Kubo .  Quantum Chemical Molecular Dynamics Simulations of Mechano-Chemical Reactions during Copper Chemical Mechanical Polishing Processes .  222nd ECS Meeting PRiME2012  国際会議

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    開催年月日： 2012年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Honolulu, Hawaii  

  • A. Kobayashi, T. Ishikawa, Y. Higuchi, N. Ozawa, T. Shimazaki, and M. Kubo .  First-Principles Molecular Dynamics Simulation of the Chemical Degradation of Polymer Electrolyte Membranes .  222nd ECS Meeting PRiME2012  国際会議

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    開催年月日： 2012年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Honolulu, Hawaii  

  • S. Sato, S. Bai, T. Ishikawa, Y. Higuchi, N. Ozawa, T. Shimazaki, K. Adachi, J. Martin, and M. Kubo .  Tight-Binding Quantum Chemical Molecular Dynamics and First-Principles Molecular Dynamics Studies of Super-Low Friction Mechanism on Carbon Nitride Coating .  222nd ECS Meeting PRiME2012  国際会議

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    開催年月日： 2012年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Honolulu, Hawaii  

  • K. Yanagiya, H. Ito, T. Kuwahara, T. Ishikawa, Y. Higuchi, N. Ozawa, M. Kubo .  Quantum Chemical Molecular Dynamics Simulation of GaN Etching Processes by Cl Radical .  222nd ECS Meeting PRiME2012  国際会議

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    開催年月日： 2012年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Honolulu, Hawaii  

  • 佐藤誠一亮, 白珊丹, 石川岳志, 樋口裕次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 足立幸志, 久保百司 .  量子分子動力学法による窒化炭素膜とダイヤモンドライクカーボン膜の低摩擦機構の研究 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 樋口祐次, 石川岳志, 尾澤伸樹, 久保百司 .  酸素と高分子の化学反応が耐久性に与える影響 .  2012年物理学会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：横浜  

  • 尾澤伸樹, 中村美穂, 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次,久保百司 .  第一原理計算を用いたペロブスカイト型酸化物砥粒におけるCMP特性の検討 .  2012年度精密工学会秋季大会学術講演会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：小倉  

  • 樋口祐次, 石川岳志, 尾澤伸樹, 久保百司 .  第一原理分子動力学法と粗視化分子動力学法による化学反応で劣化した高分子の応力測定 .  2012年秋季第73回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：松山  

  • 桑原卓哉, 伊藤寿, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  量子分子動力学法を用いた薄膜シリコン太陽電池のCVD プロセスにおけるSiHxの表面反応機構の検討 .  2012年秋季第73回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：松山  

  • 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 寒川誠二, 久保百司 .  量子分子動力学シミュレーションを用いたCFxラジカルによるシリコン酸化膜SiO2のエッチングプロセス解析 .  2012年秋季第73回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：松山  

  • 柳谷一行, 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  量子分子動力学法によるCl2プラズマガスを用いたGaNのエッチングシミュレーション .  2012年秋季第73回応用物理学会学術講演会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：松山  

  • 尾澤伸樹, 中村美穂, 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次, 久保百司 .  計算科学手法を用いたペロブスカイト型酸化物砥粒によるガラス表面の化学機械研磨プロセスの解析 .  トライボロジー会議2012秋 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：室蘭  

  • 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  量子分子動力学法によるシリコンウェハの精密研磨プロセスの解析 .  トライボロジー会議2012秋 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：室蘭  

  • 白珊丹, 佐藤誠一亮, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 足立幸志, 久保百司 .  計算科学を用いた水素及びフッ素終端ＤＬＣ膜におけるトライボケミカル反応メカニズムの解明 .  トライボロジー会議2012秋 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：室蘭  

  • 佐藤誠一亮, 白珊丹, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  第一原理分子動力学法とTight-Binding量子分子動力学法による窒化炭素膜の低摩擦メカニズムの解明 .  トライボロジー会議2012秋 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：室蘭  

