2025/10/30 更新

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アマノ　コウ
天野　晃
AMANO Kou
所属
総合科学域共同学系 附属図書館 特任准教授
職名
特任准教授

研究分野

  • 人文・社会 / 図書館情報学、人文社会情報学  / 形式言語設計, グラフ分析, 計量書誌学

 

論文

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K., Kominami R. .  Preprints vs. journal articles: Citation impact in covid-19 research .  Proceedings of the ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries   2025年3月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Proceedings of the ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries  

    Focusing on article and citation count, this study examined 110 academic journals whose papers on COVID-19 were indexed in PubMed from 2020 to 2023. To analyze these journals characteristics, this study introduced the concepts of paper ratio, citation ratio, and citation impact. Journals with similar trends in paper and citation count were positioned near the diagonal on a two-dimensional graph (y=x) with paper ratio on the x-Axis and citation ratio on the y-Axis, indicating a slope close to 1. Conversely, the greater the disparity between paper ratio and citation ratio, the wider the angle between the journals position and the diagonal. Of the 110 journals in 2020, 83 were above the diagonal with a citation impact greater than 1, while 27 were below the diagonal with a citation impact of 1 or lower. Notably, nine journals BMC Health Services Research, Genome Medicine, Nature, Annals of Epidemiology, BMC Bioinformatics, Nature Microbiology, PLoS Computational Biology, Medicine (Baltimore), and Journal of Clinical Investigation showed high citation impact, with preprint-distributed papers being cited nearly five times more than directly submitted papers. This study demonstrates that articles initially distributed as preprints in these journals tend to receive substantially more citations than directly submitted ones.

    DOI： 10.1145/3677389.3702527

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  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K., Kominami R. .  The Impact of Preprints on the Citations of Journal Articles Related to COVID-19 .  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)15494 LNCS   57 - 69   2024年12月

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    記述言語：日本語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)  

    To investigate the impact of preprints on the citation counts of COVID-19-related papers, this study compares the number of citations received by drafts initially distributed as preprints and later published in journals with those received by papers directly submitted to journals. The difference in the median number of citations between COVID-19 preprint-distributed papers and COVID-19 directly submitted papers published in 184 journals was tested using the Mann-Whitney U test. The results showed that 129 journals had a statistically significant higher median citation count for COVID-19 preprint-distributed papers compared to directly submitted papers, with a p-value of less than 0.05. In contrast, no journals had a statistically significant higher median citation count for COVID-19 directly submitted papers. This indicates that 70.11% of the journals that published preprint-distributed papers experienced a significant increase in citations. We also identified that among the 184 journals, 13 journals garnered a substantial number of citations. Among the 74,037 COVID-19 papers, preprint-distributed papers (9,028) accounted for only 12.19%. However, among the 2,015,997 citations received by COVID-19 papers, preprint-distributed papers garnered 542,715 citations, representing a substantial 26.92%. These results suggest that distributing preprints prior to formal publication may help COVID-19 research reach a wider audience, potentially leading to increased readership and citations.

    DOI： 10.1007/978-981-96-0868-3_4

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  • Hiroyuki Tsunoda, Yuan Sun, Masaki Nishizawa, Xiaomin Liu, Kou Amano, Rie Kominami .  Preprints vs. Journal Articles: Citation Impact in COVID-19 Research .      2024年11月

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    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    Focusing on article and citation count, this study examined 110 academic journals whose papers on COVID-19 were indexed in PubMed from 2020 to 2023. To analyze these journals' characteristics, this study introduced the concepts of paper ratio, citation ratio, and citation impact. Journals with similar trends in paper and citation count were positioned near the diagonal on a two-dimensional graph (y=x) with paper ratio on the x-axis and citation ratio on the y-axis, indicating a slope close to 1. Conversely, the greater the disparity between paper ratio and citation ratio, the wider the angle between the journal's position and the diagonal. Of the 110 journals in 2020, 83 were above the diagonal with a citation impact greater than 1, while 27 were below the diagonal with a citation impact of 1 or lower. Notably, nine journals -- BMC Health Services Research, Genome Medicine, Nature, Annals of Epidemiology, BMC Bioinformatics, Nature Microbiology, PLoS Computational Biology, Medicine (Baltimore), and Journal of Clinical Investigation -- showed high citation impact, with preprint-distributed papers being cited nearly five times more than directly submitted papers. This study demonstrates that articles initially distributed as preprints in these journals tend to receive substantially more citations than directly submitted ones.

    DOI： 10.1101/2024.11.08.622753

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K., Kominami R. .  The Impact of Preprints on COVID-19 Research Dissemination: A Quantitative Analysis of Journal Publications .  Proceedings of the Association for Information Science and Technology61 ( 1 ) 1113 - 1116   2024年10月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Proceedings of the Association for Information Science and Technology  

    Preprints have played an unprecedented role in disseminating COVID-19-related science results to the public. The study aims to elucidate the role of preprints during the COVID-19 public health emergency (2020–2023) through a quantitative analysis of journal papers. Among the 247,854 COVID-19-related papers published in PubMed, 12,152 were initially released as preprints and were eventually published in 1,380 journals. This number is more than five times the 246 journals to which submissions can be made directly from bioRxiv through the B2J program. Journals with higher impact factors and Normalized Eigenfactor scores tend to publish a larger number of preprint-derived articles. The proportion of preprints among PubMed papers was 0.049, but this varies significantly by journal. In the top 30 journals, most exceed this proportion, indicating that these journals are preferred by authors for submitting their work. These findings highlight the growing acceptance and impact of preprints in the scientific community, particularly in high-impact journals.