  • 河口健太郎, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  砥粒の摩擦が促進するCu化学機械研磨プロセスの計算科学シミュレーション .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 柳谷一行, 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  ClラジカルによるGaNエッチング過程の量子分子動力学法に基づく解析 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 小林顕, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  第一原理分子動力学法による高分子電解質膜の化学的劣化機構の解析 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 桑原卓哉, 伊藤寿, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 久保百司 .  量子分子動力学法に基づく薄膜シリコン太陽電池の化学気相成長メカニズムの解明 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 伊藤寿, 桑原卓哉, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 寒川誠二, 久保百司 .  量子分子動力学シミュレーションを用いたフルオロカーボンラジカルCFxによるSiO2エッチングプロセスのメカニズム解明 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 尾澤伸樹, 小林顕, 冨士田実央, 石川岳志, 樋口祐次, 久保百司 .  第一原理計算に基づくアルカリ形燃料電池における高選択性エチレングリコール酸化触媒の高速スクリーニング .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 坂之井遼太, 許競翔, 石川岳志, 樋口祐次, 尾澤伸樹, 島崎智実, 久保百司 .  高耐久性SOFCの実現に向けた計算科学シミュレーションによる電解質の破壊特性評価 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • 樋口祐次, 石川岳志, 尾澤伸樹, 久保百司 .  酸化反応によるポリエチレンの劣化プロセス: 第一原理分子動力学法と粗視化分子動力学による解明 .  第110回触媒討論会 

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    開催年月日： 2012年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡  

  • Takeshi Ishikawa .  Quantum Chemical Study of Biomolecules Using Fragment Molecular Orbital Method: An Application to Prion Protein .  Institute for Protein Research Seminar -Impacts of Supersaturation on Protein Science  招待 国際会議

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    開催年月日： 2012年6月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  • 鎌足雄司, 石川岳志, 桑田一夫 .  ITCおよびSPR法から得られた蛋白質－リガンド結合の熱力学的パラメータの比較 .  第12回日本蛋白質科学会 

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    開催年月日： 2012年6月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋  

  • Takeshi Ishikawa .  Quantum chemical study for condensed-phase system based on the fragment molecular orbital method: Applications to geometry optimization and molecular dynamics simulation .  Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems  招待 国際会議

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    開催年月日： 2012年5月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：名古屋  

  • 石川岳志 .  FMOプログラム「PAICS」の紹介 .  FMO研究会キックオフミーティング 

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    開催年月日： 2012年4月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：神戸  

  • 酒井美帆, 石川岳志, 安藤弘宗, 石田秀治, 木曾真, 鈴木康夫, 常盤広明 .  FMO法を用いた新規阻害薬とNeuraminidase(NA)との理論的相互作用解析 .  第132回日本薬学会 

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    開催年月日： 2012年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

  • N. Hanada, T. Ishikawa, H. Miyachi, K. Kuwata, and H. Tokiwa .  Ab Initio Fragment Molecular Orbital Study of Nuclear Receptor Enhanceosome .  34th Annual Meeting of Molecular Biology Society of Japan  国際会議

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    開催年月日： 2011年12月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Yokohama, Japan  

  • M. Sakai, T. Ishikawa, H. Ando, H. Ishida, M. Kiso, K. Kuwata, Y. Suzuki, and H. Tokiwa .  Theoretical Interaction Analysis between Novel Inhibitors and Influenza Virus Neuraminidases using Fragment Molecular Orbital Method .  8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium (AIMECS2011)  国際会議

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    開催年月日： 2011年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Tokyo, Japan  

  • 岡本拓也, 小谷野哲之, 石川岳志, 桑田一夫, 長岡正隆 .  FMO-QM/MM分子動力学シミュレーションに向けたAMBER-PAICSインターフェースの開発 .  分子科学討論会2011 

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    開催年月日： 2011年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

  • S. Motoyoshi, T. Ishikawa, K. Yamagishi, K. Kuwata, H. Tokiwa .  All-Electronic Calculations (AEC)-Docking Procedure Based on the FMO-ONIOM Method .  WATOC2011  国際会議

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    開催年月日： 2011年7月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Santiago, Spain  

  • Takeshi Ishikawa .  シンポジウム「Prime Number and Life －New Paradigm for the 21th century－」, Fragment molecular orbital method and number theory .  第48回生物物理学会  招待

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    開催年月日： 2010年9月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  • 石川岳志 .  「疾病と膜動態のタンパク質科学」 フラグメント分子軌道法による正常型プリオンタンパク質の内部相互作用の解析 .  大阪大学タンパク質研究所セミナー 

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    開催年月日： 2010年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：大阪  

  • 石川岳志 .  ランチョンセミナー「次世代創薬への挑戦」, 生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と創薬への応用 .  第130回日本薬学会  招待

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    開催年月日： 2010年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：岡山  

  • 石川岳志 .  「創薬の最前線」, フラグメント分子軌道法による生体分子の量子化学計算－プログラム開発と創薬への応用－, .  HPCシステムズ主催 第二回生体分子計算化学セミナー 

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    開催年月日： 2010年1月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

  • Takeshi Ishikawa .  Quantum chemical calculation of biomolecular systems based on fragment molecular orbital method .  International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formations and Function  招待 国際会議

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    開催年月日： 2009年7月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：東京  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 森寛敏, 三好永作, 田中成典 .  フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究 .  日本化学会第89春季年会 

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    開催年月日： 2009年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：習志野  

  • 沖山佳生, 渡邉博文, 福澤薫, 中野達也, 望月祐志, 石川岳志, 蛯名邦禎, 田中成典 .  フラグメント分子軌道法を用いたポリペプチドのESP電荷の決定と古典MDへの応用 .  スーパーコンピューターワークショップ2009「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」 

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    開催年月日： 2009年1月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：岡崎  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 森寛敏, 三好永作, 田中成典 .  ポリシラン類の物性に関する理論的研究 .  スーパーコンピューターワークショップ2009「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」 

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    開催年月日： 2009年1月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：岡崎  

  • 石川岳志 .  シンポジウム「レアイベントから創薬へ」, 量子化学計算に基づく創薬研究へのアプローチ －プログラム開発と生体分子への応用－ .  第46回生物物理学会  招待

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    開催年月日： 2008年12月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：福岡  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 中野達也, 甘利真司, 福澤薫, 石川岳志, 櫻井実, 田中成典 .  赤色蛍光タンパク質の励起状態に関する理論的研究 .  バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム（BSCS） 

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    開催年月日： 2008年12月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Fukuzawa, T. Nakano, Yuji Mochizuki, T. Ishikawa, K. Ebina, S. Tanaka .  Determination of ESP charges on polypeptides using the fragment molecular orbital method and the applications for molecular simulations .  2008年CBI学会 

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    開催年月日： 2008年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Nakano, T. Ishikawa, K. Fukuzawa, M. Sakurai, S. Tanaka .  Theoretical Study of the Excited States of DsRed Mutants by Fragment Molecular Orbital Method .  WATOC2008  国際会議

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    開催年月日： 2008年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Sydney, Australia  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 森寛敏, 三好永作, 田中成典 .  フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究 .  第2回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2008年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

  • 本田宏明, 田中皓, 吉村崇, 佐々木陽一, 石川岳志, 三好永作 .  6核錯体[(Tc6S8)Br6]4-の電子構造ならびに電子スペクトル: [(Re6S8)Br6]4-, [(Re6S8)Cl6]4-, [(Re6Cl8)Cl6]2-との比較検討 .  第2回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2008年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：福岡  

  • 石川岳志, 桑田一夫 .  量子化学計算によるプリオンタンパク質と低分子化合物との相互作用解析 .  プリオンシンポジウム2008 

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    開催年月日： 2008年8月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：北海道  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 中野達也, 甘利真司, 石川岳志, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典 .  フラグメント分子軌道法によるDsRed類縁種の励起状態に関する理論的研究 .  日本化学会第88回春期年会 

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    開催年月日： 2008年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也 .  FMO-MD法によるメチルジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション .  日本化学会第88回春期年会 

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    開催年月日： 2008年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 石川岳志, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也, 常盤広明, 田中成典, 田中皓 .  FMO法における局在化MP2法を用いた相互作用解析： FILMの開発と応用 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 望月祐志, 中野達也, 田中皓, 石川岳志, 三好永作, 古明地勇人, 山下勝美, 村瀬匡, 甘利真司, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典 .  フラグメント分子軌道法における大規模Post-HF計算 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 田中皓 .  二量化した一酸化窒素分子の高度相関計算による研究 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 望月祐志, 古明地勇人, 石川岳志, 中野達也, 山高博, 山下勝美, 栗崎以久男, 田中成典 .  FMO-MD/MLFMO-CIS(D)法による水和分子の励起状態シミュレーション .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 沖山佳生, 渡邉博文, 福澤薫, 中野達也, 望月祐志, 石川岳志, 田中成典, 蛯名邦禎 .  フラグメント分子軌道法を用いたポリペプチドのESP電荷の決定 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 古明地勇人, 石川岳志, 望月祐志, 山高博, 中野達也 .  FMO-MD法の再実装と溶液計算への応用 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也 .  FMO-MD法によるジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • 田中皓, 望月祐志, 石川岳志, 山下勝美, 村瀬匡, 田口尚貴, 田中成典 .  スピン適合並列化中間状態駆動CASCIプログラムと応用計算 .  第1回分子科学討論会 