    DOI： 10.1002/pra2.1202

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  • 角田裕之, 孫 媛, 西澤 正己, 刘 筱敏, 天野晃, 小南理恵 .  COVID-19研究の普及に対するプレプリントの影響：ジャーナル出版物の定量分析 .  bioRxiv   2024年5月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1101/2024.05.28.596359

  • 天野 晃, 南山 泰之, 大波 純一, 遠藤 晴義, 長瀬 友樹, 山地 一禎 .  CiNii のログから見るユーザーアクセスグラフの計量分析 .  情報知識学会誌34 ( 2 ) 113 - 120   2024年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：情報知識学会  

    <p>　国立情報学研究所では同研究所が提供するNII Research Data Cloud のログを横断的に分析するための専用環境「統合ログ基盤」を整備してきた．本発表では特に学術情報検索サービスのCiNiiのログを対象にした当該基盤の機能を使った分析結果を報告する．当該基盤の特徴は，(1)各アクセスログ（宛先URI）に対してユーザー行動を端的に示すラベル（ボキャブラリ）を付与する機能，(2) アクセスログを意味のある単位でまとめる（「アクセスグラフ」を生成する）機能を持つことであり，本研究ではこれらの機能を用いることにより個々のユーザーの行動をモデル化できる可能性を示す．</p>

    DOI： 10.2964/jsik_2024_006

    CiNii Research

  • 長瀬 友樹, 大波 純一, 天野 晃, 山地 一禎 .  学術情報検索サービスCiNiiの機械翻訳活用による海外利用者拡大の試み .  情報知識学会誌34 ( 2 ) 121 - 126   2024年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：情報知識学会  

    <p>　国立情報学研究所では，日本の学術情報にアクセスするためのオンラインデータベースおよび検索サービスとしてCiNii (サイニィ)を開発・運用している．このCiNiiはコンテンツの半数が日本語で記述されているため，利用者の多くは日本国内からアクセスしている．本研究では，CiNiiの利用者層を海外に広げるため，日本語以外の言語でもコンテンツを見つけやすくすることで，特に研究データ共有の原則のひとつである「発見性 (Findable)」の向上を目指す．今回，機械翻訳を活用して既存のCiNiiに英語化メタ情報を一括付与し，評価用サービスを開発した．本稿では，評価用サービスの概要を説明し，既存サービスに対するコンテンツ発見機会の向上効果，課題，将来の展開予定等について報告する．</p>

    DOI： 10.2964/jsik_2024_007

    CiNii Research

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K., Kominami R. .  Role of preprints in scholarly communication on COVID-19: A quantitative survey of medRxiv and bioRxiv .  19th International Conference on Scientometrics and Informetrics Issi 2023 Proceedings3   89 - 90   2024年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：19th International Conference on Scientometrics and Informetrics Issi 2023 Proceedings  

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  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K., Kominami R. .  The Pivotal Role of Preprint Platforms in Disseminating COVID-19 Research: A Global Investigation of Country-Level Activities .  Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)14458 LNNS   82 - 89   2023年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)  

    Researchers initiated immediate research on COVID-19 following the declaration of the pandemic, but the traditional cycle of scientific information distribution was ill-equipped to share rapid outputs. Preprints provided a platform for immediate sharing of outputs, leading many COVID-19 studies in medical biology and clinical medicine to be submitted in this format. Preprints were collected from bioRxiv and medRxiv, and metadata of published preprints were collected from PubMed. We investigated the number of published preprints submitted by country and metadata for the peer review period for COVID-19 and non-COVID-19 preprints. Our research found preprints from 128 countries. Submissions peaked in May 2020, five months following the declaration of the pandemic. Using the Mann-Whitney U test, we found the peer review period for COVID-19 published preprints was significantly shorter than for non-COVID-19 preprints. The research suggests many countries have an in-built system that facilitates swift and continuous responses to crises in the scientific community.

    DOI： 10.1007/978-981-99-8088-8_7

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  • 角田裕之, 孫 媛, 西澤 正己, 刘 筱敏, 天野晃, 小南理恵 .  COVID-19に関する学術コミュニケーションにおけるプレプリントの役割: medRxivとbioRxivの定量調査 .  Proceedings of ISSI 2023 – the 19th International Conference of the International Society for Scientometrics and Informetrics3 ( 3 ) 89 - 90   2023年7月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

    DOI： 10.5281/zenodo.10652220

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K. .  How Preprint Affects the Publishing Process: Duration of the Peer Review Process between bioRxiv and Journal Papers .  Proceedings of the Association for Information Science and Technology59 ( 1 ) 505 - 509   2022年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Proceedings of the Association for Information Science and Technology  

    During the COVID-19 epidemic, the characteristics of rapid sharing of research findings were fully reflected on the bioRxiv platform, which received considerable attention from scholars. bioRxiv currently collaborates with 242 journals, addressing that it can save authors time in submitting papers to journals or peer review services by transmitting their manuscript files and metadata directly from bioRxiv. To see if preprints are altering the publishing process, we compared the duration of the peer review process between bioRxiv and journal papers. This study investigated papers' submission and publication times from bioRxiv to journals (B2J) and authors to journals (A2J) in 119 academic journals from November 2013 to February 2020. Findings reveal that 33 journals exhibited significant differences in the duration time between B2J and A2J papers. B2J papers were published faster than A2J papers in 29 journals, indicating that sharing on the preprint platform could shorten the peer review time.