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    開催年月日： 2007年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台  

  • K. Fukuzawa, Y. Komeiji, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, A. Kato, T. Nakano, S. Tanaka .  Intra- and Intermolecular interaction between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study .  2006年CBI学会 

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    開催年月日： 2006年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 石川岳志, 望月祐志, 中野達也, 甘利真司, 森寛敏, 本田宏明, 藤田貴敏, 常盤広明, 田中成典, 古明地勇人, 福澤薫, 田中皓, 三好永作 .  FMO法へのMCPの導入と生体分子系への適用 .  平成18年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2006年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：静岡  

  • 伊藤三香, 福澤薫, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 田中成典 .  レチノイドXレセプターのへリックス12に関する理論的研究 .  平成18年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2006年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：静岡  

  • Y. Mochizuki, K. Yamashita, T. Nakano, T. Ishikawa, S. Amari, K. Segawa, T. Murase, H. Tokiwa, M. Sakurai, K. Tanaka .  A parallelized integral-direct CIS(D) method with multilayer fragment molecular orbital scheme .  International Conference of Quantum Chemistry  国際会議

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    開催年月日： 2006年5月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Kyoto, Japan  

  • K. Tanaka, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, H. Terashima, H. Tokiwa .  An Efficient Algorithm for parallel processing of a spin adapted full configuration interaction .  International Conference of Quantum Chemistry  国際会議

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    開催年月日： 2006年5月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Kyoto, Japan  

  • 山岸賢司, 山本恵子, 石川岳志, 望月祐志, 中野達也, 山田幸子, 常盤広明 .  FMO法を基盤とした新規創薬手法の開発と応用 .  第126年会日本薬学会 

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    開催年月日： 2006年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Mn(CN)5NO]3-に関する理論的研究 .  平成17年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2005年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 田中皓, 石川岳志, 常盤広明, 望月祐志 .  グラフ表示の閉殻と開殻への分離によるCASCIの並列, ベクトル処理アルゴリズム .  平成17年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2005年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 望月祐志, 中野達也, 石川岳志, 福澤薫, 加藤昭史, 田中皓, 常盤広明, 甘利真司, 北浦和夫, 田中成典 .  ABINIT-MPプログラムの最近の機能拡張 .  平成17年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2005年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Ru(CN)5NO]2-の安定および準安定構造と光誘起遷移過程の理論的研究 .  平成16年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2004年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：広島  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Fe(CN)5NO]2-の光誘起遷移過程の理論的研究 .  第8回理論化学討論会 

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    開催年月日： 2004年6月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：広島  

  • T. Ishikawa, K. Tanaka .  Theoretical study on light-induced metastable state in Na2[Fe(CN)5NO]・2H2O .  Second Generation on Octahedral Metal Compounds: New development and Prospect  国際会議

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    開催年月日： 2004年5月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Fe(CN)5NO]2-の安定および準安定構造と光誘起遷移過程の理論的研究 .  平成15年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2003年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（基調）  

    開催地：京都  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Fe(CN)5NO]2-の光誘起準安定状態と遷移過程の理論的研究 .  分子研研究会高精度大規模計算が開く新しい分子科学 

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    開催年月日： 2002年11月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：岡崎  

  • 石川岳志, 田中皓 .  [Fe(CN)5NO]2-の基底状態および励起状態に関する理論的研究 .  年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2002年10月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸  

  • 石川岳志, 野呂武, 庄田孝行 .  アゾベンゼンの光異性化の理論的研究 .  平成13年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2001年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：札幌  

  • 本田宏明, 石川岳志, 野呂武, 田中皓, 三好永作 .  結晶中のクラスター錯体[Re6S8Br4]4-と[Re6S8Cl6]3-の電子的励起スペクトルの理論的解析 .  平成13年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2001年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：札幌  

  • 石川岳志, 野呂武, 庄田孝行 .  アゾベンゼンの光異性化における理論的研究 .  平成12年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 2000年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京  

  • 石川岳志, 野呂武, 庄田孝行 .  アゾベンゼンの光異性化における電子状態 .  平成11年度分子構造総合討論会 

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    開催年月日： 1999年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：大阪  

  • 佐藤 啓子, 納屋 昌実, 近藤 好夫, 武部 克希, 内藤 真理子, 鈴木 守, 今田 勝巳, 石川 岳志, 佐藤 主税 .  抗菌薬標的タンパク質の生化学　歯周病細菌叢の病原性を抑える試み .  日本細菌学雑誌  2021年2月  日本細菌学会

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    記述言語：日本語  

  • 工藤 優大, 藤田 芽衣, 吉野 雄太, 鎌足 雄司, 田中 義正, 石川 岳志, 藤本 直浩, 岡田 卓哉, 豊岡 尚樹, 遠藤 智史, 五十里 彰 .  オートファゴソーム膜の形成を作用点とする新規オートファジー阻害剤の開発 .  日本生化学会大会プログラム・講演要旨集  2022年11月  (公社)日本生化学会

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    記述言語：日本語  

  • 石川 岳志 .  第387回CBI学会研究講演会「薬物－標的親和性計算の新潮流 ～古典MDから量子MDへ～」 FMO-QM/MM分子動力学計算と量子化学による創薬研究 .  第387回 CBI学会研究講演会  2017年9月  招待

  • 石川岳志 .  第18回FMO研究会 FMOプログラム「PAICS」の開発と生命科学分野への応用 .  2019年3月 

  • 石川岳志 .  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会 生命科学を指向した量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用 .  日本コンピュータ化学会2020年秋季年会  2020年11月  招待

  • 水田 賢志, 石川 岳志, 大滝 大樹, 栗山 正巳, 尾野村 治, 樋口 則英, 中嶋 弥穂子, 中嶋 幹郎, 大山 要 .  バルプロ酸とカルバペネム系抗菌薬の相互作用機序の計算化学的考察 .  日本薬学会年会要旨集  2017年3月  (公社)日本薬学会

  • 小瀬 日奈子, 須藤 正幸, 岡村 浩昭, 鬼束 聡明, 石川 岳志, 谷 文都, 矢吹 由香子, 白水 美香子, 馬場 昌範, 岡本 実佳, 濱田 季之 .  ホーリーバジル(Ocimum tenuiflorum L.)に含まれる生物活性物質の探索 .  日本生薬学会年会講演要旨集  2024年8月  (一社)日本生薬学会

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    記述言語：日本語  

  • 渡邊 健, 石川 岳志, 大滝 大樹, 水田 賢志, 濱田 剛, 浦田 秀造, 安田 二朗, 田中 義正, 西田 教行 .  新規作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 .  日本薬学会年会要旨集  2018年3月  (公社)日本薬学会

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    記述言語：日本語  

  • 渡辺 健, 石川 岳志, 水田 賢志, 中垣 岳大, 大滝 大樹, 濱田 剛, 田中 義正, 西田 教行 .  新たな作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発 .  日本薬学会年会要旨集  2017年3月  (公社)日本薬学会

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    記述言語：日本語  

  • 石川 岳志, 水田 賢志, 金子 修, 矢幡 一英 .  抗マラリア化合物の開発をめざしたフラグメント分子軌道法によるSERCAとThapsigarginの分子間相互作用解析 .  日本薬学会年会要旨集  2017年3月  (公社)日本薬学会

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    記述言語：日本語  

  • 住吉 誠, 宮崎 泰可, 水田 賢志, 田中 義正, 石川 岳志, 槇村 浩一, 高園 貴弘, 西條 知見, 山本 和子, 今村 圭文, 泉川 公一, 柳原 克紀, 河野 茂, 迎 寛 .  カンジダ属および多剤耐性菌に対するカスポファンギンの新たな抗微生物活性 .  日本医真菌学会雑誌  2019年10月  (一社)日本医真菌学会

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    記述言語：日本語  

  • 浦田 秀造, Omotuyi Olaposi Idowu, 石川 岳志, 水田 賢志, 櫻井 康晃, 水谷 龍明, 植田 弘師, 田中 義正, 安田 二朗 .  エボラウイルスVP40による粒子産生を標的とした新規化合物の同定 .  日本薬学会年会要旨集  2020年3月  (公社)日本薬学会