    DOI： 10.1002/pra2.660

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/pra2.660

  • 天野 晃, 大波 純一, 山地 一禎 .  国内外における学術情報検索サービスの画面機能比較に基づく評 価と特徴の分析 .  情報知識学会誌32 ( 2 ) 229 - 235   2022年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）   出版者・発行元：情報知識学会  

    <p>研究データ共有の活発化や研究評価再検討の動きから，学術情報検索サービスへの需要は高まりつつあるが，その構成要素となる機能は明らかではない．そのため，本研究では，国内外の59の学術情報検索サービスを対象として画面機能に注目，これを抽出・項目化し，比較分析を行った．項目化では31の項目が得られ，該当する機能の有無による0/1ベクトルとして現した．報告では，項目のベクトルに基づく計量的な分析，および各サービスを観察して得られた特徴について述べる． </p>

    DOI： 10.2964/jsik_2022_014

    CiNii Research

  • 大波純一, 天野晃 .  CiNii Research .  実験医学増刊40 ( 17 ) 55 - 58   2022年招待

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    記述言語：日本語  

  • 天野 晃, 坂本 浩一 .  知識情報構造の形式記述と解釈可能性についての展望 .  情報知識学会誌31 ( 1 ) 71 - 89   2021年2月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：情報知識学会  

    <p>　知識情報構造を表現可能な構造として均質化2 部グラフが提案されて以来、その形式記述とパーサーの実装に関しての議論は殆どなされてこなかった。本論文では、当該構造の表現が従来の言語では困難であることを示し、均質化2 部グラフ構造を表現する言語とそのパーサーの実装について提案を行う。また、提案された仕組みによる応用例を示し、これを元に知識の構造化と構造化（形式化）された知識に対する解釈に関しての展望を述べる。また、コンセプト実証のために作成されたツールについても解説する。当該ツールは、均質化2 部グラフ構造を形式記述可能な言語としては初めてのものである。なお、本論文は解説の要素が多いため、事実と考察が混在したスタイルを用いており、結果や考察の章は設けていない。</p>

    DOI： 10.2964/jsik_2021_018

    CiNii Research

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K. .  The influence of bioRχiv on PLOS ONE's peer-review and acceptance time .  Proceedings of the Association for Information Science and Technology57 ( 1 )   2020年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Proceedings of the Association for Information Science and Technology  

    This study examines the relation between acceptance times in preprint publishing and journal publishing. Specifically, we investigated the association between a paper's posting time to bioRχiv, a preprints server, and journal articles' peer-review and acceptance time for PLOS ONE. So far, of the total papers published in 1,626 academic journals, the average publication rate of those posted in bioRχiv is 40.67%. Meanwhile, PLOS ONE was the journal that published more papers. Analysis of peer-review and acceptance time of papers published in journals via preprints showed the time these papers are posted in relation to these intervals. The median of the peer-review and acceptance time of the journal submission date that was later than the date of first posting to bioRχiv was 110.00 days, and in the reverse case, it was 139.50 days. Posting to the preprint server before journal submission shows a better order than vice versa. This study provides us a good understanding of the peer-review process. It also gives us good insights into optimizing this process, which would then facilitate paper publication and knowledge dissemination.

    DOI： 10.1002/pra2.398

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    その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/pra2.398

  • Hiroyuki Tsunoda, Yuan Sun, Masaki Nishizawa, Xiaomin Liu, Kou Amano .  Study of the Influence of Preprint in bioRχiv for Peer Review and Acceptance Time of PLOS ONE .  bioRxiv   2020年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）  

  • Hiroyuki Tsunoda, Yuan Sun, Masaki Nishizawa, Xiaomin Liu, Kou Amano .  Current status and flow analysis of posted papers in Biorxiv .  IFLA’s 85th World Library and Information Congress   2019年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）  

  • 武藤 杏里, 和田 匡路, 天野 晃 .  Comprehensive cluster validity Index based on structural simplicity .  Arxiv   2019年6月

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    記述言語：英語  

  • Tsunoda H., Sun Y., Nishizawa M., Liu X., Amano K. .  An analysis of published journals for papers posted on bioR<inf>X</inf>iv .  Proceedings of the Association for Information Science and Technology56 ( 1 ) 783 - 784   2019年1月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：Proceedings of the Association for Information Science and Technology  

    This study investigated papers posted on bioRXiv. In 2013–19, 17,818 papers were published in academic journals, accounting for 40.67% of the total publication. Among them, the Web of Science (WoS) Core Collection recorded journals of 16,525 published papers, accounting for 92.74% of the total. The following conclusions can be drawn. (1) Results indicate scientists' attention to the preprint system. (2) A large number of papers still use traditional publishing as the ultimate goal. (3) Because the posted papers scrutinized in this study were published in journals with a high impact factor, they have attracted the attention of many scientists. Nevertheless, we believe that the preprint platform will play a greater role from the academic exchange perspective.

    DOI： 10.1002/pra2.175

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  • Hiroyuki Tsunoda, Yuan Sun, Masaki Nishizawa, Xiaomin Liu, Kou Amano .  An analysis of published journals for papers posted on bioRXiv .  Proceedings of the Association for Information Science and Technology56 ( 1 )   2019年査読

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    記述言語：英語   掲載種別：学位論文（その他）  

  • 天野 晃, 山之内 昭博, 杉本 学, 和田 匡路 .  クラスターの単純さに注目したデータ•クラスタリングの高精度化とそのケモインフォマティクスへの応用 .  Journal of Computer Chemistry, Japan16 ( 5 ) 167 - 169   2018年4月査読

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    記述言語：日本語  

  • 天野 晃 .  INFOSTA Forum (311) .  情報の科学と技術68 ( 2 ) 80 - 80   2018年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 情報科学技術協会  

    DOI： 10.18919/jkg.68.2_80

    CiNii Research

  • 天野 晃, 山之内 昭博, 杉本 学, 和田 匡路 .  クラスターの単純さに注目したデータ•クラスタリングの高精度化とそのケモインフォマティクスへの応用 .    16 ( 5 ) 167 - 169   2017年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：日本コンピュータ化学会  

    <p>A cluster validity index (CVI) called "simplicity index" (SI) is newly proposed to enhance the accuracy of data clustering in machine learning. This index is derived to emphasize the importance of simplicity in cluster structures. The characteristics ofSI and its advantages over the known methods in the literature are discussed. SI is applied to classification of nucleotide sequences of nitrogen-fixing genes.</p>

    DOI： 10.2477/jccj.2017-0062

    CiNii Research

  • 天野 晃 .  スペクトラルグラフ理論を応用した類似化合物検索のアイデア .  情報知識学会誌27 ( 4 ) 373 - 376   2017年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：情報知識学会  

    <p>　スペクトラルグラフ理論は、グラフの特性をその隣接行列の特性多項式の問題として扱う理論およびテクニックの総称である。主な応用として化合物における構造解析があり、系統の近い分子の比較や構造の特徴量の算出に用いられる。この報告では、従来の理論を改良した、分子の系統の近遠に係わらずさまざまな分子構造の量的マッチが可能となるインデックス作成法を提案する。</p>

    DOI： 10.2964/jsik_2017_045

    CiNii Research

  • 天野 晃, 角田 裕之, 石川 大介 .  実験用生物資源情報に基づく提供期間評価の試み .  NISTEP NOTE19   79 - 89   2016年

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  • 天野 晃, 和田 匡路 .  非階層クラスタリング指標の体系的レビュー .  情報知識学会誌26 ( 2 ) 97 - 101   2016年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：情報知識学会  

    近年、クラスタリングはさらに重要な技術として多くの場面で使われるようになり、そのアルゴリズムはより複雑で高度なものとなっている。一方で、クラスタリングは一種の最適化問題であるため、その評価関数が決定されれば、評価関数の最大化(または最小化)問題となる。このような評価関数による指標は、Cluster validity index(CVI)と呼ばれる。CVIに関する研究は、クラスタリングそのものに関する研究よりも少なく、また、体系化についても十分議論されていない。そこで、本発表では、CVIの歴史をまとめ、CVIの特性を整理し、既存の指標の体系化を試みる。

    DOI： 10.2964/jsik_2016_005

    CiNii Research

  • 天野 晃 .  実験用生物資源情報に基づく提供機関評価の試み .  NISTEP NOTE ( 19 ) 79 - 89   2016年

  • 天野 晃, 角田 裕之, 石川 大介 .  実験用生物資源情報に基づく提供機関評価の試み .  NISTEP NOTE19   79 - 89   2016年

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  • 天野 晃, 児玉 閲, 柴田 大輔, 小野寺 夏生 .  引用データに基づく自然科学領域における学術研究分野間の関係 .  情報メディア研究12 ( 1 ) 28 - 41   2013年査読

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：情報メディア学会  

    目的: 本研究では，自然科学領域における各分野間の影響関係を，大きな粒度の分野分類に基づいて探る．ここでの自然科学領域とは，工学，医学，農学等の応用分野も含む．本研究で用いる分類では，分野間の引用が全体の引用の 3 割程度であり，本研究では，この分野間の引用関係について詳細な分析を行うことにより，自然科学領域の研究構造の理解を深めることを目的とする．データ: 本研究での対象は，Journal Citation Reports (JCR) 2004 Science Edition CD-ROM 版に収録されている雑誌の収載論文の引用データを，分野間の被引用/引用行列に編集しなおしたデータである. 該当する雑誌は，2000 年から 2004 年に出版され，2004 年に少なくとも 1 回の引用を受けた論文を含む雑誌 5964 誌となる．方法: まず，既存の 22 分野の分類を修正し、21 分野の区分を作成した．これは，既存の分類では非常に小さな分野が存在したためである．21 分野の区分をもとに，分野間の被引用/引用行列を作成し，このデータを次の分析の対象とした．1. 各分野の他分野引用/被引用の程度．2. 分野間の階層クラスタ関係．3. 分野間の影響関係(分野間の相互結合と非対称的な影響関係)．4. 各分野が他の分野に及ぼす全体的な影響強度(Eigenfactor の手法を応用した全領域における影響度指標を用いた分析). 結果: 論文数規模は，医学生物学関連の分野が大きく，さらに，論文あたり被引用数との Spearman 順位相関の分析等から，論文数規模と影響度の相乗効果が認められた．また，論文数規模と自分野引用を除いた被引用/引用比の間にはわずかに相関が認められた．各分野の被引用傾向に基づいた分野間階層クラスタ関係からは，分析化学が農学に近いなどの，物理系，化学系というような従来型の関係とはやや異なる様相が確認できた．それぞれの分野間の相互結合の強さも，概ね，階層クラスタ関係を支持する結果となったが，物性物理-化学は，階層クラスタ関係では近い位置にあるが，相互結合としては強いものではないなど，やや異なる傾向も見られた．Eigenfactor の手法を応用した影響強度の分析では，論文数の寄与と引用の寄与を調節するいわゆるαを変動させたが，これによる順位変動が見られ，分野という大きな区分を用いても，このパラメーターの影響を受けることが解った．

    DOI： 10.11304/jims.12.28

    CiNii Research

    その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/10022404557?from=CiNii

  • Onodera N., Iwasawa M., Midorikawa N., Yoshikane F., Amano K., Ootani Y., Kodama T., Kiyama Y., Tsunoda H., Yamazaki S. .  A method for eliminating articles by homonymous authors from the large number of articles retrieved by author search .  Journal of the American Society for Information Science and Technology62 ( 4 ) 677 - 690   2011年4月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of the American Society for Information Science and Technology  