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    記述言語：日本語  

  • 石橋 大輔, 中垣 岳大, 石川 岳志, 濱田 剛, 西田 教行 .  in silicoプリオン病創薬における薬効特異性の評価 .  生命科学系学会合同年次大会  2017年12月  生命科学系学会合同年次大会運営事務局

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    記述言語：英語  

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知的財産権

  • 分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム

    石川岳志

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    出願番号：特願2023-25282  出願日：2023年2月

  • 分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム

    石川岳志, 大園紘貴

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    出願番号：特願2022-139395  出願日：2022年

  • プリオン病治療薬

    石橋大輔, 西田教行, 水田賢志, 石川岳志

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    出願番号：特願2018-177224  出願日：2018年9月

    出願国：国内  

  • キノリノン化合物および抗ＲＮＡウイルス薬

    水田賢志, 渡辺健, 西田教行, 濱田剛, 石川岳志, 田中義正, 大滝大樹, 安田二郎, 浦田秀造

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    出願番号：PCT/JP2018/013592  出願日：2018年3月

    出願国：国内  

  • キノリノン化合物および抗RNAウイルス治療薬

    水田賢志, 渡辺健, 西田教行, 濱田剛, 石川岳志, 田中義正, 大滝大樹

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    出願番号：特願2017-72230  出願日：2017年3月

    出願国：国内  

  • 核酸アプタマー, 固相担体, ヒトIgG精製用カラム, 及びヒトIgGの精製方法

    山岸賢司, 関口真裕, 吉田尚恵, 坂本泰一, 野村祐介, 石川岳志

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    出願番号：特願2017-23175  出願日：2017年2月

    公開番号：特開2018-126117  公開日：2018年8月

    出願国：国内  

  • プリオン病予防・治療剤

    石橋大輔, 西田教行, 中垣岳大, 濱田剛, 石川岳志

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    出願番号：特願2016-170349  出願日：2016年8月

    公開番号：特開2018-35099  公開日：2018年3月

    出願国：国内  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 抗体医薬品の開発コストを軽減するインシリコ技術の社会実装

    2023年10月 - 2024年9月

    令和5年度 一般財団法人ふくおかフィナンシャルグループ企業育成財団研究開発助成金

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    担当区分：研究代表者 

  • 化学シャペロンに有効なファーマコフォアモデルの構築法の開発と抗プリオン薬への応用

    2023年4月 - 2025年3月

    令和5年度 科学研究費助成事業 基盤研究（B）（一般）

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    担当区分：研究代表者 

  • 抗体医薬品開発を加速する量子化学計算に基づいた次世代インシリコ創薬技術の開発

    2023年4月 - 2024年3月

    令和5年度 AMED 橋渡し研究プログラム 異分野融合型研究シーズ（シーズH）

  • バイオ医薬品開発の効率化を実現する生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」

    2022年10月 - 2023年3月

    2022年度 JST大学発新産業創出プログラム（START）大学・エコシステム推進型「PARKS起業活動支援プログラム」

  • 熱帯樹木由来高活性イソプレン合成酵素の探索とハイブリッド型発酵用高機能酵素の開発

    研究課題/領域番号：22K05195  2022年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    屋 宏典, 石川 岳志, 堀谷 正樹, 稲福 征志

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    配分額：4160000円 （ 直接経費：3200000円 、 間接経費：960000円 ）

  • 分子シミュレーションによる新規RNAアプタマー設計の基盤技術の構築

    研究課題/領域番号：21K12129  2021年4月 - 2024年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    山岸 賢司, 坂本 泰一, 石川 岳志

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    配分額：4030000円 （ 直接経費：3100000円 、 間接経費：930000円 ）