    This paper proposes a methodology which discriminates the articles by the target authors ("true" articles) from those by other homonymous authors ("false" articles). Author name searches for 2,595 "source" authors in six subject fields retrieved about 629,000 articles. In order to extract true articles from the large amount of the retrieved articles, including many false ones, two filtering stages were applied. At the first stage any retrieved article was eliminated as false if either its affiliation addresses had little similarity to those of its source article or there was no citation relationship between the journal of the retrieved article and that of its source article. At the second stage, a sample of retrieved articles was subjected to manual judgment, and utilizing the judgment results, discrimination functions based on logistic regression were defined. These discrimination functions demonstrated both the recall ratio and the precision of about 95% and the accuracy (correct answer ratio) of 90-95%. Existence of common coauthor(s), address similarity, title words similarity, and interjournal citation relationships between the retrieved and source articles were found to be the effective discrimination predictors. Whether or not the source author was from a specific country was also one of the important predictors. Furthermore, it was shown that a retrieved article is almost certainly true if it was cited by, or cocited with, its source article. The method proposed in this study would be effective when dealing with a large number of articles whose subject fields and affiliation addresses vary widely. © 2011 ASIS&T.

    DOI： 10.1002/asi.21491

    Web of Science

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  • 井内 聖, 川村 節子, 天野 晃, 深海(小林) 薫, 小林 正智 .  24-2 シロイヌナズナ野生株の浸透圧ストレスへの応答の違いと情報公開(24.社会・教育) .  日本土壌肥料学会講演要旨集57 ( 0 ) 187   2011年

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本土壌肥料学会  

    DOI： 10.20710/dohikouen.57.0_187_2

    CiNii Research

  • Hakata M., Nakamura H., Iida-Okada K., Miyao A., Kajikawa M., Imai-Toki N., Pang J., Amano K., Horikawa A., Tsuchida-Mayama T., Song J., Igarashi M., Kitamoto H.K., Ichikawa T., Matsui M., Kikuchi S., Nagamura Y., Hirochika H., Ichikawa H. .  Production and characterization of a large population of cDNA-overexpressing transgenic rice plants using Gateway-based full-length cDNA expression libraries .  Breeding Science60 ( 5 ) 575 - 585   2010年12月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Breeding Science  

    We applied the full-length cDNA overexpressor (FOX) gene-hunting system for systematic and genome-wide functional analysis of rice genes. In this study, we constructed a novel binary vector carrying the Gateway site-specific recombination cassette and then constructed rice FOX libraries containing a maximum of 13,823 independent, full-length cDNAs (fl-cDNAs) that correspond to approximately half the total number of rice fl-cDNA clones. By introducing the FOX libraries via Agrobacterium, we generated 2,586 FOX-rice lines exhibiting various visible alterations (e.g., plant height, tillers, leaves, and heading dates). The introduced flcDNAs, integrated into individual transgenic rice genomes, were amplified by genomic PCR and identified using sequencing analysis. The fl-cDNAs were PCR-amplified in 2,251 (94.2%) of the 2,389 FOX-rice lines that were examined, identifying 1,920 independent fl-cDNAs in the FOX lines. In addition to the previously generated FOX-rice plants, our new collection of FOX-rice lines produced through the Gateway system should be a useful tool for the efficient identification of gene functions in rice. Moreover, this Gateway-based technology should be applicable to other species in which a collection of fl-cDNA clones is available.

    DOI： 10.1270/jsbbs.60.575

    Web of Science

    Scopus

  • 中村 英光, 羽方 誠, 岡田 恵子, 梶川 真理子, 天野 晃, 土岐 尚子, Pang Jinhuan, 宮尾 安藝雄, 土岐 精一, 関 原明, 市川 尚斉, 篠崎 一雄, 松井 南, 市川 裕章, 長村 吉晃, 廣近 洋彦 .  FOX Hunting Systemを用いたイネ遺伝子の網羅的機能解析 .  日本植物生理学会年会およびシンポジウム　講演要旨集2008 ( 0 ) 1003 - 1003   2008年

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    出版者・発行元：日本植物生理学会  

    我々は、FOX (Full-length cDNA OvereXpressor gene) Hunting Systemをイネに適用することで、ゲノムワイドなイネ完全長（FL）cDNAの機能解明を進めている。まず、理研（RIKEN）由来の13,980種類のイネFLcDNA群を、バイナリーベクター上の<I>ZmUbi-1</I>プロモーターに連結し、cDNAアグロバクテリウムライブラリーを作製した。これを用いてイネ（日本晴）を形質転換し、約12,000個体のRIKEN-FOXイネ系統を作出した。うち約10,000系統のゲノミックPCR解析の結果、8,615系統で導入cDNAを含む断片の増幅が見られ、その塩基配列解析より、8,225系統でFLcDNAが同定され、延べ5,462種類のcDNAが独立に導入されていた。また、ゲノミックPCRとサザン解析の結果、多くの系統で約2コピーの単一cDNA挿入が検出され、任意に選んだ24系統のRT-PCR解析から、その大半で導入cDNAが過剰発現していた。次に、可視的な形質に着目し、各種FOXイネ系統の表現型観察を行った。うち約16.6 %で成長促進や矮性、多分げつ、早生などの表現型を示す系統が見出された。さらに、国際科学振興財団（FAIS）由来の約14,000種類のイネFLcDNAもFOXイネ系統の新規作出に供した。その解析結果と得られた表現型についても報告する。

    DOI： 10.14841/jspp.2008.0.1003.0

    CiNii Research

  • Nakamura H., Hakata M., Amano K., Miyao A., Toki N., Kajikawa M., Pang J., Higashi N., Ando S., Toki S., Fujita M., Enju A., Seki M., Nakazawa M., Ichikawa T., Shinozaki K., Matsui M., Nagamura Y., Hirochika H., Ichikawa H. .  A genome-wide gain-of-function analysis of rice genes using the FOX-hunting system .  Plant Molecular Biology65 ( 4 ) 357 - 371   2007年11月査読

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Plant Molecular Biology  

    The latest report has estimated the number of rice genes to be ∼32 000. To elucidate the functions of a large population of rice genes and to search efficiently for agriculturally useful genes, we have been taking advantage of the Full-length cDNA Over-eXpresser (FOX) gene-hunting system. This system is very useful for analyzing various gain-of-function phenotypes from large populations of transgenic plants overexpressing cDNAs of interest and others with unknown or important functions. We collected the plasmid DNAs of 13 980 independent full-length cDNA (FL-cDNA) clones to produce a FOX library by placing individual cDNAs under the control of the maize Ubiquitin-1 promoter. The FOX library was transformed into rice by Agrobacterium-mediated high-speed transformation. So far, we have generated approximately 12 000 FOX-rice lines. Genomic PCR analysis indicated that the average number of FL-cDNAs introduced into individual lines was 1.04. Sequencing analysis of the PCR fragments carrying FL-cDNAs from 8615 FOX-rice lines identified FL-cDNAs in 8225 lines, and a database search classified the cDNAs into 5462 independent ones. Approximately 16.6% of FOX-rice lines examined showed altered growth or morphological characteristics. Three super-dwarf mutants overexpressed a novel gibberellin 2-oxidase gene, confirming the importance of this system. We also show here the other morphological alterations caused by individual FL-cDNA expression. These dominant phenotypes should be valuable indicators for gene discovery and functional analysis. © 2007 The Author(s).

    DOI： 10.1007/s11103-007-9243-y

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • Hidemitsu Nakamura, Makoto Hakata, Naoko Toki, Mariko Kajikawa, Shigeko Ando, Kou Amano, Fumiaki Hirose, Takanari Ichikawa, Minami Matsui, Osamu Ueno, Makoto Takano, Hirohiko Hirochika, Hiroaki Ichikawa .  Regulation of chloroplast development by OsGLK1, of which overexpression confers greening on rice calli .  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY48   S117 - S117   2007年査読

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    記述言語：英語   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

    Web of Science

  • 中村 英光, 羽方 誠, 土岐 尚子, 梶川 真理子, 安藤 成子, 天野 晃, 廣瀬 文昭, 市川 尚斉, 松井 南, 上野 修, 高野 誠, 廣近 洋彦, 市川 裕章 .  過剰発現によりイネカルスの緑化を誘導する<I>OsGLK1</I>遺伝子の機能解析から探る葉緑体分化の制御機構 .  日本植物生理学会年会およびシンポジウム　講演要旨集2007 ( 0 ) 403 - 403   2007年

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    出版者・発行元：日本植物生理学会  

    我々は、イネに有用形質を付与するイネ遺伝子をゲノムワイドかつ迅速に選抜することを目的に、Full-length cDNA Over-eXpresser gene (FOX) hunting systemを用いてイネ完全長cDNAの機能解析を行っている。その過程で、約25,000の独立したFOXイネ系統カルスから2,4-D含有培地で緑化する2系統のカルスを得た。両系統はGARP転写因子をコードする<I>OsGLK1</I>遺伝子を高発現していた。同遺伝子の発現誘導は野生型イネカルスを再分化培地に置床した後の緑化誘導と同調していた。<I>OsGLK1</I>-FOX系統カルスのマイクロアレイ解析では野生型カルスと比較して多くの葉緑体／光合成関連遺伝子の発現上昇が観察された。さらに、同FOXカルスの透過型電子顕微鏡観察でグラナ構造のよく発達した葉緑体が見られ、同FOX系統のシュートでは、葉緑体が比較的未発達な維管束系細胞でも葉緑体の発達が促進されていた。また、この<I>OsGLK1</I>過剰発現による葉緑体分化（クロロフィルの合成、膜構造の発達、葉緑体関連遺伝子の発現誘導）は暗黒下では起こらなかったことから、OsGLK1の機能は光により厳密に制御されていることが示唆された。以上より、OsGLK1は光や植物ホルモンの制御下で、葉緑体分化のkey regulatorとして機能していることが強く示唆された。

    DOI： 10.14841/jspp.2007.0.403.0

    CiNii Research

  • 天野 晃, 児玉 閲 .  引用にもとづく雑誌クラスタリング法の開発 .  情報メディア研究7 ( 1 ) 63 - 73   2007年査読

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：情報メディア学会  

    目的：本稿では，雑誌を引用に基づき各学術分野ごとにクラスタリングするための新しい手法を提案する．対象：JCR2004 Science Edition CD-ROM版に収録されている5964誌の被引用データより，各誌の被引用比率ベクトルを作成し解析を行なった．方法：k-meansに基づく，独自に開発したクラスタリングツールを利用した．距離にはコサイン距離(1-cos<I>θ</I>)を用いてクラスタリングを行なった．結果：被引用比率ベクトル空間において各学術分野が形成すると見られるスパイク状の領域が確認された．クラスタリングの結果，安定的に22クラスタが同定された．これらは，ほぼ，スパイク状領域に対応しており，それらのクラスタを個々の学術分野に対応付けることができた．著名な総合科学誌は分子生物学関連のクラスタに分類され，これらは被引用傾向において，分子生物学分野の雑誌と同様の特徴を有することが解った．

    DOI： 10.11304/jims.7.63

    CiNii Research

    その他リンク： http://hdl.handle.net/2241/102370

  • Kou Amano, Hiroaki Ichikawa, Hidemitsu Nakamura, Hisataka Numa, Kaoru Fukami-Kobayashi, Yoshiaki Nagamura, Natsuo Onodera .  Self-organizing Clustering: Non-hierarchical Clustering for Large Scale DNA Sequence Data .  IPSJ Digital Courier3   193 - 197   2007年査読