    RNAアプタマーは抗体に代わる次世代技術として、医薬品分野や診断薬分野などで注目されている。本研究は、申請者が蓄積してきたアプタマーに対する研究成果をもとに、RNAアプタマーが標的タンパク質をどのように認識し結合するのか、その分子認識メカニズムを計算化学手法により明らかにする。そして、アプタマー設計に、はじめて計算化学という手法を取り入れ、論理的な観点から新しいRNAアプタマーを設計する基盤技術の構築を目指すものである。
    当該年度は、抗体に結合するRNAアプタマーを解析の対象とし、アプタマーを構成するヌクレオチドが、RNA型かDNA型の違いによって、標的分子である抗体との結合プロファイルにどのような違いが引き起こされるか解析し、以下の結果を得た。
    まず、分子動力学計算を用いて、RNAアプタマーの構造ダイナミクスを解析した。その結果、標的分子に対する結合性が同じアプタマーでも、標的分子との結合に伴い、RNA型のアプタマーよりDNA型のアプタマーのほうが、アプタマーのダイナミクスが大きく抑制されることが明らかとなった。
    次に、研究分担者の石川により開発された、フラグメント分子軌道法に基づき生体分子間の静電的相補性を視覚的および定量的に解析できるVIINEC法を用いて、アプタマーと標的分子の分子間相互作用を解析した。その結果、相互作用エネルギーはRNA型アプタマーの方が大きいが、静電的相補性はDNA型のアプタマーの方が大きいことが示された。
    また、実験的な解析では、NMRを用いて塩基対部分のイミノプロトンシグナルの帰属を行い、さらに運動性についての情報を得た。RNA型およびDNA型のアプタマーのNOESYスペクトルにおいて、末端ステムの部分の21番目のU残基に由来するイミノプロトンに化学交換シグナルが観測されることから、末端ステムが閉じた構造と開いた構造があることが示唆された。

  • 健診コホートのプロテオミクスと人工知能を基盤とする関節リウマチ個別化予防の構築

    研究課題/領域番号：20K20617  2020年7月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(開拓)

    大山 要, 石川 岳志, 玉井 慎美, 川尻 真也

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    配分額：25870000円 （ 直接経費：19900000円 、 間接経費：5970000円 ）

    前年度の研究承認（Nagasaki Island Study Collaborator申請）・RA疑いの五島コホート参加者抽出・該当者血清確保を受けて、2021年度は56名分の血清検体を用い、RA超早期から出現する免疫複合体抗原の探索を開始した。具体的には血清中の免疫複合体を抗体結合性磁気ビーズで捕集し、酵素消化で抗原を選択的に溶出させた後、タンパク質分解酵素でペプチドに断片化した。このペプチド断片を超精密質量分析装置で解析し、タンパク質の同定を行った。なお、抗原解析対象のタンパク質については、RAの初期プロセスであるシトルリン化を念頭にその翻訳後修飾を考慮したタンパク質に拡大して解析を実行した。具体的には、質量分析でシトルリン化反応と同等の質量増加がある脱アミド化をシトルリン化反応と区別して解析する手法を用いた。合わせて、同様の解析で得た対照疾患（全身性エリテマトーデスやシェーグレン症候群など）の過去の解析結果や新たに追加された解析結果を組み入れて、早期RAの五島コホート参加者に特徴的な免疫複合体抗原の有無の調査を継続中である。他方、同定される抗原タンパク質の一群を患者ごとに整理し人工知能解析で特徴付けした後、早期RA抗原プロファイルを作成するための検討を開始した。一方、研究分担者が最近開発した立体構造の計算化学的解析を用いて、本研究で探索中の抗原タンパク質の抗原決定基（異常な配列や立体構造）の類似性を検証する方法論の開発研究を開始した。

  • 抗プリオン効果を生み出すファーマコフォアモデルの構築と新規治療薬の開発

    2020年4月 - 2023年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

  • 抗プリオン効果を生み出すファーマコフォアモデルの構築と新規治療薬の開発

    2020年4月 - 2022年3月

    令和2年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（一般） 

    石川岳志, 石橋大輔, 水田賢司, 鎌足雄司

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    担当区分：研究代表者 

  • RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明

    研究課題/領域番号：18K11536  2018年4月 - 2021年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    山岸 賢司, 坂本 泰一, 石川 岳志

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    配分額：4290000円 （ 直接経費：3300000円 、 間接経費：990000円 ）

    本研究では、抗体に特異的に結合できるRNAアプタマーの結合メカニズムを、計算化学的に以下の観点から明らかとした。まず、フラグメント分子軌道法を用いた相互作用解析により、アプタマーの7番のヌクレオチド(G7)が、抗体と最も強い相互作用を形成していることを明らかとした。G7リン酸基とLys340の間に働く静電力は特に強く、結合の駆動力になることが示唆された。次に、汎用的な方法では計算できない修飾RNAに対する分子動力学計算を、一義的に実行できる独自の解析手法を構築し、アプタマーのダイナミクスについて解析した結果、溶液中のイオン種が結合に重要な役割を持っていることが明らかとなった。