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Information Processing Society of Japan  

    DOI： 10.2197/ipsjdc.3.193

  • Amano Kou, Ichikawa Hiroaki, Nakamura Hidemitsu, Numa Hisataka, Fukami-Kobayashi Kaoru, Nagamura Yoshiaki, Onodera Natsuo .  Self-organizing Clustering: Non-hierarchical Clustering for Large Scale DNA Sequence Data .  Information and Media Technologies2 ( 2 ) 523 - 527   2007年

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    記述言語：英語   出版者・発行元：Information and Media Technologies Editorial Board  

    Recently, clustering has been recognized as an important and fundamental method that analyzes and classifies large-scale sequence data to provide useful information. We developed a novel clustering method designated as Self-organizing clustering (SOC) that uses oligonucleotide frequencies for large-scale DNA sequence data. We implemented SOC as a command-line program package, and developed a server that provides access to it enabling visualization of the results.SOC effectively and quickly classifies many sequences that have low or no homology to each other. The command-line program is downloadable at http://rgp.nias.affrc.go.jp/programs/. The on-line web site is publicly accessible at http://rgp.nias.affrc.go.jp/SOC/. The common gateway interface (CGI) for the server is also provided within the package.

    DOI： 10.11185/imt.2.523

    CiNii Research

  • K. AMANO, H. NAKAMURA, H. ICHIKAWA .  Self-Organizing Clustering : A Novel Non-Hierarchical Method for Clustering Large Amount of DNA Sequences .  Genome Informatics14   575 - 576   2003年査読

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    記述言語：英語   出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics  

    DOI： 10.11234/gi1990.14.575

    CiNii Research

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MISC

  • 【バイオDBとウェブツール　ラボで使える最新70選　知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤】(第2章)文献を調べる・整理する・論文執筆を支援する　文献を調べる　CiNii Research　論文や図書,研究データを統合した学術検索基盤

    大波 純一, 天野 晃

    実験医学   40 ( 17 )   2731 - 2734   2022年11月

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：(株)羊土社  

  • 情報メディア学会第13回研究大会 招待

    原島大輔, 石川大介, 植松利晃, 岡野裕行, 岡部晋典, 角田裕之, 中林幸子, 天野晃

    情報管理   57 ( 6 )   429 - 431   2014年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：会議報告等  

    DOI： 10.1241/johokanri.57.429

  • 情報メディア学会第13回研究大会報告 招待

    天野 晃, 石川大介, 角田裕之, 中林幸子, 原島大輔, 岡野裕行, 植松利晃, 岡部晋典

    人文情報学月報   ( 36 )   2014年8月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）   出版者・発行元："人文情報学月報"編集室  

  • Comprehensive functional analysis of rice genes using FOX hunting system - 1. Overview and current status.

    H Nakamura, M Hakata, M Kajikawa, S Ando, K Amano, N Toki, N Higashi, M Fujita, A Enju, M Seki, M Nakazawa, T Ichikawa, K Shinozaki, M Matsui, A Miyao, S Toki, H Hirochika, H Ichikawa

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   47   S249 - S249   2006年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

    Web of Science

  • Comprehensive functional analysis of rice genes using FOX hunting system - 2. Analysis of introduced cDNAs in the FOX-rice lines

    M Hakata, H Nakamura, T Asano, M Kajikawa, K Amano, N Toki, N Higashi, M Fujita, A Enju, M Seki, M Nakazawa, T Ichikawa, K Shinozaki, M Matsui, S Komatsu, A Miyao, S Toki, H Hirochika, H Ichikawa

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   47   S249 - S249   2006年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）   出版者・発行元：OXFORD UNIV PRESS  

    Web of Science

講演・口頭発表等

  • 天野晃 .  tq : A Comprehensive Disciplinary Language for Materials Science .  NIMS WEEK 2019  2019年10月 

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    開催年月日： 2019年10月 - 2019年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

  • 天野晃, 石川大介, 角田裕之, 柴田大輔, 水野澄子 .  実験用マテリアル・リソース の引用にもとづく新しい研究機関影響度指標の開発 .  第17回図書館総合展 

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    開催年月日： 2015年11月

  • 天野 晃 .  非階層クラスタリング指標の体系的レビュー .  情報知識学会誌. Vol.26, No.2, p.97--101.  2016年 

  • 天野晃, 石川大介, 角田裕之, 柴田大輔, 水野澄子 .  論文マイニングのための生物 系実験材料名辞書及び提供機関名辞書の作成 .  情報メディア学会第18回研究会発表資料  2016年11月 

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    記述言語：日本語  

  • 天野 晃 .  自然科学分野における学術研究領域間の引用関係 -雑誌を対象とした調査より- .  第56回日本図書館情報学会研究大会発表要綱, p.33-36  2008年 

  • 小林正智 .  理研BRCが実施するバイオリソースの情報整備 .  第49回植物生理学会年会, S474-S474  2007年 

  • 松田祐幸, 天野晃 .  機械による情報の縮約可能性について .  情報メディア学会第20回研究大会  2021年6月 

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    記述言語：日本語  

  • 天野晃, 坂本浩一, 鈴木晃, 松田朝彦, 鈴木伸崇 .  材料科学分野のための総合的記述言語tq .  情報メディア学会第21回研究会  2019年11月 

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    記述言語：日本語  

  • 天野晃 .  新型コロナウイルスゲノムのホモログマップ作成法の紹介 .  情報メディア学会第19回研究大会  2020年7月 

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    記述言語：日本語  

  • 天野 晃 .  実験材料の引用に基づく機関影響度の計測 .  第34回医学情報サービス研究大会  2017年8月 

  • 天野 晃 .  医学生物学実験材料の提供情報による機関影響度の新機軸 .  第32回医学情報サービス研究大会抄録集, p.19  2015年7月 

  • 天野 晃 .  クラスタリング評価指標によるデータ・クラスタリングの高精度化とケモインフォマティクスへの応用 .  日本コンピュータ化学会2017秋季年会講演予稿集. p.69  2017年 