  • HLA-ペプチド親和性の網羅的計算法の開発とベーチェット病の病因解明への応用

    2016年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

  • HLA-ペプチド親和性の網羅的計算法の開発とベーチェット病の病因解明への応用

    2016年4月 - 2019年3月

    平成28年度 科学研究費助成事業 基盤研究（C）（一般） 

    石川岳志

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

  • 計算化学手法を用いた新規RNAアプタマーの設計手法の開発

    2015年10月 - 2016年9月

    その他省庁等  平成27年度 マッチングプラナープログラム「探索試験」 

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    資金種別：競争的資金

  • 凝集系化学反応の遷移状態計算のための新規手法と汎用ソフトウエアの開発

    2015年5月 - 2016年4月

    民間財団等  平成27年度 第4回 公益社団法人新化学技術推進協会 新化学技術研究奨励賞 

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    資金種別：競争的資金

  • 研究会「感染症と計算科学」の開催（2015年11月13日琉球大学）

    2015年4月 - 2016年3月

    琉球大学熱帯生物圏研究センター  平成27年度 琉球大学熱帯生物圏研究センター 共同利用研究会 

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    資金種別：競争的資金

  • 新薬創成のためのモバイル端末を利用したシリアスゲームに関する調査研究

    2015年2月 - 2016年1月

    民間財団等  平成26年度 公益財団法人科学技術融合振興機構 調査研究助成 

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    資金種別：競争的資金

  • 熱帯樹木のイソプレン生合成酵素と基質間の相互作用エネルギーの解析

    2014年4月 - 2015年3月

    琉球大学熱帯生物圏研究センター  平成26年度 琉球大学熱帯生物圏研究センター・共同利用研究 

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    資金種別：競争的資金

  • 第一原理計算によるタンパク場を考慮した部分構造最適化システムの構築

    2009年4月 - 2010年3月

    岐阜大学  平成21年度 岐阜大学 大学活性化経費（大型科研チャレンジ枠） 

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    資金種別：競争的資金

  • FMO法による体内揺らぎを考慮した相互作用解析法の構築とプリオンタンパクへの応用

    2008年4月 - 2010年3月

    科学研究費補助金  研究活動スタート支援

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担当経験のある授業科目

  • 物理化学基礎（分担） (鹿児島大学工学部先進工学科化学生命工学プログラム)

    2022年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学

  • Advanced Lecture on Chemistry and Biotechnology（分担）

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻

  • 微分積分学Ⅰ

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部共通

  • 生命工学（分担）

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部先進工学科共通

  • 線形代数学Ⅰ

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部共通

  • 理論分子科学特論

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻

  • フレッシュマンセミナー（分担）

    2020年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部先進工学科化学生命工学プログラム

  • 量子物理化学

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 化学生命工学セミナーⅠ（分担）

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 化学生命工学特別研究Ⅰ

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 卒業論文

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 化学生命工学研究基礎

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 化学生命工学特別研究Ⅱ

    2019年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • Advanced Lecture on Applied Chemistry（分担）

    2019年4月
    -
    2020年3月
    機関名：鹿児島大学 大学院理工学研究科化学生命・化学工学専攻

  • 微分積分学AⅠ

    2019年4月
    -
    2020年3月
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • フレッシュマンセミナー（分担）

    2019年4月
    -
    2020年3月
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 線形代数学Ⅰ

    2019年4月
    -
    2020年3月
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 理論分子科学特論

    2019年4月
    -
    2020年3月
    機関名：鹿児島大学大学院理工学研究科化学生命・化学工学専攻

  • アカデミア創薬学特論Ⅱ（分担）

    2018年4月
    -
    現在
    機関名：長崎大学大学院医歯薬学総合研究科

  • 化学生命工学セミナーⅡ

    2018年4月
    -
    現在
    機関名：鹿児島大学工学部化学生命工学科

  • 化学情報処理（2006年度～2007年度）

    機関名：立教大学

  • 感染系授業（分担）（2013年度～2016年度）

    機関名：長崎大学医学部

  • 生物医科学特論及び実習C（2017年度～2018度）

    機関名：長崎大学大学院医歯薬学総合研究科

  • 生物医科学特論及び実習C-2（2013年度～2016年度）

    機関名：長崎大学大学院医歯薬学総合研究科

  • 生物医科学特論及び実習C-1（2013年度～2016年度）

    機関名：長崎大学大学院医歯薬学総合研究科

  • 生命を担う分子群のかたち（分担）（2008年度～2011年度）

    機関名：岐阜大学全学共通授業

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