  • 天野 晃 .  クラスタリング指標における新しい評価基準のアイデア .  第14回情報メディア学会研究大会発表資料, p.47-50.  2015年6月 

  • 天野 晃 .  インパクト計量のための新しい要素:実験用生物資源 .  情報メディア学会第16回研究会  2014年11月 

  • 天野 晃 .  アンカーを用いない迅速で簡便なシンテニー領域の決定 .  情報メディア学会第11回研究会発表資料, p.17-20  2009年 

  • 天野 晃 .  Whole Genome Visualization Based on Localization of Short Sequence Patterns .  日本数式処理学会Mathematica分科会  2011年10月 

  • Masaomi Takahashi, Kou Amano, Mikiko Tanifuji .  Text Data Mining Platform System to Support Mining and Machine Learning of Scientific Literatures .  NIMS WEEK 2019  2019年10月 

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    記述言語：英語  

  • Yasuhiro Takada, Toyohiro Chikyow, Atsushi Sakai, Kou Amano .  FigResourceMiner: A search text in images, and graph visualization platform for academic articles .  NIMS WEEK 2019  2019年10月 

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    記述言語：英語  

  • 天野 晃 .  Development of database application technology to open up new frontiers of bioresource utilization .  2014FY Syourei-Fund meeting  2016年1月 

  • 天野 晃 .  Allan Variannce-like Plot for DNA Sequence Data .  情報メディア学会第14回研究会発表資料, p.3-4  2012年11月 

  • 天野 晃 .  スペクトラルグラフ理論を応用した類似化合物検索のアイデア .  第22回情報知識学フォーラム  2017年12月 

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共同研究・競争的資金等の研究

  • オープンサイエンスの視点から見たプレプリントの影響の研究－新学術情報流通の解明－

    研究課題/領域番号：19K12707  2019年4月 - 2023年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    角田 裕之, 孫 媛, 西澤 正己, 天野 晃

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    配分額：4290000円 （ 直接経費：3300000円 、 間接経費：990000円 ）

    令和3年度は3年間の研究期間の第3年次に当たり、本来であれば終了年度であるが、新型コロナウイルス感染拡大の影響を受けて1年間延長した。研究の進捗管理と調整のため、研究代表者と3人の研究分担者、および海外の共同研究者1人とオンライン会議システムを使い計12回打ち合わせを開催した。
    令和3年度の研究実績は次の3点であった。（１）生物学のプレプリントサーバーであるbioRxivに2013年11月から2019年2月の期間に投稿された43,812のプレプリントのうち17,818のプレプリントが1,626の学術雑誌で出版された。これらの学術雑誌の上位141誌について調査分析した。（２）2014年から2019年の6年間において141誌に掲載された707,083の論文のメタデータをPubMedから収集し、論文が投稿されてから受理されるまでの査読期間を特定した。査読期間が特定できた119誌について、プレプリントを経由した論文の査読期間について掲載された雑誌のすべての論文の査読期間と比較した（３）119誌のうち、プレプリントを経由した論文集合の査読期間が有意に短くなった学術雑誌が34誌、逆に有意に長くなったのは5誌、有意でないのは80誌であった。
    これらの結果から、プレプリントを経由した投稿は、直接投稿する方法より査読期間を短縮する効果があると推測できる。その要因として、①プレプリントへの投稿準備のために著者が論文を精査すること②プレプリントを運営するサイトが盗用などの形式査読をすること③プレプリントで公開された文献に読者から寄せられたコメントを参考にしてプレプリントのバージョンをアップできることなどが推測できる。

  • 実験用マテリアル・リソースの引用にもとづく新しい研究機関影響度指標の開発

    研究課題/領域番号：26540170  2014年 - 2016年

    文部科学省  科学研究費補助金(挑戦的萌芽研究)  挑戦的萌芽研究

    天野 晃

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：3640000円 （ 直接経費：2800000円 、 間接経費：840000円 ）

    [背景]従来、引用分析における引用とは、研究論文のレファレンスをソースとしている。一方、引用分析の目的は研究主体の影響(関係)を分析することである。この意味で、現状の引用分析では多様な影響関係の一部しかとらえていない。
    [目的]引用分析においてより多様な影響関係をとらえるための一歩として、生物実験材料の提供関係の分析を試みる。
    [結果]Pubmed Centralの80万を超える論文テキスト検索より、提供機関名、生物実験材料名、被提供機関名の出現を抽出、整理し、3者の関係をデータセットとして整理した。これらの出現においてはpower-lawが見られた。

  • 日本論文で補正した影響度指標の研究

    研究課題/領域番号：25330388  2013年4月 - 2018年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    角田 裕之, 天野 晃, 石川 大介

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    配分額：5070000円 （ 直接経費：3900000円 、 間接経費：1170000円 ）

    従来の学術の影響度指標は、主に英語論文に基づいて生成されたデータで測定していた。例えば、The Times Higher Education World University Rankingsは、英語論文に基づくデータベースで決定した。本研究では、日本に設置された研究機関に所属する研究者が執筆した論文を「日本論文」と定義し、「日本論文」を用いて補正した影響度指標を開発した。従来の指標との差異を明らかにした。